Протокол ARTIC v3 лучше всего подходит для секвенирования коронавирусной РНК в образцах с низкой вирусной нагрузкой

Ученые из Австралии сравнили три популярных протокола для полногеномного секвенирования SARS-CoV-2 в образцах с низкой вирусной нагрузкой. Оценивали чувствительность, специфичность и способность детектировать варианты, встречающиеся с низкой частотой. Результаты опубликованы в журнале Journal of Clinical Microbiology

Авторы сравнили протоколы ARTIC v3, Respiratory Virus Oligo Panel (RVOP) и long-amp (pooled long-amplicon method). Секвенировали семь клинических образцов при серийном разведении. RVOP и long-amp хуже работают при низких вирусных нагрузках и низком качестве РНК, чем ARTIC v3. Чувствительность и покрытие ARTIC v3 можно повысить, модифицируя протокол. RVOP детектировал больше всего низкочастотных вариантов, однако некоторые из них оказались артефактами.

Авторы заключают, что ARTIC v3 — самый чувствительный и эффективный с точки зрения затрат протокол. Он лучше подходит для выявления вариантов, встречающихся с низкой частотой и для работы с образцами с низкой вирусной нагрузкой. 

Добавить в избранное

Вам будет интересно