Набор на весенний поток интенсива «Статистика, R и анализ данных»
Восьмидневный практический курс, на котором вы освоите статистику и научитесь проводить анализ в R — одном из самых удобных инструментов для анализа данных.
Организаторы: Blastim и PCR.news.
ЗАПИСЬ >>>>
Даты проведения: 29 марта - 2 апреля и 5-7 апреля 2021 года
Участвовать можно очно в Москве или онлайн.
В конце курса вы сможете:
— понимать принципы статанализа и проводить его самостоятельно,
— интерпретировать результаты анализа,
— писать код в R,
— видеть, что полезного можно вытащить из ваших данных,
— рисовать емкие картинки-результаты, а также подготовите полноценный проект с реальными данными.
Если у вас есть свои данные, можно сделать проект на их основе и получить ценные советы от наших преподавателей.
Курс будет полезен учёным, врачам, аналитикам, и всем, кто работает или хочет работать с данными (математика выше школьной программы и знание программирования не понадобятся). Тем, кто уже умеет работать с R, тоже будет интересно (покажем state-of-the-art R и tidyverse со свежими новшествами последних двух лет).
Аспирантам, ординаторам и студентам предоставляются скидки.
Подробнее о программе курса и отзывах предыдущих потоков >>>>
Остались вопросы? pcreditor(at)yandex.ru
Вам будет интересно
У сердца есть собственный «мозг», то есть нервная система, контролирующая сердцебиение, показали исследователи из Швеции и США в опытах на рыбках данио. Долгое время считалось, что биение сердца контролирует вегетативная нервная система, которая передает сигналы от мозга. Но оказалось, что нейронная сеть, пронизывающая внешние слои сердца, сложнее, чем было принято считать. Она состоит из нескольких видов нейронов с разными функциями, в том числе поддержания ритма. Подробнее.
Ранее уже было показано, что насекомые могут питаться микропластиком, но в условиях отсутствия другой пищи. В новой работе канадские исследователи кормили мучных червей смесью измельченных медицинских масок и отрубей. Через 30 дней черви поглотили примерно половину доступного микропластика, около 150 частиц на червя. Они выделяют малую часть пластика, но большую часть усваивают. Такая диета не повлияла на рост и выживаемость червей. Подробнее.
Археологическая находка позволяет предположить, что люди одомашнили собак в Америке 12 000 лет назад, то есть на 2000 лет раньше, чем принято считать. Берцовую кость представителя собачьих нашли еще в 2018 году на Аляске. Химический анализ показал, что животное питалось лососем, что не характерно для собачьих того времени. То есть скорее всего, его кормили люди. Однако с генетической точки зрения это животное еще нельзя назвать собакой в современном понимании этого слова. Подробнее.
Исследователи из США воздействовали на мышей гербицидом глифосатом в течение 13 недель, а затем давали им восстановиться в течение шести месяцев. У мышей дикого типа были выявлены признаки нейровоспаления. А у мышей, моделирующих болезнь Альцгемера, нейровоспаление стало более интенсивным, а амилоидная и тау-патологии прогрессировали. Такие мыши раньше погибали, а перед этим демонстрировали признаки тревожности. Симптомы оставались даже после длительного периода восстановления. Подробнее.
Насекомых часто используют в криминалистике, обычно мясных мух и жуков-могильщиков. В новой работе ученые показали, что можно использовать постельных клопов, чтобы выделить из них кровь преступника или жертвы. Так, определить, что кровь принадлежала мужчине, можно даже через 108 часов после кормления клопа, а определить идентичность человека — через 60–72 часа после кормления. Точная скорость переваривания крови зависит от температуры. Подробнее.
По данным Роспотребнадзора, в 2023 году в Москве был отмечен рост заболеваемости пневмонией, вызванной Mycoplasmoides pneumoniae. Показатель заболеваемости составил 48,75 на 100 000 населения, что в 12,8 раза выше, чем в 2022 году. Чаще всего болели дети. Изучение молекулярно-генетических особенностей и эволюции этих патогенных микроорганизмов в настоящее время особенно актуально. Однако для этого нужны полногеномные последовательности M. pneumoniae, а их количество крайне ограничено. Данные о геномах изолятов M. pneumoniae, циркулирующих на территории России, в открытых источниках до недавнего времени отсутствовали. Специалисты из ФГБУ ЦСП ФМБА России и коллабораторы получили полногеномные последовательности изолятов M. pneumoniae, актуальных для России, аннотировали их и изучили молекулярно-генетические характеристики.
Клинический материал был получен от педиатрических пациентов, поступивших в инфекционное отделение ГБУЗ «ДГКБ №9 им. Г.Н. Сперанского ДЗМ». Для трех образцов удалось получить культуры патогена, для двух — чистые культуры M. pneumoniae. Одна из культур содержала небольшое количество микоплазмы другого вида — M. salivarium, комменсала полости рта. Для каждого из трех образцов была получена полная последовательность кольцевых геномов M. pneumoniae. Теперь они доступны в базе данных NCBI GenBank. Авторы построили филогенетическое дерево с использованием геномных данных M. pneumoniae из открытых источников.
В геномах всех трех изолятов авторы выявили факторы вирулентности, типичные для M. pneumoniae: ген mgpA адгезина P1 подтипа 1, а также адгезинов p40/p90, p200, ген p30/p32, ген мембранного белка p65; гены внутренних компонент органеллы прикрепления hmw, hmw2, hmw3; и ген CARDS токсина MPN372. У одного изолята имелась редкая аминокислотная замена адгезина P1 179E>K, которая встречается лишь в пяти известных изолятах. У двух других изолятов была обнаружена замена 1239Q>E, не описанная ранее и приводящая к изменению заряда функциональной группы. В статье также детально описана методика культивирования M. pneumoniae.
Употребление вызывающих привыкание веществ часто сопровождается неприятными ощущениями: использованием игл, горьким вкусом или вдыханием дыма. Исследователи из США проследили на крысах, как эти раздражающие сигналы и реакции на них влияют на формирование зависимости.
Крысам давали возможность получить небольшую дозу кокаина, просунув нос в специальное отверстие. Но каждая доза наркотика, начиная с первой, сопровождалась небольшой дозой горького хинина. Крысы разделились на три группы в зависимости от их реакции. Крысы из первой группы остро отреагировали на хинин и больше не пытались получить наркотик. Животные из второй группы начали потреблять кокаин с малых доз, потом постепенно увеличивали дозу, хинин их не отвратил. Третья группа, что неожиданно, начала с больших доз хинина и кокаина, а потом постепенно снизила потребление.
Ранние исследования уже рассматривали связь раздражающих сигналов и наркотиков, но теперь эти два стимула изучали совместно с первой дозы. Авторы получили новую рабочую модель изучения зависимости и выявили новый паттерн поведения. В будущем авторы планируют изучить области мозга крыс, которые активируются в ответ на сигналы.
Около 20% онкобольных, получающих ингибиторы контрольных точек иммунитета, чаще болеют инфекционными заболеваниями. Международная группа ученых выяснила причину. Для этого авторы проанализировали иммунитет людей с врожденным дефицитом PD-1 или PD-L1, а также мышей с неактивным PD-1. У них значительно снижается разнообразие и качество антител, производимых B-клетками памяти. То есть ингибиторы контрольных точек иммунитета активируют противоопухолевый иммунитет, но подавляют B-клеточный иммунитет. Подробнее.
Исследователи из США и Великобритании проанализировали осколки костяных игл, изготовленных 13 тысяч лет назад. Стоянка, где были найдены иглы, находилась на территории современного Вайоминга (США). Ученые использовали масс-спектрометрию, чтобы сравнить пептиды из игл с пептидами животных, обитавших в то время на той территории. Оказалось, что кости принадлежали зайцу или кролику, рыжей лисице, а также представителю семейства кошачьих (рыжей рыси, пуме, канадской рыси или мирацинониксу Miracinonyx trumani, ныне вымершему виду). Подробнее.
Актинии Nematostella vectensis обладают потрясающими способностями к регенерации. Немецкие ученые показали, что при большом повреждении актинии прежде всего стремятся восстановить форму тела, даже если их размер уменьшится. При повреждении одной части тела деление клеток активируется не только в месте повреждения, но и на противоположной стороне тела. Пространственная транскриптомика подтвердила, что молекулярные изменения происходят по всему телу. В частности, активируются металлопротеиназы. Подробнее.
Шведское исследование включило анализ данных почти миллиона женщин 50–58 лет после менопаузы, получавших и не получавших гормональную терапию. Авторы смотрели, влияет ли терапия на риски осложнений со стороны сердечно-сосудистой системы. Оказалось, риски зависят от препарата и формы выпуска. Так, синтетический гормон тиболон повышал риск сердечного приступа и инсульта, а эстроген с прогестероном повышали риск развития тромбоза глубоких вен. Подробнее.
Моноклональное антитело бенрализумаб таргетирует эозинофилы и снижает воспаление. Его применяют при тяжелом течении астмы. В новом исследовании, опубликованном в The Lancet Respiratory Medicine, бенрализумаб сравнили со стероидами при обострении астмы или хронической обструктивной болезни легких (ХОБЛ). Единственная инъекция антитела была более эффективной, чем курс стероидов. В исследовании бенрализумаб вводили врачи, но это может делать и сам пациент. Подробнее.
Считается, что в норме аксоны имеют форму трубок с более-менее постоянным диаметром и редкими расширениями, содержащими нейротрансмиттеры. Однако исследование, опубликованное в Nature Neuroscience, показало, что аксоны скорее напоминают бусины на нитке. «Нитка» имеет 60 нм в диаметре, а «бусина» — 200 нм. Такие структуры ранее уже были замечены в мозге, но их связывали с патологическими состояниями, например, с болезнью Паркинсона.
Авторы получили электронно-микроскопические изображения замороженных нейронов мыши. Обычно при электронной микроскопии ткань фиксируют и высушивают, что меняет ее форму. Ученые рассматривали нейроны, выращенные в лаборатории, нейроны взрослых мышей и мышиных эмбрионов. Клетки не содержали миелиновой оболочки. Были сделаны десятки тысяч снимков, и на каждом была видна структура «бусины на нитке».
Повышение концентрации сахаров в растворе или снижение натяжения мембраны аксона уменьшали размер «бусины». А если убрать из мембраны нейрона холестерин, то уменьшается количество «бусин» и снижается способность аксонов передавать электрический сигнал. Высокочастотная электрическая стимуляция нейронов приводила к набуханию «бусин» вдоль аксонов в среднем на 8% в длину и на 17% в ширину в течение как минимум 30 минут после стимуляции, а также увеличивала скорость прохождения электрических сигналов. Авторы планируют в дальнейшем проанализировать нейроны человека.