Коротко

Диагностика Рынок и регулирование Молекулярная диагностика Тест-системы в клинике Сопроводительная диагностика Вирусология Онкология Рынок клинической диагностики Неврология Экспрессия генов Бактериология Государственное регулирование Геномика Генетика Et сetera Молбиология Клеточная биология Генная терапия CRISPR Редактирование генома Организация науки Персонализированная медицина PCR Репродуктивное здоровье Сердечно-сосудистые заболевания Биомаркеры Новые препараты Новые концепции Эпидемиология Наследственные заболевания Вакцины Терапия Фарма Российские компании Секвенирование Биоинформатика Иммунная система Гастроэнтерология Метаболизм Подготовка образцов Новые инструменты и оборудование Технологии Клинические исследования Методология эксперимента Инвестиции Иммунологические методы Микрочипы и мультиплексный анализ Финансирование исследований Микология

Геном 2019-nCoV был секвенирован всего две недели назад, но диагностические компании и лаборатории уже предлагают тесты для его выявления. Последовательность 2019-nCoV была депонирована в базе данных GeneBank как «изолят вируса пневмонии на рынке морепродуктов Уханя» 5 января 2020 года. Затем последовательность несколько раз обновлялась; она также загружена в базу данных Global Initiative on Sharing all Influenza Data (GISAID).

Быстрая публикация генома вируса помогла создать подходы для молекулярной диагностики. Группа европейских вирусологов разработала тест для ВОЗ, включенный во временное руководство по выявлению 2019-nCoV. Работа велась еще до распространения геномной последовательности нового вируса, поэтому группа использовала известные последовательности SARS и SARS-связанных коронавирусов. После получения генома 2019-nCoV последовательности были отобраны по соответствию с ней.

Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) разработали тест, основанный на ОТ-ПЦР в реальном времени. В настоящее время тестирование должно проводиться в CDC, но в ближайшее время CDC поделится тестами с местными и международными партнерами.

Коммерческие тесты, известные по состоянию на четверг, включают наборы количественной ОТ-ПЦР китайской компании BGI и Co-Diagnostics. BGI отметила, что основывалась на своем предыдущем опыте секвенирования вируса SARS менее чем за 20 часов и создания набора для ИФА за 96 часов. Дуайт Иган, генеральный директор Co-Diagnostics, заявил, что технология компании Co-Primer может снизить вероятность ложноположительного диагноза, и что компания быстро окажет помощь в предоставлении диагностики пострадавшим странам, если ВОЗ объявит вспышку чрезвычайной ситуацией международного значения. Акции Co-Diagnostics в четверг выросли на 80%.

Oxford Nanopore также сообщила, что работает с лабораториями общественного здравоохранения по всему миру для обеспечения быстрого секвенирования 2019-nCoV.

Были бы крайне востребованы быстрые диагностические тесты, которые можно проводить в аэропортах, однако такие тесты пока еще никем не предложены. Еще одно важное потенциальное применение — анализы для поиска животных, переносящих вирус.

Стартап Immunis.AI, ранее известный как OncoCell MDx, планирует коммерческий запуск теста на рак простаты на начало 2021 года. Тест разработан на платформе Intelligentia и сочетает секвенирование РНК иммунных клеток крови и машинное обучение. В основе лежит представление о том, что изменения в организме, связанные с патологическими процессами, приводят к изменению РНК-сигнатуры фагоцитарных CD14+-клеток. Соответственно, болезнь определяется по экспрессии генов в фагоцитах. Для отсечения фоновых шумов используется технология SNEP — нормализация сигнала по данным о генной экспрессии в лимфоцитах пациента. Разработчики утверждают, что для анализа потребуется не более 8 мл крови. Тест позволит отличить агрессивный рак простаты от вялотекущего заболевания и поможет принять правильное клиническое решение.
Оральная таблетированная моновалентная вакцины от гриппа VXA-A1.1 успешно прошла фазу 2 клинических испытаний. Результаты фазы 1 были опубликованы в 2015 году. В новом этапе приняли участие 179 здоровых индивидов в возрасте 18–49 лет. Начальный титр антител, необходимый для ингибирования гемагглютинации, у каждого участника не превышал 20. Испытуемых разделили на три группы: 71 принял VXA-A1.1, 72 получили внутримышечно квадривалентную инактивированную вакцину IIV, 36 — плацебо. Через 90 дней после вакцинации были отобраны участники без значимых клинических симптомов: 58 из первой группы, 54 из второй и 31 из третьей, всего 148 человек. Они получили интраназально дозу дикого вируса гриппа A/CA/like(H1N1)pdm09. Гриппом заболели 17 человек из 58, принявших VXA-A1.1, 19 из 54, получивших IIV, и 15 из плацебо-группы. Испытуемых наблюдали в течение года. За это время не было выявлено серьезных побочных эффектов, связанных с вакцинацией. Полученные результаты говорят об эффективности, безопасности и хорошей переносимости VXA-A1.1.

Агентство передовых исследований в сфере разведки (The Intelligence Advanced Research Projects Activity, IARPA) — исследовательское агентство, находящееся в подчинении у директора национальной разведки США, — выделило 48 миллионов долларов двум научным группам для создания цифрового хранилища данных на синтетической ДНК.

Molecular Encoding Consortium, возглавляемый Робертом Николом из Института Брода, получил от программы IARPA по хранению молекулярной информации (MIST) 23 млн долларов. Консорциум также включает в себя исследовательскую группу Донхи Хэма из Гарварда и французскую программу DNA Script. Декодировать хранимые данные предполагается с помощью высокопроизводительного секвенирования, для этого консорциум планирует сотрудничество с Illumina.

IARPA также предоставила 25 млн. долларов Технологическому исследовательскому институту штата Джорджия на проект масштабируемого программного и аппаратного обеспечения для молекулярного архивирования (SMASH). Twist Bioscience будет синтезировать ДНК для проекта SMASH в качестве субподрядчика. В проекте также участвуют команды из Вашингтонского университета, Microsoft и Roswell Biotechnologies.

Twist заявила, что получит до $9,2 млн. за разработку «кремниевой платформы для синтеза ДНК, которая “пишет”, или синтезирует достаточное количество ДНК в день, чтобы стоимость хранения цифровых данных составляла всего 1 доллар за гигабайт». Компания давно рекламирует свои планы по разработке технологии долгосрочного хранения данных с использованием ДНК.

Еще о хранении информации на синтетической ДНК 

Вспышка коронавирусной инфекции, которая началась в китайском городе Ухане в конце прошлого года, продолжается. Китайские органы здравоохранения сообщили 20 января, что за прошедшие выходные было выявлено более 130 новых случаев пневмонии, вызванных вирусом, в результате их общее количество в одном Китае превысило две сотни, включая три случая за пределами Уханя. Также сообщается о третьем летальном исходе. Новый случай инфекции выявлен в Южной Корее — третья страна за пределами Китая после Таиланда и Японии. (Подробности о начале вспышки на PCR.news.) 

Инфекция началась в середине декабря на рынке морепродуктов в Ухане. Китайские ученые определили новый коронавирус и секвенировали его геном, что позволило ученым создать диагностические тесты. Эпидемиологические данные делали все более вероятным предположение, что вирус передается от человека к человеку. К 20 января уханьские врачи выявили более 800 близких контактов пациентов и продолжали наблюдения. Наконец, 21 января CNN со ссылкой на Национальную комиссию по здравоохранению КНР  сообщил, что обнаружены по меньшей мере два случая передачи от человека к человеку. 

Национальные институты здравоохранения США начали разработку вакцины против уханьского коронавируса. Над вакциной работают и другие ученые из США и Китая.

По оценкам группы под руководством исследователей из Имперского колледжа Лондона, сделанным на основе имитации поездок в Ухань и обратно и опубликованным 17 января, новым коронавирусом могут быть инфицированы около 1700 человек.

Дополнение: Центры  по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) сообщили о первом случае в Соединенных Штатах. Пациент вернулся из Уханя 15 января. Зарегистрированы также случаи в Тайване и на Филиппинах. О случаях на территории РФ пока не сообщается. Ситуация находится на строгом контроле в Роспотребнадзоре.

Шестеро исследователей из онкологического центра Моффитта во Флориде были уволены в прошлом месяце за то, что скрывали свои связи с китайским медицинским университетом Тяньцзиня по программе «Тысяча талантов Китая». Об этом говорится в сообщении онкоцентра, адресованном законодателям штата Флорида, сообщает Science. Власти начали расследование связей американских ученых и Китая. В сообщении говорится, что исследователи, среди которых бывший генеральный директор Алан Лист и директор исследовательской программы Томас Селлерс, по-видимому, руководствовались обыкновенной жадностью и пренебрегли как институтскими, так и федеральными правилами. Среди уволенных только один этнический китаец — Шэн Вэй, который и вовлек остальных в «серую схему» получения доходов.

В отчете центра, переданном властям, почти 1400 страниц материалов. Все уволенные подтвердили получение персональных платежей и признали, что открыли или поддерживали личные банковские счета в Китае для получения компенсации по программе «Тысяча талантов». Речь может идти о миллионах долларов. Расследование только начато и пока неясно, действительно ли американские ученые оказывали какие-то услуги за эти деньги, например, проводили ли они клинические исследования в интересах китайского медуниверситета, или обманывали китайскую сторону, посылая формальные отчеты.

Поскольку программа «Тысяча талантов» совершенно легальна, то ущерб в данном деле может быть двух видов: в создании «теневых лабораторий» (термин NIH) для помощи в проведении исследований в Китае, и в обмане китайских спонсоров. В любом случае нарушены нормы открытости информации.

Компания Oxford Nanopore Technologies запустила продажу проточных ячеек для нанопорового секвенирования R10.3. Новые ячейки стали развитием представленных ранее нанопор R10, которые отличаются от широко используемых R9.4.1 более длинным стволом, а также несут две считывающие головки вместо одной. Такая конфигурации увеличивает разрешение при работе с гомополимерами, повышает пропускную способность поры и консенсусную точность данных сенвенирования. Проточные ячейки R10.3 соместимы с секвенаторами MinIon и PromethIon и могут использоватся с набором для подготовки библиотек LSK109. Стоимость одной ячейки составляет от $475. Позже появится R10.3-версия ячеек Flongle.

Апелляционный совет Европейского патентного ведомства (EPO) 17 января подтвердил отзыв патента Института Брода на CRISPR в Европе. 

В январе 2018 года возник спор между Институтом Рокфеллера и Институтом Брода: Лучано Марраффини из Института Рокфеллера, один из соавторов ключевой статьи о CRISPR-редактировании, не был включен в некоторые патентные заявки США и PCT, охватывающие использование CRISPR в эукариотических клетках. При этом в других патентах, касающихся редактирования прокариот, Марраффини был указан. Спор между институтами удалось уладить. Однако после этого EPO приняло решение, согласно которому получение европейского патента по техническим причинам не может основываться на приоритетной предварительной заявке института Брода, поданной в США, и таким образом Брод утрачивает приоритет. Институт Брода заявил, что обжалует это решение в Апелляционном совете EPO. Однако решение было принято не в его пользу

Эрик Роудс, исполнительный директор европейской компании ERS Genomics, основанной для обеспечения доступа к интеллектуальной собственности CRISPR-Cas9, которой владеет Эммануэль Шарпантье, сказал в своем комментарии: «Окончательное решение проблемы дает определенную степень ясности тем компаниям, которые заинтересованы в использовании и коммерциализация технологии CRISPR-Cas9. Сегодняшнее постановление значительно уменьшает площадь патентов CRISPR-Cas9 Брода в Европе и должно значительно облегчить принятие решений о лицензировании для тех, кто хочет использовать CRISPR-Cas9-технологию на территории Европы».

Компания Natera объявила о проведении общенационального многоцентрового исследования (США) пациентов с диагнозом колоректального рака второй и третьей стадии. Цель исследования BESPOKE CRC — оценка эффективности серийного анализа крови с помощью теста Signatera для раннего выявления рецидивов и определения их риска после операции. В исследовании примут участие около 1000 пациентов. Тестирование будет проводиться в течение первых 6 месяцев после операции, чтобы проинформировать о необходимости химиотерапии, а затем примерно каждые 3 месяца для раннего выявления рецидива. Пациенты будут находиться под наблюдением в течение двух лет.
Signatera — тест, определяющий циркулирующую опухолевую ДНК. Тест персонализирован: на первой стадии проводится полноэкзомное секвенирование и определяются 16 уникальных генетических вариантов для опухоли конкретного пациента, а мониторинг ведется мультиплексным ПЦР-анализом по этим маркерам. В опубликованных исследованиях Signatera выявлял рецидив у пациентов до 16,5 месяцев ранее, чем стандартные диагностические инструменты (в среднем на 8,7 месяцев раньше).
Американский стартап Universal Sequencing Technology (UST) намерен вывести на рынок собственную платформу для секвенирования длинных ридов, сообщает GenomeWeb. UST, основанный бывшими сотрудниками компании Roche, работает над этой платформой несколько лет и недавно выпустил на рынок набор для подготовки геномных библиотек для секвенирования. Набор представляет собой модификацию баркодирования linked-read и, по утверждению разработчиков, требует малых количеств ДНК на входе (от 0,5 нг), а сама подготовка библиотеки занимает около трех часов. Детали новой платформы не разглашаются, но очевидно, что будет использована уже представленная наработка, названная Transposase Enzyme Linked Long-read Sequencing (TELL-Seq). Руководство утверждает, платформа будет отличаться от известных систем Oxford Nanopore Technologies и Pacific Biosciences. Фирма подала заявки на 19 патентов США.