Рукопись статьи Хэ Цзянькуя прокомментировали специалисты

История с отредактированными вестерн-блотами в каталоге антител Thermo Fisher, начавшаяся в мае этого года, получила продолжение — и оказалась куда масштабнее, чем можно было предполагать. Количество подозрительных изображений, размещенных компаниями-поставщиками для подтверждения качества антител, выросло до 18 тысяч.

Риз Ричардсон, возглавивший предыдущую инициативу по выявлению проблемных изображений, провел еще более крупный анализ каталогов поставщиков. 25 августа он сообщил, что вопросы вызывают антитела от 15 различных компаний. В числе «лидеров» по их количеству — G-Biosciences (6 388 сомнительных изображений), Thermo Fisher (5 580), LSBio (2 695) и Origene (2 236). У остальных попавших в опубликованный список поставщиков, в том числе Abcam, насчитывается по несколько сотен потенциально отредактированных вестерн-блотов и форезов антител. 
Сам факт изменения изображений еще не означает, что антитела не работают так, как заявлено. Но количество таких случаев вызывает вопросы о методах работы коммерческих поставщиков, а по словам Ричардсона, на многих из валидационных изображений, призванных подтверждать качество антител, заметны признаки серьезного вмешательства. В частности, он насчитал семь «общих» вариантов фона для примерно 13,8 тысяч изображений, порой одни и те же в каталогах разных компаний. Это наводит ученых на подозрение, что многие из антител вовсе не проходили валидацию.

К проверке качества подключилась открытая организация Only Good Antibodies: пока они успели проанализировать 52 антитела из всего перечня, и 43 из них не прошли как минимум один из нескольких стандартных тестов. За его пределами Only Good Antibodies протестировали 1620 коммерчески доступных антител, и на их сайте представлено расширение для браузера, которое позволяет просмотреть результаты проверки того или иного антитела при наведении на него курсора в каталоге поставщиков.

Некоторые компании уже отреагировали публично: представитель Thermo Fisher заявил, что текущий анализ продукции компании пока не выявил «никаких доказательств влияния на рабочие характеристики антител или лежащие в их основе научные данные». Представитель LSBio пообещал, что компания проведет расследование, хотя и добавил, что сомнительные изображения составляют менее 0,04% от всего каталога. 

Шолто Дэвид, молекулярный биолог, известный своими расследованиями ошибок и фальсификаций в научных статьях, обнаружил очередную проблему — более чем в 50 работах по клеточной сенесценции, вероятно, использовались не те антитела для идентификации ключевого белка.  

Характерный признаков сенесцентных («стареющих») клеток — активность фермента β-галактозидазы. На этом основан один из методов их выявления в культуре — обработка хромогенным субстратом X-gal приведет к тому, что в сенесцентных клетках он расщепится β-галактозидазой и образует нерастворимый осадок синего цвета. Этот фермент можно выявлять и другими методами, например, иммуноокрашиванием или вестерн-блоттингом, то есть с помощью антитела. И Шолто Дэвид пишет в своем блоге о том, что авторы ряда статей сообщают об использовании антитела, специфичного к β-галактозидазе кишечной палочки — ферменту с той же функцией и сильно отличающейся последовательностью. Между β-галактозидазой у кишечной палочки и млекопитающих недостаточно гомологии (около 20%), поэтому антитело к первому из этих белков не будет связываться со вторым. 

Работы, где была замечена ошибка в выборе антител к β-галактозидазе, Дэвид собрал в общедоступный список — сейчас он насчитывает 54 публикации.  Первую из таких статей, вышедшую в Cell в 2016 году, исследователю прислали вскоре после того, как в июне он рассказал об еще одной (более масштабной) путанице с антителами.   

Ранее он писал, что более чем в трехстах работах произошла путаница, и вместо онкосупрессора p16 ученые «искали» в сенесцентных или опухолевых клетках компонент актинового цитоскелета с похожим названием. Вместо антител к p16-INK4a — это полное название онкосупрессора — во многих работах упоминались антитела к p16-ARC, который не участвует в контроле клеточного цикла или старении. Некорректное использование Дэвид нашел в 95% случаев, просмотрев 334 доступных статьи — сам он называет это «поистине поразительной ошибкой».    

Британское издательство Taylor & Francis с 2023 года регулярно публикует краткие пересказы научных статей, написанные простым языком (Plain Language Summaries of Publications, PLSP), в первую очередь по медицине. «Пациенты, политики, лица, осуществляющие уход, и врачи общей практики теперь могут быть в курсе последних медицинских статей», — говорилось в анонсе. Статьи адресованы специалистам, и другим людям их язык непонятен. Это препятствует коммуникации с пациентом и не соответствует практике совместного принятия решений о лечении. Информация об исследованиях широко доступна через интернет, но остается непонятной для большинства людей.

PLSP находятся в открытом доступе, имеют собственные цифровые идентификаторы (DOI). При наличии разрешения могут быть сделаны популярные обзоры исследовательских статей, опубликованных в любом рецензируемом журнале.

Теперь Taylor & Francis анонсировало обзоры, написанные простым языком (Plain Language Reviews, PLR). В них не просто пересказывается отдельная статья: данные научного исследования или клинических испытаний дополнены информаций из множества связанных рецензируемых статей, которые дают контекст для основного исследования. В отличие от правил для PLSP, среди соавторов PLR не обязательно должен быть кто-то из авторов исходной статьи,

Подробнее о том, как издательство предлагает писать обзоры научных исследований для широкого круга.

На базе геномного центра ООО «Биотек кампус» при финансировании ПАО «НК «Роснефть» было проведено секвенирование и анализ геномов 100 000 граждан России в рамках национальной генетической инициативы «100 000+Я».

В Дании многое сделано для того, чтобы побудить мужчин брать отпуск по уходу за ребенком. Тем не менее рождение ребенка гораздо сильнее влияет на академическую карьеру датских женщин, поскольку они выполняют почти в пять раз больше обязанностей по уходу за детьми, чем мужчины.

Исследователи собрали информацию о 13 347 родителях, которые обучались в аспирантуре университетов с 1996 по 2017 год и у которых родился первый ребенок после первого года работы над диссертацией. Эти данные дополнили историей публикаций по базе Scopus и ответами на опрос, проведенный в датских университетах в 2017 году, о балансе между работой и личной жизнью.

Через восемь лет после рождения первого ребенка вероятность трудоустройства в университете у женщин была на 29% ниже, чем у тех, кто не завел детей; у мужчин аналогичное снижение составило 14%. Заработок матерей, покинувших университет, снизился в среднем на 12%, они реже получали должности в исследовательских институтах и лабораториях, то есть чаще мужчин-родителей полностью прекращали занятия наукой. У матерей, оставшихся в университете, снизились шансы получить постоянную должность по сравнению с теми, кто не имел детей (на 35% через три-четыре года после рождения ребенка и на 23% через восемь лет), в то время как у отцов заметных изменений не наблюдалось. Научных публикаций через восемь лет после рождения ребенка у матерей было на треть меньше, чем у отцов.

В то же время, как пишет Nature, по данным ЮНЕСКО в последние десятилетия среди аспирантов и кандидатов наук в мире стало больше женщин, чем мужчин.