Меню
Все темы
Поиск:
- Все
- А
- Б
- В
- Г
- Д
- Е
- Ё
- Ж
- З
- И
- Й
- К
- Л
- М
- Н
- О
- П
- Р
- С
- Т
- У
- Ф
- Х
- Ц
- Ч
- Ш
- Щ
- Э
- Ю
- Я
- Все
- A
- B
- C
- D
- E
- F
- G
- H
- I
- J
- K
- L
- M
- N
- O
- P
- Q
- R
- S
- T
- U
- V
- W
- X
- Y
- Z
- Сполиготипирование
Сполиготипирование (spoligotyping — spacer oligonucleotide typing) — метод, используемый для одновременной детекции и идентификации бактерий Mycobacterium tuberculosis complex. Основан на анализе полиморфизма 43 вариабельных нуклеотидных последовательностей (спейсеров), разделяющих короткие прямые повторы, линейно расположенные в CRISPR-области хромосомы (Kamerbeek et al. 1997).
В классическом варианте сполиготипирования продукты ПЦР-амлификации DR области хромосомы исследуемых изолятов, меченные биотином, гибридизуют с 43 спейсерными последовательностями ДНК, нанесенными на специальную мембрану, которую затем экспонируют на светочувствительной пленке. По наличию или отсутствию в определенных участках пленки темных пятен (сигналов гибридизации) судят о присутствии у изолятов соответствующих спейсеров. Результаты сполиготипирования представляют с помощью бинарного кода, отражающего присутствие или отсутствие каждого спейсера. Сполигопрофили можно сравнивать с имеющимися в общедоступной глобальной базой данных SITVIT2.
Изначально метод был разработан для Mycobacterium tuberculosis и по-прежнему достаточно широко применяется для первичного скрининга штаммов. Также сполиготипирование, основанное на анализе двух локусов CRISPR, разработано для Corynebacterium diphtheriae (Mokrousov et al., 2005).
