Наш человек в Гвинее. Владимир Дедков

Текст впервые опубликован на PCR.ru.

Основная сфера интересов Владимира Дедкова — поиск новых патогенов. На момент нашей беседы он был старшим научным сотрудником отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора (группа генной инженерии и биотехнологии), а с мая 2018 года Владимир Дедков занимает должность замдиректора по науке НИИ микробиологии и эпидемиологии имени Пастера.

— В Гвинее своей молекулярной диагностики нет, — говорит Дедков. —  Африка в целом бедный регион, а Гвинея — одна из беднейших стран Западной Африки. До 2014 года там не было лабораторной диагностики как таковой. Денег на покупку оборудования и реагентов там нет, соответственно, все, что появляется — это донации. Есть лаборатория, которую открыли немцы из Института тропической медицины Бернхарда Нохта, изучают вирусы. Поставили минимум оборудования, ровно столько, чтобы собрать материал, сделать первичный анализ, упаковать и отправить для дальнейших исследований в Европу. С этой лабораторией мы сотрудничаем.

— Как вы начали работать в Гвинее?

— Решили направить специалистов на вспышку Эболы. Но нельзя было просто приехать и сказать «здрасьте», надо было искать подходящие места. Для рекогносцировки поехали академик Малеев, профессор Щелканов и доктор Семенов (А.В.Семенов, НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, Санкт-Петербург. — ЕК). И там общались с русскоговорящими гвинейцами — а их довольно много, особенно в возрасте около 50, потому что СССР с Гвинеей сильно дружили. Президент Ахмет Секу-Туре был сильно ориентирован на СССР, с его смертью период дружбы закончился. Но много людей тут училось, и они России симпатизируют.

Мы поехали следом. То есть в первый раз я там осенью 2014 года. А командировка этим летом — уже шестая.

— За три года — шесть раз?

— Ну да. Мы разрабатывали набор для диагностики лихорадки Эбола, поэтому я выезжал, чтобы посмотреть на месте, как им пользоваться, осуществлял авторский надзор. То есть сначала туда забросили специализированную противоэпидемическую бригаду (СПЭБ) из Саратовского института «Микроб». А потом это все разрослось до того, что можно назвать российско-гвинейским научно-диагностическим центром. Там мы и работаем, и учим студентов из местных.

— В Африке интересны именно эндемичные заболевания?

— Естественно. Там много вообще неизвестного, Африка для вирусолога поле непаханое. Мы знаем, что есть то-то и то-то, но встречается и такое, что мы определить не можем. Например, когда я в последний раз туда приезжал, мы смотрели клинические материалы пациентов с подозрением на желтую лихорадку, у которых этот диагноз снят — то есть что-то другое, не она. Около 200 образцов, и только в 55 случаях выявили, что это. Что в остальных, никто не знает. Попадались довольно страшные вещи: женщина умирала от геморрагической лихорадки с клинической картиной, какую при Эболе редко увидишь. Но это не Эбола, не Крым-Конго и не Ласса, а что — мы не знаем. И это не единичный случай. Регистрация заболеваний там очень плохо поставлена, часть людей в деревнях просто умирает, а мы не только не знаем, от чего, — никто даже не знает, что они умерли. Известно о тех, кто попал в больницы, а в деревнях больниц или нет, или ехать до них далеко. Поэтому реальную картину можно изучать долго и с чувством. Но таким образом, как наши, никто там работать не пытается.

— Почему?

— Потому что это очень дорого и нет гарантированного результата. Вот смотрите: когда была вспышка Эболы, приехало очень много людей, все привезли лаборатории — американцы, китайцы, бельгийцы, французы, немцы, мы тоже. Но когда вспышка кончилась, все уехали. Никто не пытался там организовать полноценную лабораторию, в которой проводились бы систематические исследования. Наверное, этому есть какие-то причины, но в настоящее время в Гвинее сделать анализ на широкий спектр инфекций можно только в нашей лаборатории. Конечно, в пределах существующего спектра диагностических средств — как я уже сказал, 75% случаев, по моим оценкам, оказываются нерасшифрованными, и это только геморрагические лихорадки.

Местный колорит

 — А международные организации оказывают какую-то помощь Гвинее? Это же не просто благотворительность — в эпоху глобализации эндемичная болезнь может внезапно перестать быть проблемой гвинейцев.

— Помогают, но в рамках. Там есть и представительство ВОЗ, и «Врачи без границ», и волонтеры. Но Гвинея — это прежде всего территория, на которой собирается интересный для науки и медицины материал. Есть, допустим, ВОЗовские программы по контролю желтой лихорадки — это заболевание для Гвинеи эндемичное. Такие программы спонсирует ВОЗ, но поставляет реагенты исключительно для диагностики желтой лихорадки. Они получают со всей страны клинические материалы и, когда есть подозрение на желтую лихорадку, делают анализ — используют ИФА — и если результат положительный, то отправляют материал в Сенегал, в Дакар. Там есть отделение Института Пастера, в нем находится референсный центр. Они работают по разным нозологиям, что-то под эгидой ВОЗ, что-то в рамках двусторонних соглашений.

— Неужели так дорого организовать лабораторию вроде вашей?

— Дорого. Прежде всего, там большие проблемы с электричеством. Когда вы ставите реакцию, и у вас в процессе три раза свет выключают, ничего не получится. Соответственно, нужны генераторы, генераторы должны обеспечиваться ГСМ, ГСМ по тамошним понятиям стоят дорого.

— Они настолько бедные?

— Может быть, не настолько, но в африканском менталитете нет понятия «пойти и купить». Если вы им дадите, они будут это использовать, если не дадите, не будут. Но и денег у клиник, в общем-то, нет. Небольшие суммы дает государство, но этого недостаточно.

— А у местных врачей есть свой интерес? Вообще, откуда берутся гвинейские молекулярные диагносты?

— Из тех людей, которые учились за рубежом. Например, заведующий лабораторией, с которой мы сотрудничаем, у нас учился. Остальные — частично местные. Но там не нужно высокой квалификации, по нашим меркам, это скорее лаборантская работа. Естественно, в публикации мы их включаем, но самостоятельно они исследования не проводят.

— И нет идей добыть деньги, свое что-то наладить?

— С этим сложно. Мешает психология. У них есть все для того, чтобы жить безбедно: колоссальные запасы железа и алюминия, золото, алмазы, но нет стремления что-то изменить . Это, в общем, не только в Африке бывает. Мало того: если вы хотите поставить бесплатно, например, миллион доз вакцины от гепатита А, официальные лица вам скажут: отлично, а сколько ты нам заплатишь? Такой элемент культуры: если вы организуете совместную деятельность, считается естественным, что вы предложите лично тому человеку, с которым контактируете, так называемый «кадо» — от французского cadeau, «подарок». Изначально это была горсть орехов колы, теперь она конвертировалась в доллары.

— А кто собирал для вас зоологический материал — мышей, клещей? Существуют ли гвинейские зоологи?

— Зоологи гвинейские, конечно же, существуют. Есть университеты, институты, биологические факультеты. Государство выделяет деньги на образование и науку, платит небольшие зарплаты, но на систематические исследования средств нет. Поэтому все, кому нужен материал, приезжают туда с пачкой долларов. Показывают и говорят: принесешь мне сто летучих мышей — я тебе дам сто долларов. Иностранцы в Гвинее проводят зоологические курсы, но их уровень ровно такой, чтобы слушатели правильно материал обнаружили, собрали, сохранили и отправили. В этих пределах.

— В той лаборатории, где вы работаете, вы их обучаете дополнительно?

— Мы учим по нашим стандартам. В этой лаборатории, по крайней мере, нормально обстоит дело с расходными материалами, немцы это обеспечивают. Но если бы не обеспечивали, то надо было бы свое приносить.

— В некоторых наших институтах люди так и поступают…

— Но просто денег нет у людей. Ничего нет, кроме желания работать, и оно не всегда бескорыстное. Бывает и бескорыстное, но, как правило, должно быть какое-то материальное стимулирование. Там людям надо денег заработать, чтобы содержать семью. С работой плохо. Кто-то попал в университет, там поучился. При этом на одного работающего приходится десять голодных ртов, неработающих. Поскольку образование не бесплатное, обычно учат одного в семье, а потом он кормит всех.

Революции по графику

— Как вы с коллегами не боитесь туда ездить? То, что революции там происходят регулярно, по графику, это не шутка?

— В этом смысле Гвинея не самое плохое государство.

— Если сравнить с Сомали…

— Ну зачем сразу с Сомали. Рядом Сьерра-Леоне, там десять лет была гражданская война. В Нигерии то же самое, в Кот-д-Ивуаре. В Гвинее люди поспокойнее, но там есть трения, которые выглядят как политические, а на самом деле межэтнические. Скажем, человек, который в настоящий момент является президентом — представитель одного народа, одной партии. А те, кто совершают революцию, — представители другого народа и другой партии. Партии соответствуют народностям, и борьба по сути идет за то, чтобы представителя одной 

обменять на представителя другой. Потому что дальше по всем ключевым постам будут расставлены свои, а каждый пост — это точка кормления. У каждого свои родственники, у тех свои, и так по нисходящей. За эти точки кормления и идет борьба. Никто не думают, что если поменять одного президента на другого, то жизнь в целом как-то изменится, просто кормиться начнут другие люди, а первые, наоборот, станут делать революцию. При этом между разными национальностями часто заключаются межэтнические браки, и ненависти особой нет. Кстати сказать, нет и религиозных разногласий. Страна с преимущественно исламским населением, есть небольшая группа христиан, но трений на этой почве не возникает — мусульмане достаточно терпимы, более того, экстремисты при попытках проникновения изгоняются. Гвинейский ислам больше похож на тот, который был в Советском Союзе. 

Однако волнения возникают регулярно, поводов много: то из-за воды, то еще из-за чего-то. Волнения бывают разной степени интенсивности, об этом заранее известно — когда, в каком районе все это будет происходить.

— Откуда известно? Там есть интернет?

— Есть. Недовольные собираются через социальную сеть, и власти в курсе, то есть обычно все происходит довольно традиционно. Есть большая группа людей, которая вышла на мирную демонстрацию, и небольшая группа маргиналов, которая бежит рядом и поджигает покрышки, громит магазины и при случае нападает на европейцев — просто потому, что если что-то случится с иностранцами, то это будет резонансно. Поэтому в таких ситуациях лучше там не оказываться. Власти достаточно жестко эти демонстрации подавляют.

 «Там нет эпиднадзора»

—Здравоохранению ни одна из партий ничего не обещает?

— Там обещай — не обещай, денег все равно нет. В Гвинее нет такого устройства здравоохранения, как у нас. Там нет, например, эпиднадзора. После вспышки Эболы появились организация под названием ANSS (франц. Agence National de Securite Sanitaire — Национальное агентство санитарной безопасности. — ЕК), но она занимается просто сбором информации. У нас эпидслужба контролирует эпидемический процесс активно: выезжает в очаги, проводит там профилактические мероприятия, мониторинг. У нас есть на это средства и силы. А они только собирают статистику. Но и статистика неточная, ввиду того, что диагностики как таковой нет, а многие инфекции не вызывают каких-то патогномоничных признаков, то есть вы не сможете без лабораторного подтверждения больного Эболой отличить от больного желтой лихорадкой...

— То есть информация будет, скажем, о том, что столько-то человек лежат с температурой?

— Да, они осуществляют посиндромальную регистрацию. Сколько-то случаев диареи, заболеваний органов верхних дыхательных путей, сколько-то геморрагических лихорадок. Но и то, насколько эти данные соответствует действительности, — большой вопрос. Прислали данные из госпиталя — хорошо, нет — нет. Достоверность присланных сведений тоже под вопросом.

— Лабораторных клинических анализов нет вообще?

— Ну, где-то делается, например, общий анализ крови. В какой-то клинике, я видел, ставят анализ на ВИЧ.

— ВИЧ все-таки боятся?

— Не особенно. Там продолжительность жизни такая, что мало шансов умереть от СПИДа. Вот малярия — это серьезно, многие от нее умирают. Но опять-таки не все случаи отражает статистика: температура поднялась, заболел и умер, от чего умер — никто не знает. Почему, собственно, вспышка Эболы была плохо контролируемой. Люди стали заболевать какой-то геморрагической лихорадкой, ну мало ли, что тут необычного? Не обращали внимания долго, первые случаи были еще в 2013 году. А диагноз поставили только весной 2014 года. До этого самая крупная вспышка Эболы была — чуть больше 300 человек. Заболевает деревня — карантин наложили, когда заболевания и смерти прекратятся, деревню сожгут напалмом и уйдут. А здесь болезнь вытащили в город, а в городе скученность населения, понятие о гигиене отсутствует. То есть она не плохая и не хорошая — ее нет. Нет воды, чтобы руки мыть, нет канализации — люди мочатся, справляют нужду на улице. И все это стекает в море, они в этом море потом моются.

Как найти неизвестный вирус?

— Расскажите, пожалуйста, как ищут неизвестные патогены? Ведь PCRставят на известные фрагменты, а если вообще никаких идей, что это может быть за вирус?

— Здесь есть различные подходы. Сейчас в основном это NGS, секвенирование нового поколения. Но это очень дорогой путь, потому что секвенатору все равно, что читать, он не отличает вирусное от бактериального и человеческого. Если мы возьмем кубик крови, в нем будет 5 * 106 лейкоцитов, размеры генома — 6 * 109 нуклеотидов. И, допустим, вирус с длиной генома 10 000 и копийностью 103. Можно посчитать, сколько букв человеческого генома придется на одну букву от вируса. А если учесть, что большая часть вирусов РНКовая, тогда надо говорить о том, что у человека тоже есть РНК… На этом фоне, если мы запустим секвенатор, два-три коротеньких фрагмента вытащим и при определенном везении сможем сказать, что там что-то есть. Но проблему это в общем виде не решает. Поэтому есть подходы, которые позволяют на предварительном этапе, до того, как готовить библиотеки, каким-то образом материал обогатить. Самый примитивный способ — это первичное накопление. Если вы возьмете клинический материал и введете его мыши, или в клеточную культуру, и подрастите вирус, все равно останется проблема клеток и их нуклеиновых кислот, но вируса будет существенно больше.

Сейчас, конечно, всем интересно получить геном вируса целиком, хотя это и дорого. Есть коммерческие наборы реагентов, которые позволяют избавляться от человеческой митохондриальной и рибосомной РНК. Но и это удовольствие не из дешевых. Когда у вас два-три-четыре интересных образца, это возможно, а сто вы так не сделаете, накладно получается. В среднем это стоит порядка 10000 рублей за образец. Но есть и другие методы, например, те, которыми я пользуюсь. Меня интересует на первичном этапе идентификация — просто понять, что это. Есть такой подход — вырожденные праймеры PCR, универсальные для представителей разных вирусов.

— Не совсем специфичные, но отжигаются на последовательности всех представителей данной группы?

— Да, мы на это надеемся. Выбирается наиболее консервативный фрагмент генома вирусов, делается выравнивание, по этому выравниванию выбирается пара праймеров, и мы ожидаем, что те вирусы, которых мы не знаем, тоже могут быть с его помощью подцеплены. Делаем PCR, происходит обогащение интересующим нас фрагментом, а потом уже этот фрагмент используем для приготовления библиотеки. При таком раскладе у нас жизнь облегчается.

— И на выходе получим фрагменты геномов неизвестных вирусов?

— По крайней мере это нам позволит прошерстить материал и найти тот, который нас интересует. Допустим, у нас есть 300–500 образцов, с каждым возиться — с ума сойдешь. А так мы делаем первичный скрининг и видим: это, допустим, Эбола или Крым-Конго, можем взять праймеры, на геном положить и поднять его. А бывает, что вы находите новый вирус, которого вообще нет в ген-банке, есть только ближайший к нему, с такой-то степенью гомологии. Дальше вы можете продолжать с ним работать — допустим, попытаться получить штамм, уколоть мыши и получить материал от мыши. Или бросить его на NGS, но уже именно его, не все подряд. Не всегда, конечно, это получается. Это задача поисковая, положительный результат не гарантирован, но когда вы его находите…

— Оно того стоит?

— Собственно, для этого мы и работаем. У меня, например, несколько раз такое уже было.

О некоторых научных результатах экспедиции можно прочитать в статье:

Vladimir G Dedkov et al. // Sensitive Multiplex Real-time RT-qPCR Assay for the Detection of Filoviruses. // Health Security Volume 16, Number 1, 2018 DOI: 10.1089/hs.2017.0027