PacBio представила систему секвенирования Revio

Компания Pacific BioSciences (PacBio) анонсировала высокопроизводительную систему секвенирования длинных прочтений Revio стоимостью 779 тысяч долларов. Прибор используют новаторскую технологию HiFi (она была задействована в проекте Т2Т по сборке полного генома человека). Он дает возможность секвенировать в год до 1300 полных геномов человека с 30-кратным покрытием (360 ГБ в сутки) при затратах менее 1000 долларов за геном.

Подобная производительность достигается за счет использования ячейки SMRT с более высокой плотностью, нежели существующая SMRT 8M, сообщает разработчик. В ячейке 25 миллионов волноводов нулевой моды (ZMW). Секвенатор Revio позволяет запускать до четырех ячеек SMRT параллельно, что дает до 100 миллионов ZMW.

Revio станет первой системой PacBio, работающей на современных графических процессорах компании Nvidia. Они обеспечивают 20-кратное увеличение вычислительной мощности по сравнению с прибором предыдущего поколения – Sequel IIe. Высокую пропускную способность обеспечивает поддержка искусственного интеллекта (ИИ).

Для Revio потребуется на 50 процентов меньше расходных материалов, чем для секвенатора Sequel IIe. Усовершенствованы настройки: теперь можно настроить следующий сеанс прямо в процессе текущего, что максимизирует пропускную способность и экономит время оператора.

Поставки аппарата начнутся в первом квартале 2023 года.

Добавить в избранное

Вам будет интересно

11.03.2025
1117
0

Многие биологические ткани характеризуются не только механической прочностью, но и способностью к регенерации. Синтетические гидрогели не могут обладать обоими свойствами — для повышения прочности приходится жертвовать возможностью самовосстановления материала. Однако ученые из Финляндии и Германии нашли способ обойти это ограничение и создали регенерирующий гидрогель.

За основу гидрогеля взяли концентрированный акриламид. Перед полимеризацией в него добавили нанолисты синтетического гекторита — разновидности силикатного глинистого минерала. Будучи встроенными в плотную гелевую структуру, они формируют стопки листов, способные сдвигаться относительно друг друга и формировать макроскопический монодомен при сдвиге.

Таким способом авторы статьи, опубликованной в Nature Materials, добились одновременно прочности гидрогеля и его способности к самовосстановлению. Материал обладает прочностью на растяжение до 4,2 мегапаскалей (Мпа) и модулем жесткости 50 МПа. При этом гидрогель характеризуется практически 100%-ной эффективностью самовосстановления при повреждении. Исследователи утверждают, что подход можно обобщить на другие полимеры и нанокомпоненты, чтобы создавать жесткие регенерирующие гидрогели. Они могут найти применение в таких областях, как конструирование мягких роботов, доставка лекарств, заживление ран или создание искусственной кожи.

07.03.2025
722
0

Около 80 миллионов человек во всем мире страдают от тремора, который может мешать выполнять даже простые повседневные действия. Команда ученых из Германии предложила бороться с тремором с помощью искусственных мышц, которые будут компенсировать непроизвольные движения.

Основу конструкции составляет пара мягких электрогидравлических приводов, которые крепятся на предплечье пациента. Они настроены часто сжиматься и растягиваться таким образом, чтобы за счет компенсации движений подавить тремор кисти. Для испытаний ученые создали «механического пациента» — роботизированную руку, которая воспроизводила ранее записанные движения руки пациента, в том числе дрожание. Разработанное устройство действительно подавляло клинически значимый тремор в диапазоне от 2 до 8 Гц, генерируя адекватную силу воздействия во всех протестированных случаях.

Ученые отдельно подчеркивают перспективность «механического пациента» в тестировании активных экзоскелетов — для предварительной оценки новой разработки его применять проще и быстрее, чем проводить испытания на реальных пациентах.

21.02.2025
708
0

В ноябре 2024 года в Science опубликовали статью о создании геномной генеративной модели  Evo. Этот ИИ способен предсказывать ключевые характеристики той или иной ДНК и генерировать последовательности «с нуля» — как отдельные гены, так и целые геномы. Однако Evo обучали только на прокариотических геномных данных, поэтому генерация также ограничивалась последовательностями, характерными для бактерий и архей. 
Теперь же на сайте некоммерческой исследовательской организации Arc Institute опубликован пресс-релиз, в котором сообщается, что разработчики выпустили новую версию — Evo 2. В отличие от предшественника, Evo 2 обучали на геномах как прокариот, так и эукариот, в том числе многоклеточных. В обучающую выборку вошло более 128 тысяч полных геномов (в том числе геном человека) и метагеномные данные — в общей сложности 9,3 триллиона пар оснований. По словам авторов, это крупнейшая на сегодняшний день ИИ-модель в биологии.
Evo 2 продемонстрировал универсальность и надежность в выявлении характеристик ДНК, влияющих на кодируемый ей белок. Например, среди вариантов гена BRCA1, ассоциированного с раком молочной железы, модель отличала доброкачественные мутации от потенциально патогенных с точностью более 90%. Также Evo 2, как генеративная модель, станет ценным инструментом дизайна генов de novo — для исследовательских целей или лечения, такого как генная терапия. Препринт статьи о разработке Evo 2 доступен на сайте института

18.12.2024
437
0

Культуры нейронов in vitro важны для нейробиологических исследований, однако работу нейронных сетей и связей на них изучать проблематично — клетки в культуре слишком синхронизируются. Коллектив из Японии предложил способ ограничить такую синхронизацию и создать более реалистичную модель взаимодействия нейронов.

Чтобы формировать сеть нейронных взаимодействий в культуре, исследователи изготовили микрофлюидные устройства. Резервуар и микроканалы в них сконструированы таким образом, чтобы создать иерархически-модульную структуру. Это приблизило модель к устройству нервной системы животных. Нейроны прижились в таких устройствах и протянули отростки через микроканалы, взаимодействуя друг с другом. Регистрация спонтанной активности показала, что в системе формировалось множество ансамблей нейронов. Их активностью можно было управлять с помощью оптогенетической стимуляции. Авторы подчеркивают, что такая модель взаимодействия нервных клеток гораздо больше напоминает то, как учится настоящий мозг.

25.11.2024
897
0

Миниатюрные мягкие роботы, которых разрабатывают в том числе для биомедицины, должны обладать тонко настраиваемым сцеплением с различными поверхностями. Немецкие и корейские ученые создали адгезивного робота, вдохновившись онихофорами, или бархатными червями.

Онихофоры охотятся довольно своеобразным способом: они прицельно выбрасывают клейкую слизь, которая быстро застывает и обездвиживает жертву. На основе этих выделений ученые создали мягкого робота на дистанционном управлении. В его изготовлении использовали эластичную полимерную матрицу, в которую встроили магнитные наночастицы. Действуя на конструкцию магнитным полем, можно изменять ее жесткость и степень адгезивности. Такой подход должен обеспечить деликатный захват объектов, в том числе биологических.

Робот оказался способен захватывать и переносить различные объекты (в том числе кусочек мягкого тофу, икру лосося и свежую печень крысы — этим непрочным и одновременно скользким органом затруднительно манипулировать) или откручивать гайку от болта. Кроме того, с помощью робота провели операцию по удалению подкожной опухоли у мыши. Исследователи уверены, что их робот найдет применение в биомедицинской инженерии, особенно в работе с небольшими участками живых тканей и организмов, однако отмечают, что некоторые его компоненты требуют дополнительной оптимизации.