«Доктор Хаус провоцирует коллегу на проведение анализов, а этично ли это при отсутствии лечения заболевания?»

Серию интервью на PCR.NEWS с руководителями секций и спикерами конференции «Молекулярная диагностика 2023» продолжает д.б.н. Максим Леонидович Филипенко, заведующий лабораторией фармакогеномики Института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН. Как и другие наши собеседники, он говорит о своих научных интересах и трендах в медицинской практике и в области, которую он представляет, — диагностике онкологических заболеваний

В сферу наших интересов в первую очередь входит молекулярно-генетическая диагностика онкологических заболеваний. Мы занимаемся и другими заболеваниями человека и животных, но в онкологии мы сегодня видим наиболее четкое и быстрое внедрение таргетных лекарственных препаратов, неразрывно связанное с наличием молекулярного теста. Первыми такими препаратами, например, были Герцептин (трастузумаб) для лечения рака молочной железы и Гливек (иматиниб) при хроническом миелолейкозе. Чтобы назначать таргетную терапию, нужна качественная диагностика.

Сегодня мы имеем в арсенале лаборатории практически все основные методы: разновидности полимеразной цепной реакции, цифровую ПЦР, высокопроизводительное секвенирование. С последними двумя методами мы и связываем развитие молекулярной диагностики в онкологии. Мы не просто используем их для проведения анализа, но хорошо понимаем, как они работают и как устроены. Это позволяет быстро разрабатывать тесты под новые задачи, что и было продемонстрировано в ряде работ. В основном я говорю о солидных опухолях, о нашей области специализации, так как онкогематология существенно отличается.

Институт имеет клинический отдел, в нем есть онкологическое отделение, и нашу локальную диагностическую деятельность мы осуществляем через эту клинику. Кроме этого, мы уже много лет участвуем в диагностических программах крупных фармакологических компаний. Мы принимали участие в нескольких международных клинических исследованиях в качестве клинико-диагностической лаборатории именно для проведения молекулярно-генетического анализа. Также много лет мы продуктивно взаимодействуем с программой RUSSCO (Российское общество клинических онкологов) по программе Cancer Genome, основной целью которой является улучшение молекулярно-генетической диагностики для пациентов с онкологическими заболеваниями. Также у нас появилось и свое профессиональное общество — Межрегиональная общественная организация молекулярных генетиков в онкологии и онкогематологии. Одной из целей этого общества является образовательная деятельность для врачей и сотрудников клинико-диагностических лабораторий. Мы выбрали формат, который хорошо известен в мире, часто он предшествует разработке и утверждению клинических рекомендаций, он называется «Консенсусное мнение специалиста». Уже сегодня в нашем багаже три таких документа, но следующие уже находятся в работе.

Молекулярно-генетические исследования в онкологии развивались стремительно, поэтому их стандартизация хромает. Сегодня для выдачи заключения результата анализа, проведенного лабораторией, мы не имеем единого стандарта. Понятно, что он не может быть совсем единым, но он может быть одним для соматических мутаций, другим — для герминальных. Если мы говорим об анализе соматических мутациях, то есть тех типах молекулярных мишеней, которые используются для назначения таргетной терапии и вошли в Программу госгарантий, то сейчас там мы имеем раздрай и шатание. Наша лаборатория, входя в состав костяка лабораторий, занимающихся молекулярно-генетическим тестированием, ставит себе задачей активно участвовать в процессах стандартизации протоколов тестирования, в разработке методов контроля качества таких исследований.

Наша свежая разработка — диагностика опухолей, имеющих соматические мутации в гене, кодирующем ДНК-полимеразу эпсилон (POLE). Наличие этих мутаций определяет хороший прогноз, и определение этого молекулярного маркера недавно вошло в международные клинические стандарты. Недавно мы также разработали тест на соматические мутации генов FGFR, рецепторов фактора роста фибробластов.

Практически каждый онкоцентр сегодня имеет маленькую ПЦР-лабораторию. Тестирование соматических мутаций гена EGFR уже прочно вошло в стандарты клинической лабораторной диагностики при немелкоклеточном раке легких. И это в первую очередь связано с доступностью соответствующих таргетных препаратов. В сентябре компания «Янссен» зарегистрировала препарат для лечения опухолей с драйверными соматическими мутациями в гене FGFR-3 или химерными транскриптами этого гена, он будет доступен в следующем году, потребуется сопровождающая диагностика. А мы ее уже сделали и валидириовали. Надеемся, что нам удастся получить регистрационное удостоверение и сделать это доступным для общей медицины, а не только для федеральных центров.

У нас разработан ряд панелей таргетного NGS, но пока их тяжело довести до «товарного вида» — чтобы эти тесты переместились из нашей лаборатории в клинические. Лабораторий, использующих NGS, не так много в России, но все же их уже около десятка. В основном, конечно, это связано с секвенированием генов BRCA1 и BRCA2 при раке молочной железы, яичников. Но это вошло в программу ОМС, и есть доступный препарат. Я не могу сказать, что прямо в каждой онкологической поликлинике вам назначат анализ, но когда пациент добирается до онкологического центра, то грамотный химиотерапевт назначит NGS-секвенирование в том случае, когда такая опция у него есть. Если у него есть квота по программе RUSSCO, которую финансирует компания AstraZeneca, либо этот тариф уже попал в ОМС того города или области, в которой он локализован. В Москве этот тариф появился первым и достаточно давно существует. Москва сегодня рассматривает введение еще одного NGS-тарифа: на секвенирование при аденокарциноме немелкоклеточного рака легкого, это гораздо более сложный тест, он до сих пор находится в процессе валидации. Я уверен, что, как только он появится в программе ОМС Москвы, онкологи будут о нем знать и назначать.

Наша гордость — программы для дизайна и обработки данных NGS. У нас их пока три, первая CutPrimers, которую мы выложили в открытый доступ, сегодня, пожалуй, является самой цитируемой программой для обработки NGS-данных из России. Она работает на порядок быстрее, чем аналоги.

Все мы знаем про лавинообразный рост омиксных данных, полученных при молекулярном анализе различных типов опухолей. Например, Cancer Genome Atlas — прекрасный проект, он не только дал нам много информации о механизмах канцерогенеза, но и стимулировал развитие молекулярной диагностики онкологических заболеваний. Там было и экзомное секвенирование, и транскриптом, и метилирование. И в ряде случаев — микроРНК. А сегодня на авансцену выходит не только опухолевая ткань. Это важно, потому что это еще и мой исследовательский интерес. Появились протоколы, которые позволяют в суммарном транскриптоме определять количество и качество других типов клеток. Например, иммунокомпетентных клеток, фибробластов. Безусловно, параллельно развивается одноклеточное секвенирование, но это пока сложный и дорогой метод. А когда мы говорим про опухоли, часто мы имеем уже фиксированный образец, прошедший формалин, подвергнутый жесткому воздействию на ДНК и РНК. Достаточно тяжело в нем проанализировать единичные клетки, хотя и это становиться возможным.

Крайне перспективное направление — жидкостная биопсия, получение информации о молекулярном типе опухоли в результате анализа ее компонентов, которые мы можем детектировать вне опухоли. В крови, моче, слюне. Это важно, потому что это еще и мой исследовательский интерес. Жидкостная биопсия вошла по оценке ряда прогнозных медицинских агентств в число наиболее важных десяти трендов развития медицины. Одной ногой этот тип анализов уже стоит в клинических рекомендациях. Уже сегодня мы используем анализ циркулирующей ДНК опухоли, выделенной из плазмы пациентов после прогрессии на ингибиторах EGFR первого поколения, для нахождения мутации резистентности — это позволяет назначить пациенту новый препарат третьего поколения осимертиниб. Это уже вошло и в международные, и в российские клинические рекомендации.

Клиническая диагностика не существует сама по себе. Она будет бесполезна, если вы на ее основании не проведете лечение. В этом смысле проведение раннего диагностирования с помощью жидкостной биопсии пока только proof of concept, мы доказываем, что она может диагностировать какое-то состояние. А нужно ли нам это состояние диагностировать? Позволит ли нам это улучшить траекторию пациента, уменьшить суммарные затраты на пациента и ввести его в строй, позволит ему работать? Помните серию «Доктор Хаус», когда он свою коллегу Кэмерон провоцирует на проведение генетического тестирования на наличие болезни Гентингтона? И это не просто художественный эпизод. В свое время он вызвал много дискуссий в американском медицинском и генетическом обществе: выявили мы у пациента это заболевание, провели тест, узнали, что через какое-то время он умрет. А нужно ли это? Этично ли это при отсутствии в настоящий момент времени лечения этого заболевания?

Если мы проводим практическое секвенирование генов BRCA1 и BRCA2 у здоровых людей и находим патологическую мутацию, какой у нас есть арсенал в данный момент для превентивных вмешательств? Арсенал минимален. Мы можем только чаще вызывать этого пациента на обследование. Хотя для потенциальных пациентов, согласившихся на курацию медицинскими специалистами, действительно мы видим диагностику развившегося заболевания в более ранних стадиях. Фармпрепараты, которые замедляли бы наступление заболевания, пока не работают. Тамоксифен, например, пытались валидировать, но исследования провалились, профилактическое оперативное вмешательство — удаление молочных желез, фаллопиевых труб, яичников — пока разрешено только в США и ряде других стран. В данный момент пациентка легитимно может удалить вторую здоровую молочную железу только при уже случившемся раке на первой железе. Необходимость проведения диагностического теста как для здоровых, так и для пациентов в определенный момент времени должна тщательно оцениваться со стороны клинической полезности!

Изготовить какой-нибудь метод определения какой-то молекулы, количественно или качественно, это не значит сделать клиническую диагностику. Это значит сделать аналитический метод, который может являться базой для дальнейшей валидации, нахождения клинически значимого маркера.

У нас была очень важная совместная работа с коллегами из Российского онкологического центра имени Блохина по оценке эффективности анализа циркулирующей опухолевой ДНК для прогноза рецидива опухоли после оперативного лечения. Мы провели исследование для различных солидных опухолей у порядка тысячи пациентов. Начиналось это лет пять назад, но только сейчас мы начинаем получать результаты. Мы видим, действительно ли циркуляция опухолевой ДНК после операции является прогностическим фактором для ближайшего рецидива. Эту область, в отличие от ранней диагностики, многие эксперты по всему миру называют важным применением жидкостной биопсии. Здесь мы понимаем, что должен делать химиотерапевт, зная о близком рецидиве. Нужно сменить тактику адъювантной терапии, сделать ее более агрессивной. Или, наоборот, попытаться минимизировать нагрузку цитотоксической терапии на пациента с хорошим прогнозом.

Вопрос про перспективы нужно задавать медицинским футурологам. Каждый узкий специалист просматривает его через свою призму. И здесь я должен вернуться к вопросу о цифровой ПЦР. Я считаю, что цифровые измерения в онкологи и других заболеваниях — это будущее. Цифровая ПЦР в онкологии сейчас применяется в основном для детекции редких вариантов, здесь это золотой стандарт. Но это же и вдобавок метод абсолютного измерения количества без отсутствия каких-то калибраторов, стандартов. Омиксные данные часто используются в научных работах для построения прогностических профилей сложными аналоговыми методами. Это все на самом деле звучит по-идиотски. Если мы допускаем какое-то количество пассажиров на корабль, мы же не пытаемся измерить их общий вес, потом разделить на средний вес человека, и таким образом понять, правильное ли количество пассажиров зашло? Мы считаем их по головам. Сейчас технология «счета по головам» мРНК и ДНК уже развивается. Мы ожидаем, что появятся приборы и оборудование для более мультиплексного цифрового анализа нуклеиновых кислот и белков. Уже появились такие платформы. Цифровые методы в диагностике — это наше близкое будущее.