Новый инструмент подберет зонды для детекции патогенов

Перспективное направление молекулярной диагностики патогенов — padlock probes (PLP): концы зонда гибризизуются с мишенью навстречу друг другу, лигируются, а затем проводится амплификация катящегося кольца, что дает продукт, который легко детектировать. (Гибридизованный зонд на мишени напоминает дужку висячего замка, отсюда название.) На основе PLP можно создавать чувствительные и быстрые методы обнаружения патогенов, однако сложность состоит в выборе таргетного участка. Группа исследователей из Индии предлагает ПО для проектирования PLP под названием AutoPLP, которое автоматизирует дизайн зондов для различных групп патогенов. AutoPLP выполняет обработку данных о последовательностях, множественное выравнивание, анализ консервативности, фильтрацию по температуре плавления, содержанию GC и формированию вторичной структуры, а также проверку зонда in silico на потенциальную кроссгибридизацию с геномом хозяина. С помощью своего инструмента авторы создали PLP на вирус бешенства и лекарственно-устойчивые штаммы Mycobacterium tuberculosis.

Добавить в избранное

Вам будет интересно