Новая система генотипирования норовируса GII на основе нанопорового секвенирования выявила преобладающие в Москве генотипы
Норовирусы подразделяются на 10 геногрупп (GI-GX), которые далее делятся на генотипы на основе двойной систематики: по гену капсидного белка VP1 и домену РНК-зависимой РНК-полимеразы в области RdRp. Классификация норовирусов важна, поскольку они часто рекомбинируют, что может повлиять на трансмиссивность. Специалисты из ФГБУ ЦСП ФМБА России и Детской городской клинической больницы № 9 имени Г.Н. Сперанского разработали систему для высокоточного генотипирования норовируса путем амплификации региона RdRp–VP1, нанопорового секвенирования и биоинформатического анализа.
Ранее опубликованные протоколы для типирования норовирусов основаны на амплификации коротких фрагментов (500–700 п.н.), не охватывающих сайт рекомбинации RdRp–VP1, а секвенирование по Сэнгеру не выявляет смешанные инфекции или минорные варианты. Новая система генотипирования позволяет полностью амплифицировать геномную область RdRp–VP1 размером ~3,2 кб за одну реакцию ПЦР, охватывая «горячую точку» рекомбинации между этими функциональными доменами. Благодаря этому становится возможным чувствительное выявление смешанных инфекций и рекомбинантных вариантов даже при концентрации 1% для минорных генотипов.
Систему валидировали с помощью ретроспективного анализа 115 случаев острого гастроэнтерита у детей в Москве в 2021–2025 гг. Анализ показал, что преобладал норовирус GII.4[P16], а генотип GII.17[P17] стал вторым по распространенности после 2021 года. Напротив, частота встречаемости ранее распространенных генотипов GII.4[P31] и GII.3[P12] резко снизилась. Смешанные инфекции были выявлены в 4% случаев. Благодаря полученным данным удалось удвоить количество длинных (>3000 п.н.) геномных последовательностей NoV-GII из России в общедоступных базах данных. Новая система подходит для высокоточного эпиднадзора, своевременного выявления новых штаммов и принятия мер для защиты общественного здоровья.
Меню
Все темы
0





