«Петербургский» коронавирус нашел место на филогенетическом дереве

Геном коронавируса из образца, взятого у женщины в Санкт-Петербурге 15 марта, отсеквенированный в НИИ гриппа им. А.А.Смородинцева и помещенный в открытую базу данных GISAID, близок к «европейским» геномам. Об этом написал Георгий Базыкин (зав. лабораторией молекулярной эволюции ИППИ РАН, профессор Сколковского института науки и технологий) на своей странице в Фейсбуке.

«Мы построили дерево всех полных последовательностей из GISAID (все complete high-coverage на 21.03.2020, из них 639 прошли фильтрацию по качеству) и посмотрели, куда «легла» питерская. (…) Оказалось, что она находится внутри большой преимущественно европейской клады, с большим числом базальных европейских последовательностей. Внутри нее она уверенно попадает в основание меньшей клады, от корня которой ее отделяют две "приватные" мутации, не встречающиеся в других последовательностях этой клады. Другие две мутации отделяют от этого корня последовательность, полученную 4-го марта у 86-летней женщины во Франции, и еще по одной мутации – каждую из двух клад, включающих множество последовательностей из Европы, США и других стран».

Георгий Базыкин также пишет, что эта картина может быть свидетельством в пользу завоза коронавируса из Европы в Россию, а присутствие в той же кладе последовательностей из штата Вашингтон (вторая вспышка, конец февраля — начало марта) говорит о возможности быстрого распространения европейских штаммов в разных направлениях. «Очень нужно больше секвенированных штаммов, чтобы узнать детали; по мере появления дополнительных данных картина будет уточняться», — добавил он.

Быстрое секвенирование во время пандемии дает новые возможности для понимания происходящего. Вчера Кари Стефансон, основатель и генеральный директор исландской биофармкомпании deCODE Genetics, сообщил о двух разных штаммах коронавируса, полученных от одного пациента.


Добавить в избранное

Вам будет интересно