Параметры работы и системные требования ПО Cell Ranger

Cell Ranger — программное обеспечение с открытым кодом, предназначенное для анализа данных 3’-РНК-секвенирования, полученных с помощью платформы 10x Chromium Platform. Его легко установить и с его помощью передавать данные от прибора на кластер, а оттуда — в облачное хранилище. Вычислительные ресурсы, необходимые для анализа 1,3 миллионов клеток, детально описаны ниже.

Демультиплексинг, выравнивание и подсчет транскриптов:

- 20 часов работы процессора

- 12 ГБ памяти

- Размер файлов FASTQ для 1,3 миллионов клеток – 3,6 ТБ

Объединение/повторный анализ данных из 133 библиотек:

- 700 часов работы процессора

- 175 ГБ памяти

- Размер файлов-матриц для 1,3 миллионов клеток — 3,9 ГБ

Анализ принципиальных компонент и кластеризация

- 350 часов работы процессора

- 300 ГБ памяти

- Размер файлов после кластеризации — 773 МБ