Семинар по системной биологии 2020

Программа семинара подготовлена для сотрудников академических заведений и коммерческих компаний, которые хотят разобраться в подходах, используемых в математической и системной биологии, а также научиться применять их в своей работе.

Программа семинара фокусируется на переходе от биоинформатики к экспериментальной биологии. В лекция внимание уделяется биологическим основах омиксных данных и соответствующих экспериментальных подходах для сбора данных и проверки гипотез.

Кроме того, будут рассматриваться подходы к анализу полногеномных данных от экспрессии генов, РНК-, ChIP-, и экзомного секвенирования до высокоэффективной метаболомики и интеграции данных при помощи сетевых методов.

Для участия требуется базовое знание молекулярной биологии и навыки работы в командной строке Linux. Тем, кто не уверен в своих знаниях, настоятельно рекомендуется пройти бесплатный онлайн-курс Института биоинформатики « Введение в Linux». Отбор на семинар проходит на конкурсной основе по анкетам.

Семинар проводится с  2014 года.

Пять дней интенсивных занятий с перерывами на еду и прогулки в загородном пансионате в пригороде Санкт-Петербурга. Теоретические занятия сопровождаются практиками, на которых участники в парах выполняют простые вычисления и обсуждают биологические выводы.

В программе также предусмотрены вечерние неформальные лекции и нетворкинг. Рабочие языки — русский и английский.

Программа

• Медицинская и популяционная генетика.
  Полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) и экзомное секвенирование: от основ к фенотипу (BWA, PLINK, GATK, ExAC и gnomAD).

• РНК-секвенирование.
  От основ подготовки библиотек к анализу экспрессии генов. Поиск новых биологических фенотипов по данным экспрессии генов.

• РНК-секвенирование одиночных клеток.
  Экспериментальный дизайн, анализ данных и их интерпретация (с фокусом на данные 10X Genomics). Разбор примеров из последних публикаций.
• Эпигенетическая регуляция и работа с данными ChIP-seq.
  Понимание данных и использование открытых ресурсов: Roadmap Epigenomics Project, Blueprint Epigenome, ENCODE.

• Основы метаболомики.
  Введение в метаболомику, интеграция данных с помощью сетевых методов. Разбор примеров из области иммунометаболизма.