Тезаурус

Сполиготипирование (spoligotyping — spacer oligonucleotide typing) — метод, используемый для одновременной детекции и идентификации бактерий Mycobacterium tuberculosis complex. Основан на анализе полиморфизма 43 вариабельных нуклеотидных последовательностей (спейсеров), разделяющих короткие прямые повторы, линейно расположенные в CRISPR-области хромосомы (Kamerbeek et al. 1997).

В классическом варианте сполиготипирования продукты ПЦР-амлификации DR области хромосомы исследуемых изолятов, меченные биотином, гибридизуют с 43 спейсерными последовательностями ДНК, нанесенными на специальную мембрану, которую затем экспонируют на светочувствительной пленке. По наличию или отсутствию в определенных участках пленки темных пятен (сигналов гибридизации) судят о присутствии у изолятов соответствующих спейсеров. Результаты сполиготипирования представляют с помощью бинарного кода, отражающего присутствие или отсутствие каждого спейсера. Сполигопрофили можно сравнивать с имеющимися в общедоступной глобальной базой данных SITVIT2.

Изначально метод был разработан для Mycobacterium tuberculosis и по-прежнему достаточно широко применяется для первичного скрининга штаммов. Также сполиготипирование, основанное на анализе двух локусов CRISPR, разработано для Corynebacterium diphtheriae (Mokrousov et al., 2005).