Коротко

Хищные издания (по-английски predatory journals, по-русских их также часто называют «мусорными») — те, которые принимают статьи к публикации без надлежащего рецензирования, провверки на плагиат или соответствие этическим нормам, часто берут с авторов плату. Но чтобы начать систематическую борьбу с ними, необходимо определение хищного журнала. Авторы статьи в Nature рассказали о попытке выработать консенсус по этому вопросу. Встреча состоялась в Оттаве (Канада), в ней участвовали издатели, спонсоры научных исследований, ученые, политики, представители академических учреждений и библиотек. Особое внимание участники уделяли медицинским наукам, но предложенное ими определение универсально: хищные журналы и издатели — те, которые отдают предпочтение своим личным интересам за счет интересов науки и чьи характерные признаки — ложная или вводящая в заблуждение информация, отклонение от лучших практик редактирования и публикации, отсутствие прозрачности и (или) использование агрессивных и неизбирательных методов привлечения авторов. Упоминание качества публикаций было намеренно исключено: по этому параметру иногда трудно отличить хищный журнал от журнала с ограниченными ресурсами. 

Понятие «хищного журнала» появилось в 2010 году, авторов начали предупреждать о таком явлении, составлять списки журналов, которых следует остерегаться, объяснять, на что следует обращать внимание. Однако хищные издатели ловко мимикрируют, поэтому стратегию противодействия тоже необходимо адаптировать. Проблему усложняет и то, что грантовые организации, поддерживающие План S , требуют от авторов публикаций в открытом доступе. Участники встречи в Оттаве создали портал для борьбы с хищными издателями. Они отмечают, что будут продолжать борьбу, привлекать заинтересованные стороны, искать финансирование.

Компания Biogen 5 декабря на конгрессе по клиническим испытаниям препаратов для лечения болезни Альцгеймера объяснила, почему подает заявку в FDA на регистрацию адуканумаба, кандидатного лекарства, которое таргетирует бета-амилоид, образующий бляшки. В 2015 году Biogen в партнерстве с Eisai (Токио) запустили два крупных клинических испытания с одинаковым дизайном, ENGAGE и EMERGE, в каждом из которых были протестированы две различные дозы адуканумаба против плацебо более чем у 1600 человек с ранней стадией болезни Альцгеймера и подтвержденным накоплением амилоида в мозге. В марте Biogen и Eisai сообщили, что прекращают оба испытания из-за сомнений в эффективности; высказывалось мнение, что воздействие на амилоидные бляшки в принципе не останавливает прогрессирование заболевания. Однако в октябре Biogen объявила, что препарат все-таки не бесполезен и компания планирует получить одобрение FDA.
В обоих исследованиях адуканумаб значительно уменьшил накопление амилоида, а в исследовании EMERGE в группе с высокими дозами когнитивные функции через 78 недель снизились значительно меньше, чем в группе плацебо. Однако в ENGAGE у группы с высокими дозами результат был несколько хуже, чем в группе плацебо. Саманта Бад Хэберляйн, глава отдела клинических разработок Biogen, сообщила, что теперь компания проанализировала более обширные данные. Различие в результатах двух испытаний, по ее словам, объясняется тем, что часть пациентов с генным вариантом APOE4 сначала получали низкую дозу из-за риска отека мозга, но позднее было установлено, что высокая доза безопасна и для них. Поскольку испытание ENGAGE началось раньше, в нем больше участников получало низкую дозу.

Technology Review, издание Массачусетского технологического института, возвращается к истории сенсационного заявления Хэ Цзянькуя. Выяснилось, в частности, что Хэ Цзянькуй разместил данные о своем эксперименте в регистре клинических испытания только 8 ноября, чтобы соответствовать требованиям Nature, куда он направил рукопись статьи. Это и раскрыло его тайну: MIT Technology Review обнаружил этот документ и написал об эксперименте.
Как сообщает  MIT Technology Review, Хэ Цзянькуй отправлял свою статью о редактировании гена CCR5 в эмбриональных геномах по меньшей мере в два журнала, Nature и Journal of the American Medical Association, а также в репозиторий для публикации препринтов BioRxiv, но везде получил отказ.
Однако Tech Review получил рабочую версию двух статей от неназванного источника: одну о близнецах, другую о связанных с ними лабораторных исследованиях эмбрионов. Мнения экспертов, приглашенных изданием, различались, но все были едины в том, что публиковать в научном журнале подобные статьи не следует.
Tech Review опубликовал фрагменты статьи с комментариями юриста, специалистов по репродуктивной эндокринологии, эмбриологии и генному редактированию. Суть: ключевые заявления, сделанные Хэ, не подтверждаются имеющимися данными; неясно, вполне ли добровольным было согласие родителей; медицинские выгоды, мягко говоря, сомнительны, не была проведена проверка, действительно ли подобная мутация сделала клетки резистентными к ВИЧ;; исследователи начали эксперименты на людях прежде, чем убедились в безопасности. Команда Хэ, по-видимому, даже не смогла воспроизвести превалирующий в популяции вариант гена; исправление было сходным, но не идентичным.
«Утверждение, что они воспроизвели распространенный вариант CCR5, является вопиющим искажением фактических данных и может быть описано только одним термином: преднамеренная ложь», — заявляет Федор Урнов (Институт инновационной геномики, Калифорнийский университет, Беркли). Непонятно, на каком основании авторы статьи утверждают, что нецелевого редактирования не было.
Будущее девочек-близнецов по-прежнему неясно, и некоторые даже сомневаются в их существовании.

Nature опубликовал письмо доктора философских наук Елены Гребенщиковой (Институт научной информации по общественным наукам РАН) и ряда выдающихся ученых о редактировании клеток зародышевой линии человека. Елена Гребенщикова принимала участие во встрече ученых и научных журналистов с Денисом Ребриковым (подробнее на PCR.news).  
Как подчеркивается в письме, российские генетики, клиницисты и биоэтики считают преждевременным применение технологий редактирования генома на человеческих эмбрионах и половых клетках в клинических целях; их точка зрения «согласуется с позицией Минздрава России и определяет социальный контекст для дальнейшего обсуждения технологии».
«Мы согласны с Генеральным директором Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) в том, что необходимы комплексные исследования технических и этических последствий использования технологии, — говорится далее в тексте. — Мы поддерживаем рекомендации Консультативного комитета ВОЗ по разработке глобальных стандартов управления и надзора за редактированием генома человека, а также по созданию общедоступного реестра клинических исследований воздействия его применения на соматические и половые клетки человека».
Таким образом, российская наука полностью солидарна в этом вопросе с международными организациями, этическая экспертиза и регуляция этой области будет осуществляться в соответствии с общепринятыми мировыми принципами. 
Среди подписавших письмо — Евгений Гинтер, Олег Гусев, Сергей Лукьянов, Павел Тищенко, Сергей Куцев и др.

Издательский гигант Elsevier подписал свое первое соглашение об открытом доступе с научной организацией в США — Университетом Карнеги—Меллона (CMU) в Питтсбурге, штат Пенсильвания. Соглашение позволит сотрудникам CMU получить бесплатный доступ к статьям, которые ранее оплачивались. Кроме того, с 1 января 2020 года статьи, в которых автор, ведущий переписку, аффилиирован в CMU, будут размещаться в открытом доступе. В анонсе соглашения на сайте университетских библиотек отмечается, что открытые статьи имеют больше прочтений, чем доступные по подписке, у них выше импакт, соответственно, больше их влияние.
CMU не раскрывает стоимость соглашения: этот вопрос уже осложнял переговоры Elsevier об открытом доступе с другими организациями, например с Калифорнийским университетом. В апреле исследовательский консорциум в Норвегии заключил сделку с Elsevier, но согласился на повышение цены, тогда как CMU, возможно, сумел ее снизить. «Все, что я могу сказать, — это то, что мы достигли финансовых целей, которые поставили перед собой», — говорит Кит Вебстер, декан университетских библиотек CMU. Так или иначе, риски Elsevier невысоки: в его журналах исследователи из CMU ежегодно публикуют всего около 175 статей.

20 ноября компания Thermo Fisher Scientific запустила продажу платформы Applied Biosystems SeqStudio Genetic Analyzer for Human Identification. Система, предназначенная для идентификации человека, основана на капиллярном электрофорезе и обеспечивает анализ коротких тандемных повторов (STR) и секвенирование по Сэнгеру. Прибор умещается на столе и рассчитан на применение в маленьких и среднего размера криминалистических лабораториях. Главная особенность системы — сменный картридж, который вмещает капиллярный чип, емкость с полимером и анодный буфер. Одного картриджа хватает на обработку 1 000 образцов. Усовершенствованное программное обеспечение прибора содержит специальный модуль для защиты и отслеживания данных. Производитель также обещает высокую скорость работы: от загрузки образца до получения результата пройдет около 39 минут.

О других предложениях Thermo Fisher Scientific по экспресс-идентификации личности на PCR.news.

На встрече в Цюрихском университете в Швейцарии 19 ноября прошло собрание ученых, на котором обсуждалось, не следует ли сделать процесс получения грантов случайным. Встречу организовала Маргит Остерло, экономист из Университета Цюриха, которая изучает вопросы организации науки; по ее мнению, случайный отбор дает шансы идеям, которые не принадлежат к мейнстриму. Она также заявила, что существующие процедуры отбора неэффективны. Ученые должны готовить длинные заявки, во многих случаях эта работа оказывается напрасной, а оценочные комиссии тратят время на ранжирование большого количества работ среднего уровня. Идея имеет теоретическую поддержку.
Совет по исследованиям в области здравоохранения Новой Зеландии (Health Research Council of New Zealand) с 2015 года присуждает часть грантов случайным образом, в ежегодной лотерее. Например, в начале 2019 года Дэвид Акерли из Университета Виктории в Веллингтоне получил 150 000 новозеландских долларов (96 000 долларов США) для разработки новых способов уничтожения клеток. (Интересно, что сам Акерли принимает участие в рассмотрении грантов и не считает правильным отказываться от традиционной системы.) Систему лотереи для присуждения части грантов использует и другой новозеландский государственный фонд, «Наука за технологические инновации» (SfTI), а также крупнейшее частное финансовое агентство Германии — Фонд Volkswagen и Швейцарский национальный научный фонд (SNSF). Как правило, спонсоры просматривают заявки, чтобы убедиться, что они соответствуют стандартам, затем проектам присваиваются номера, которые случайным образом выбирает компьютер.

Евгений Кунин, старший исследователь Национального центра биотехнологической  информации Национальных институтов здравоохранения США (NCBI, Бетесда), получил звание заслуженного исследователя NIH (NIH Distinguished Investigator). На это звание могут быть номинированы штатные старшие исследователи Национальных институтов здравоохранения; оно зарезервировано для наиболее выдающихся ученых (верхние 2–3%).
Интервью с Евгением Куниным на PCR.news — об изучении эволюции жизни на Земле, проблемах биогенеза и о многом другом

Компания Illumina расширяет сделанное ранее предложение  о предоставлении конкурентам интеллектуальной собственности, чтобы сохранить сделку по приобретению Pacific Bioscience. Oxford Nanopore Technologies считает это предложение совершенно неадекватным и неспособным устранить последствия антиконкурентного соглашения о слиянии двух компаний. Теперь Illumina готова предоставить«бессрочную, без отчислений, безотзывную лицензию на любые предварительные патенты и патентные заявки Illumina и PacBio любой заинтересованной третьей стороне для использования в области одномолекулярного секвенирования, дающего длинные риды, с соответствующими реагентами».

В Великобритании женщина, известная как ABC, судится с несколькими организациями Национальной службы здравоохранения из-за того, что врачи не сообщили ей о результате генетического теста ее отца. ABC была беременна, когда у ее отца выявили болезнь Хантингтона — неизлечимое заболевание, ведущее к прогрессирующей гибели клеток мозга. Причиной заболевания является мутация в гене HTT. Отец попросил врачей не говорить дочери о диагнозе, опасаясь, что она сделает аборт. Истица же утверждает, что сделала бы аборт, если бы вовремя узнала о заболевании, и считает, что сокрытие от нее такой информации было нарушением врачебного долга. Результаты анализа ABC показали, что она также является носителем мутации в HTT. Дочь ABC не сдавала анализ, и вероятность наследования ею заболевания составляет 50%. Истица оценивает ущерб в 345 000 фунтов. Представитель Национальной службы здравоохранения говорит, что врачи не обязаны предоставлять информацию о диагнозе, если пациент против, и факта нарушения врачебного долга не было.