Бактерии из нефтяного пласта предлагают использовать для борьбы с разливами нефти

Нетифоидные сальмонеллы, резистентные к антибиотикам, — опасные патогены человека. Заражение обычно происходит через продукты питания или контакт с животными. В последнем случае люди недооценивают роль домашних питомцев, особенно собак. Собаки могут переносить сальмонеллу без клинических проявлений, при этом они находятся в близком контакте с человеком, а для их лечения используют клинически важные антибиотики. Исследователи из США проанализировали нетифоидные сальмонеллы, изолированные от людей и собак, и оценили риски заражения человека через этот путь.

Авторы идентифицировали нетифоидные сальмонеллы в ветеринарной базе данных, изолированные между маем 2017 года и мартом 2023 года (всего 87), а также совпавшие по времени и региону выделения штаммы, изолированные у людей (всего 77), из базы данных NCBI. При анализе этих 164 штаммов авторы выделили 16 человеческих изолятов, родственных одному и более собачьему штамму. Штаммы, изолированные у собак, в большинстве случаев были клинически релевантными и содержали гены резистентности к противомикробным препаратам.

Чаще всего исследователи обращают внимание на случаи заражения через яйца или говядину. Но, по словам авторов, мы не позволяем корове спать в нашей постели и облизывать наши лица. Необходимо соблюдать правила гигиены при взаимодействии с питомцами, а исследователям стоит обратить больше внимания на штаммы, циркулирующие среди домашних животных.

По данным Роспотребнадзора, в 2023 году в Москве был отмечен рост заболеваемости пневмонией, вызванной Mycoplasmoides pneumoniae. Показатель заболеваемости составил 48,75 на 100 000 населения, что в 12,8 раза выше, чем в 2022 году. Чаще всего болели дети. Изучение молекулярно-генетических особенностей и эволюции этих патогенных микроорганизмов в настоящее время особенно актуально. Однако для этого нужны полногеномные последовательности M. pneumoniae, а их количество крайне ограничено. Данные о геномах изолятов M. pneumoniae, циркулирующих на территории России, в открытых источниках до недавнего времени отсутствовали. Специалисты из ФГБУ ЦСП ФМБА России и коллабораторы получили полногеномные последовательности изолятов M. pneumoniae, актуальных для России, аннотировали их и изучили молекулярно-генетические характеристики.

Клинический материал был получен от педиатрических пациентов, поступивших в инфекционное отделение ГБУЗ «ДГКБ №9 им. Г.Н. Сперанского ДЗМ». Для трех образцов удалось получить культуры патогена, для двух — чистые культуры M. pneumoniae. Одна из культур содержала небольшое количество микоплазмы другого вида — M. salivarium, комменсала полости рта. Для каждого из трех образцов была получена полная последовательность кольцевых геномов M. pneumoniae. Теперь они доступны в базе данных NCBI GenBank. Авторы построили филогенетическое дерево с использованием геномных данных M. pneumoniae из открытых источников.

В геномах всех трех изолятов авторы выявили факторы вирулентности, типичные для M. pneumoniae: ген mgpA адгезина P1 подтипа 1, а также адгезинов p40/p90, p200, ген p30/p32, ген мембранного белка p65; гены внутренних компонент органеллы прикрепления hmw, hmw2, hmw3; и ген CARDS токсина MPN372. У одного изолята имелась редкая аминокислотная замена адгезина P1 179E>K, которая встречается лишь в пяти известных изолятах. У двух других изолятов была обнаружена замена 1239Q>E, не описанная ранее и приводящая к изменению заряда функциональной группы. В статье также детально описана методика культивирования M. pneumoniae.

Датские ученые проанализировали исходы для людей, попавших в отделение неотложной помощи с сепсисом. Результаты работы были представлены на конгрессе Европейского общества неотложной медицинской помощи. Всего 2110 пациентов с подозрением на инфекцию включили в исследование, из них у 714 развился сепсис. В течение двух лет (медиана) 361 человек (50,6%) погиб от различных причин, включая сепсис.

У людей старшего возраста каждый следующий год повышал риск смерти на 4%. Рак в анамнезе увеличивал риск более чем в два раза (121%), ишемическая болезнь сердца повышала риск смерти на 39%, деменция — на 90%, сепсис в течение предыдущих шести месяцев — на 48%. Пока исследователям не удалось создать модель, которая могла бы предсказать исход сепсиса в клинической практике. Нужно изучить дополнительные факторы, включая осложнения.

Некоторые штаммы Mycobacterium tuberculosis географически изолированы, другие широко распространены. Предполагалось, что изолированные штаммы лучше заражают людей, проживающих на «их» территориях, но доказать это сложно. В новой работе исследователи из Гарвардской медицинской школы и коллабораторы проанализировали медицинские данные 2279 человек из Нью-Йорка, Амстердама и Гамбурга, заразившихся туберкулезом, а также 12 749 их близких контактов. Авторы также секвенировали патоген и определяли вероятность его передачи.

Оказалось, что у контактных лиц риск заражения был на 14% ниже, а риск заболевания — на 45% ниже в случае географически изолированного штамма, если сравнивать с широко распространенной линией. Географически изолированный штамм бактерии скорее заразит человека из того же географического региона. Так, если человек, с которым контактирует носитель микобактерии, родом из того же региона, что и штамм патогена, вероятность заражения выше на 38% по сравнению со случаем, когда контактное лицо из другого региона. Если же мать и отец человека родились в одном регионе, а сам человек в другом, важно происхождение родителей. По мнению авторов, это указывает на существование совместной эволюции между людьми и микробами.

Лучшим предиктором того, заразит ли пациент контактное лицо, считается бактериальная нагрузка в дыхательной системе. Но совпадение места происхождения контактного лица и штамма бактерии было еще лучшим предиктором. Оно даже перевешивало наличие таких факторов риска, как диабет и другие хронические заболевания.

Роберт Фитак (Университет Центральной Флориды, Орландо) — сторонник гипотезы, согласно которой МТБ могут быть симбионтами животных, способных ориентироваться по геомагнитному полю. Он провел поиск в Архиве прочтений последовательностей (Sequence Read Archive, SRA) созданном Национальным центром биотехнологической информации. Этот общедоступный репозиторий недавно сделал возможными крупномасштабные интерактивные запросы через облачные среды и теперь предоставляет также информацию о таксономической принадлежности ридов. Фитак получил набор данных, который включает сотни миллионов последовательностей, принадлежащих 214 таксонам МТБ. Находки были ассоциированы с различными группами животных; особенно богатыми МТБ оказались рептилии и плоские черви.

Сейчас Фитак и его студенты ищут последовательности МТБ у зеленых и головастых морских черепах, которые ориентируются по магнитному полю во время миграций. У черепах исследуют «слезы» (секрет окологлазных солевых желез), так как их легко собирать, а протоки расположены близко к нервам.