HOPE Collaboratory получила $26,5 млн. на разработку новой терапии ВИЧ

В судебном иске, который 10x Genomics собирается подать в окружной суд США по округу Делавэр, утверждается, что технология подготовки библиотек РНК для транскриптомного анализа на уровне единичных клеток нарушает пять различных патентов США. В дополнительном иске компания также заявляет, что еще не запущенный продукт Illumina для пространственной транскриптомики нарушает еще ряд патентов, принадлежащих компании Prognosys Biosciences, которая предоставила 10x эксклюзивные права на их использование. 

10x Genomics намерена требовать постоянного судебного запрета, возмещения убытков и слушания с участием присяжных заседателей. Компания уже имела судебные разбирательства практически со всеми конкурентами на рынке транскриптомики единичных клеток и пространственной транскриптомики — Parse Biosciences, Celsee, 1CellBio и Becton Dickinson. Также она подавала в суд на NanoString Technologies, что привело к банкротству последней и ее поглощению Bruker, Curio Bioscience и Vizgen. Возможно, судебные иски против Illumina станут крупнейшими делами об интеллектуальной собственности для 10x.

Загрязнение микропластиком — серьезная угроза для экосистем, которую к тому же сложно детектировать, поскольку существующие методы оценки загрязнения дороги и трудоемки. Для упрощения задачи ученые из Гонконга создали живой флуоресцентный сенсор и проверили его работу на образцах воды с городских набережных.

Биосенсор получили из генноинженерной бактерии Pseudomonas aeruginosa, в которой начинал экспрессироваться зеленый флуоресцентный белок (GFP) при прикреплении бактериальной клетки к микропластику. В лабораторных условиях бактерии действительно реагировали флуоресценцией на присутствие микропластика в жидкой среде. Заметный сигнал возникал в течение трех часов в ответ на микрочастицы различных пластиков, включая полиэтилентерефталат и полистирол, а интенсивность флуоресценции коррелировала с концентрацией частиц. Предел обнаружения составил 1 нг/мл — ниже, чем у устоявшихся аналитических методов детекции микропластика. Другие материалы, например, частицы песка или стекла, флуоресценции не вызывали. Кроме того, модифицированные бактерии сохраняли активность после трех суток хранения в холодильнике (+4℃), что указывает на возможность их транспортировки в полевые условия.

Наконец, живой сенсор протестировали на образцах из окружающей среды — генноинженерную P. aeruginosa добавляли в морскую воду, собранную на городских набережных и предварительно отфильтрованную от прочих загрязнителей. Судя по интенсивности флуоресценции, образцы содержали до 100 мкг частиц в мл. Авторы разработки заключают, что этот бактериальный биосенсор оказался быстрым, эффективным и недорогим методом детекции микропластика,

Микро- и нанообработка произвела революцию в электронике и фотонике и могла бы способствовать развитию биомедицины, однако совместимость их методов с живыми организмами остается низкой. Китайские ученые попытались адаптировать эти технологии к работе с живой тканью и напечатали микроскопические «татуировки» на поверхности тела тихоходок.

Метод, которым воспользовались исследователи, называется ледяной литографией. Чтобы нанести узоры на тихоходок, команда сперва перевела этих микроскопических животных в криптобиоз, медленно обезвоживая их. Затем каждую тихоходку помещали на бумагу из углеродного композита, охлаждали до –143°C и покрывали анизолом для защиты от повреждений. На слое замерзшего анизола формировали узор с помощью сфокусированного пучка электронов. При нагреве до комнатной температуры в вакууме избыток анизола сублимировался. После этого тихоходок регидратировали. Полученные узоры стабильно держались на поверхности тела тихоходок — это были комбинации квадратов, точек и линий шириной до 72 нм (одним из узоров стала эмблема Университета Уэстлейк в Ханчжоу, где и работали исследователи). Пример напечатанного узора опубликован в статье — с ним можно ознакомиться по ссылке. 

Процедуру пережили около 40% тихоходок (для сравнения, в одном из экспериментов с пребыванием в открытом космосе выжило 68%). Однако на выживших, по-видимому, такая татуировка сказалась не сильно — их поведение после регидратации не отличалось от нормального. Исследователи подчеркивают, что оптимизация позволит сделать метод безопаснее. Они полагают, что ледяная литография найдет применение в биомедицине и астробиологии.

Многие биологические ткани характеризуются не только механической прочностью, но и способностью к регенерации. Синтетические гидрогели не могут обладать обоими свойствами — для повышения прочности приходится жертвовать возможностью самовосстановления материала. Однако ученые из Финляндии и Германии нашли способ обойти это ограничение и создали регенерирующий гидрогель.

За основу гидрогеля взяли концентрированный акриламид. Перед полимеризацией в него добавили нанолисты синтетического гекторита — разновидности силикатного глинистого минерала. Будучи встроенными в плотную гелевую структуру, они формируют стопки листов, способные сдвигаться относительно друг друга и формировать макроскопический монодомен при сдвиге.

Таким способом авторы статьи, опубликованной в Nature Materials, добились одновременно прочности гидрогеля и его способности к самовосстановлению. Материал обладает прочностью на растяжение до 4,2 мегапаскалей (Мпа) и модулем жесткости 50 МПа. При этом гидрогель характеризуется практически 100%-ной эффективностью самовосстановления при повреждении. Исследователи утверждают, что подход можно обобщить на другие полимеры и нанокомпоненты, чтобы создавать жесткие регенерирующие гидрогели. Они могут найти применение в таких областях, как конструирование мягких роботов, доставка лекарств, заживление ран или создание искусственной кожи.

В ноябре 2024 года в Science опубликовали статью о создании геномной генеративной модели  Evo. Этот ИИ способен предсказывать ключевые характеристики той или иной ДНК и генерировать последовательности «с нуля» — как отдельные гены, так и целые геномы. Однако Evo обучали только на прокариотических геномных данных, поэтому генерация также ограничивалась последовательностями, характерными для бактерий и архей. 
Теперь же на сайте некоммерческой исследовательской организации Arc Institute опубликован пресс-релиз, в котором сообщается, что разработчики выпустили новую версию — Evo 2. В отличие от предшественника, Evo 2 обучали на геномах как прокариот, так и эукариот, в том числе многоклеточных. В обучающую выборку вошло более 128 тысяч полных геномов (в том числе геном человека) и метагеномные данные — в общей сложности 9,3 триллиона пар оснований. По словам авторов, это крупнейшая на сегодняшний день ИИ-модель в биологии.
Evo 2 продемонстрировал универсальность и надежность в выявлении характеристик ДНК, влияющих на кодируемый ей белок. Например, среди вариантов гена BRCA1, ассоциированного с раком молочной железы, модель отличала доброкачественные мутации от потенциально патогенных с точностью более 90%. Также Evo 2, как генеративная модель, станет ценным инструментом дизайна генов de novo — для исследовательских целей или лечения, такого как генная терапия. Препринт статьи о разработке Evo 2 доступен на сайте института.