В России описан случай двойной инфекции у пациента с COVID-19

Ученые из ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора с помощью глубокого секвенирования описали замещение доминирующего штамма SARS-CoV-2 в двух образцах от пациента с COVID-19, отобранных с разницей в восемь дней.

Credit:
Jozef Polc | 123rf.com

Группа ученых из Центрального НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора просеквенировала образцы двух мазков из носоглотки, забранных с разницей в восемь дней у девяностолетнего пациента с подтвержденным COVID-19, госпитализированного с пневмонией. Результаты показали присутствие двух штаммов в обоих образцах, что говорит о коинфекции. При этом в первом образце доминировал один штамм (hCoV-19/Russia/CRIE170668/2020, ему соответствовало 70% уникальных последовательностей), а во втором другой (hCoV-19/Russia/CRIE300223/2020, с 97% преобладанием). Повторное секвенирование тотальной РНК, исключающее артефакты, связанные с амплификацией, показало сходные результаты.

С помощью анализа вирусного генома ученые определили, что штамм, преобладающий в начальном образце, выделен впервые и относится к малораспространенной в России кладе GH. Доминантный штамм из второго образца относится к кладе GR, к которой принадлежат более 85% коронавирусных геномов из России в базе GISAID. Ученые предположили, что быстрый рост этого штамма в организме пациента может быть связан с кладообразующими мутациями R203K и G204R в N-белке SARS-CoV-2. Оба штамма содержали мутацию D614G в S-белке, появившуюся с широким распространением возбудителя COVID-19, но, по последним данным, не изменяющую контагиозность SARS-CoV-2.

Изучение случаев двойной инфекции важно для молекулярной эпидемиологии, например, для определения мутаций, повышающих приспособляемость или вирулентность вируса.

Источник

A.E. Samoilov, et al. // Change of dominant strain during dual SARS-CoV-2 infection. // medRxiv (2020); DOI: 10.1101/2020.11.29.20238402

Добавить в избранное

Вам будет интересно