Меню
Все темы
Анализ ДНК позволил подтвердить нейроборрелиоз у лошади
У лошадей при заражении Borrelia burgdorferi может развиться нейроборрелиоз — поражение нервной системы, приводящее к параличу и гибели. Прижизненная диагностика заболевания осложнена из-за недостаточной чувствительности ПЦР-тестов спинномозговой жидкости и низкой специфичности ИФА. Команда из США разработала высокочувствительный ДНК-тест на нейроборрелиоз лошадей и описала его применение в Journal of Veterinary Diagnostic Investigation.
Взрослая лошадь с неврологическими симптомами попала в руки специалистов Школы ветеринарной медицины Корнеллского университета. Ветеринары подозревали болезнь Лайма, но ПЦР-тест спинномозговой жидкости на ген флагеллина B. burgdorferi дал отрицательный результат. К работе присоединилась группа профессора Стивена Шутцера, специалиста по Лайм-боррелиозу из Медицинской школы Ратгерса в Нью-Джерси. Ученые провели обогащение ДНК боррелий в образце спинномозговой жидкости с помощью захвата гибридизацией, а затем проанализировали обогащенный образец с помощью NGS. Этот анализ дал положительный результат. Нейроборрелиоз подтвердили, лошадь получила специфическое лечение и полностью восстановилась. По мнению авторов, ДНК-анализ, основанный на захвате мишени гибридизацией, — многообещающая техника для диагностики инфекций, вызванных медленно размножающимися патогенами.
Вам будет интересно
311
0
Компания Illumina заявила, что Европейская комиссия не обладает юрисдикцией в отношении приобретения Illumina компании Grail, которая разрабатывает технологии жидкой биопсии. Решение Европейского суда отменило штраф, наложенный Еврокомиссией.
Illumina основала Grail и выделила ее в отдельную компанию в 2016 году, а затем снова приобрела ее в 2021 году за 7,1 миллиарда долларов. В сентябре 2022 года на сделку было наложено вето, антимонопольные органы ЕС предписали Illumina сохранить Grail как отдельную организацию и предупредили о возможности штрафа. В июле 2023 года Еврокомиссия оштрафовала Illumina на 432 млн евро (479 млн долларов США, или 10% от выручки Illumina 2022 года) за приобретение Grail до одобрения регуляторов конкуренции. Illumina назвала штраф «незаконным, неуместным и несоразмерным». «Мы добровольно изолировали компании после закрытия сделки и соблюдали временные меры Еврокомиссии, пока не завершатся нормативные и судебные процедуры», — заявил Дэвид Макэлпайн, руководитель отдела по связям с общественностью Illumina Global.
Этот штраф отменен решением Европейского суда. Еврокомиссия также обязана оплатить судебные издержки, понесенные Illumina и Grail как в суде первой инстанции, так и в ходе апелляционного разбирательства.
За этим делом следят компании, опасающиеся пристального внимания ЕС к мелким сделкам и чрезмерного регулирования, отмечает Reuters. В свою очередь, регуляторы опасаются «убивающих поглощений» — покупки стартапов крупными компаниями с целью закрытия.
713
0
Магнитотактические бактерии (МТБ) — это прокариоты, которые содержат биогенные магнитные кристаллы железа (магнетосомы) и ориентируют свое движение по силовым линиям магнитного поля Земли; такое движение называется магнитотаксисом. Все больше данных указывают на то, что МТБ могут быть компонентами микробиомов животных. Однако их трудно культивировать in vitro, так как они обитают на кислородно-бескислородном интерфейсе.
Роберт Фитак (Университет Центральной Флориды, Орландо) — сторонник гипотезы, согласно которой МТБ могут быть симбионтами животных, способных ориентироваться по геомагнитному полю. Он провел поиск в Архиве прочтений последовательностей (Sequence Read Archive, SRA) созданном Национальным центром биотехнологической информации. Этот общедоступный репозиторий недавно сделал возможными крупномасштабные интерактивные запросы через облачные среды и теперь предоставляет также информацию о таксономической принадлежности ридов. Фитак получил набор данных, который включает сотни миллионов последовательностей, принадлежащих 214 таксонам МТБ. Находки были ассоциированы с различными группами животных; особенно богатыми МТБ оказались рептилии и плоские черви.
Сейчас Фитак и его студенты ищут последовательности МТБ у зеленых и головастых морских черепах, которые ориентируются по магнитному полю во время миграций. У черепах исследуют «слезы» (секрет окологлазных солевых желез), так как их легко собирать, а протоки расположены близко к нервам.
766
0
В рамках сокращения расходов производитель приборов для секвенирования Pacific Biosciences уволил 195 сотрудников, таким образом сократив штат почти на четверть (в конце 2023 года у PacBio было 796 сотрудников). Кроме того, компания закроет свое подразделение в Сан-Диего — бывшее предприятие Omniome, которое PacBio приобрела в 2021 году, — и сосредоточит исследования и разработки в своей штаб-квартире в Менло-Парке, штат Калифорния.
Причина — разочаровывающие предварительные финансовые результаты. Ранее в этом месяце PacBio сообщила, что ее выручка за первый квартал, вероятно, останется неизменной по сравнению с прошлым годом, что не соответствует ожиданиям. Компания сократит операционные расходы на $50–75 миллионов долларов в год.
Генеральный директор компании Кристиан Генри подтвердил, что PacBio продолжит разработку настольного прибора для получения длинных ридов и высокопроизводительного прибора, получающего короткие риды. «Стратегически мы принимаем правильные решения, но внешняя среда такова, что мы не растем так быстро, как ожидали», — сказал Генри.
646
0
В Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова (МГНЦ) обратилась семья с девочкой в возрасте 14 месяцев с жалобами на судороги. В четыре месяца она могла держать голову высоко, улыбаться и взаимодействовать с предметами. Однако в возрасте пяти месяцев у девочки начались эпилептические приступы без каких-либо очевидных провоцирующих факторов. Произошла утрата приобретенных навыков.
Геном девочки секвенировали на базе Центра коллективного пользования «Геном» МГНЦ и выявили новый, ранее не описанный патогенный вариант c.170+1G>A в гене TRA2B. Анализ мРНК подтвердил его патогенность — происходит делеция экзона 2 и сдвиг рамки считывания (p.Glu13Valfs*2). Анализ геномов родителей показал, что вариант в гене TRA2B возник у ребенка de novo.
Это второе исследование в мире, которое показало связь между эпилепсией, нарушением нейрогенеза и патогенными вариантами в гене TRA2B. В предыдущем исследовании было описано 11 семей с патогенными или вероятно патогенными вариантами данного гена.
837
0
На встрече специалистов, работающих с нанопоровым секвенированием, в Хьюстоне 7 декабря старший вице-президент Oxford Nanopore по управлению продуктами и программами Розмари Синклер Докос и старший вице-президент по R&D Лакмал Джаясингхе представили новые улучшения в точности секвенирования ДНК. Это прежде всего достижение рекордного для нанопора показателя Q28 (99,8 %) средней точности для единичных молекул благодаря машинному обучению и улучшенным моделям. Самое длинное прочтение с точностью Q30 (99,9%) в наборе данных — 1,1 мегабазы. Команда подробно описала новый метод устранения ошибок в гомополимерных областях, который в сочетании с другими обновлениями платформы увеличил точность консенсуса человеческих последовательностей до Q50.
Дополнительные обновления платформы включают улучшения секвенирования РНК.
Поскольку Oxford Nanopore продолжает расширять круг пользователей на рынках клинических и промышленных приложений, команда поделилась новостями о линейке продуктов Q-Line для прикладных задач. Также объявлено о доступе к бета-версии TurBOT (автоматизированное решение для секвенирования образцов с интегрированным секвенатором MinION) — очередной этап сотрудничества с Tecan.
