Секвенирование Oxford Nanopore играет все большую роль в сельском хозяйстве

К 2050 году людей на Земле станет на 30% больше, а значит, потребность и в еде, и в других растительных продуктах станет выше.

Под всего лишь 20 культур распахано 90% пригодных к сельскому хозяйству земель. Они сильно подвержены влиянию изменения климата и патогенов. Из всего биоразнообразия растений 21% — на грани вымирания.

Число видов снижается, в том числе с потенциально полезными свойствами.

Генотипирование растений очень важно и для сохранения биоразнообразия, и для улучшения полезных свойств растений, но пока получено только 250 геномов растений.

В чем состоят основные проблемы секвенирования растений?

• Они обычно имеют длинные геномы.

• У них много повторов (у кукурузы — до 80%).

• У них обычно несколько копий хромосом (у клубники — 8 копий)

Решить эти проблемы можно при использовании секвенирования Oxford Nanopore.

• Длинные прочтения. Возможность получения ридов до 2 Мб поможет в сборке геномов.

• Модификация под Ваши нужды. Можно использовать небольшой MinION в поле или мощный PromethION для получения большого количества информации.

• Пробоподготовка не вызовет проблем. Применения наборов ONT позволит подготовить пробу за 10 минут.

• Определение модифицированных оснований напрямую. Бисульфидная конверсия больше не нужна.

Секвенирование Oxford Nanopore уже применяется в Россиийской Федерации.

Специалисты из Уральского НИИ сельского хозяйства уже используют MinION для секвенирования генома картофеля. Это нужно для отбора приоритетных сортов для дальнейшей селекции, обладающих маркерами устойчивости к вредителям и болезням.