Параметры работы и системные требования ПО Cell Ranger

Cell Ranger — программное обеспечение с открытым кодом, предназначенное для анализа данных 3’-РНК-секвенирования, полученных с помощью платформы 10x Chromium Platform. Его легко установить и с его помощью передавать данные от прибора на кластер, а оттуда — в облачное хранилище. Вычислительные ресурсы, необходимые для анализа 1,3 миллионов клеток, детально описаны ниже.

Демультиплексинг, выравнивание и подсчет транскриптов:

- 20 часов работы процессора
- 12 ГБ памяти
- Размер файлов FASTQ для 1,3 миллионов клеток – 3,6 ТБ

Объединение/повторный анализ данных из 133 библиотек:

- 700 часов работы процессора
- 175 ГБ памяти
- Размер файлов-матриц для 1,3 миллионов клеток — 3,9 ГБ

Анализ принципиальных компонент и кластеризация

- 350 часов работы процессора
- 300 ГБ памяти
- Размер файлов после кластеризации — 773 МБ

Мы используем файлы cookie для улучшения работы сайта. Узнать больше.

Настройки файлов cookie

Мы используем файлы cookie для улучшения работы сайта, анализа трафика и показа персонализированной рекламы. Вы можете изменить настройки в любой момент.

Категории файлов cookie:

Необходимые

Эти cookie обеспечивают базовую функциональность сайта — вход в аккаунт, безопасность, оформление заказов. Отключение невозможно.

Функциональные

Функциональные cookie используются для обеспечения работы отдельных функций сайта, а также для запоминания ряда пользовательских предпочтений (например, выбранный язык, товары в корзине), с целью улучшения качества предоставляемого сервиса.

Отключение этого типа файлов cookie может привести к тому, что некоторые сервисы или функции сайта станут недоступны или будут работать некорректно. В результате, вам может потребоваться повторно вводить определённую информацию или настраивать предпочтения при каждом посещении сайта вручную.

Аналитические

Аналитические файлы cookie, включая сторонние аналитические cookie, помогают нам понять, как вы взаимодействуете с нашим сайтом. Эти файлы не собирают информацию, позволяющую установить вашу личность. Все данные обрабатываются в агрегированной и анонимной форме.

Рекламные

Рекламные cookie, включая сторонние, используются для создания пользовательских профилей и показа рекламы, соответствующей вашим интересам и предпочтениям при просмотре сайтов.

Эти cookie позволяют персонализировать рекламные сообщения, которые вы видите, делая их более релевантными. Они также могут использоваться для ограничения количества показов одной и той же рекламы и для оценки эффективности рекламных кампаний.