Метилирование ДНК — обратимая модификация молекулы ДНК без изменения нуклеотидной последовательности: присоединение метильной группы к цитозину, обычно в составе CpG-динуклеотида в позиции С5 цитозинового кольца. Метилирование в промоторной зоне гена, как правило, подавляет его экспрессию. Метилирование ДНК вне CpG-динуклеотидов встречается в эмбриональных стволовых клетках. Метилирование аденина ДНК для млекопитающих нетипично. Этот процесс важен для нормального развития, он участвует в геномном импринтинге, инактивации второй Х-хромосомы в клетках женщин, подавлении активности мобильных элементов, старении, канцерогенезе. Метилом — картина метилирования генома.