Тезаурус

Иммунопреципитация хроматина и секвенирование (ChIP-seq) — метод анализа ДНК-белковых взаимодействий: иммунопреципитация хроматина (ChIP) с последующим секвенированием ДНК. Метод был разработан для полногеномного картирования различных модификаций гистонов, а также для поиска мест связывания транскрипционных факторов. Изучение ДНК-белковых взаимодействий помогает понять, как белки влияют на экспрессию генов и, следовательно, на фенотип.

Ранее для исследования ДНК-белковых взаимодействий использовался метод ChIP-on-chip, сочетающий иммунопреципитацию хроматина с гибридизацией на ДНК-микрочипах.

Метод включает следующие стадии:

— образование обратимых сшивок между ДНК и взаимодействующими с ней белками;

— выделение ДНК и расщепление ее на фрагменты ультразвуком или эндонуклеазами;

— собственно иммунопреципитация — осаждение исследуемого белка с фрагментами ДНК специфическими к белку антителами, пришитыми к бусинам;

— разрушение сшивок между белком и ДНК, очистка ДНК;

— секвенирование фрагментов ДНК и поиск в полногеномных базах данных для определения положения участков связывания.

Поиск пиков в данных ChIP-Seq (Peak calling) — компьютерный метод поиска областей генома, обогащенных выровненными ридами из данных ChiP-Seq эксперимента. Определенные таким образом регионы считаются местами связывания исследуемого белка. 

У данной методики существует ряд ограничений. Обычно для ChIP необходимо значительное количество клеток (около 10 миллионов). Кроме того, длина типичного участка связывания белка составляет 6 − 20 нуклеотидов, а длина полученных фрагментов после ChIP — около 200, что делает определение места связывания не слишком точным. Для повышения чувствительности разработан метод Nano-ChIP-seq для повышения специфичности — ChIP-exo.

Принцип метода

https://en.wikipedia.org/wiki/File:Chromatin_immunoprecipitation_sequencing.svg