Полногеномные последовательности распространенных на территории России изолятов M. pneumoniae выложили в открытый доступ

Нетифоидные сальмонеллы, резистентные к антибиотикам, — опасные патогены человека. Заражение обычно происходит через продукты питания или контакт с животными. В последнем случае люди недооценивают роль домашних питомцев, особенно собак. Собаки могут переносить сальмонеллу без клинических проявлений, при этом они находятся в близком контакте с человеком, а для их лечения используют клинически важные антибиотики. Исследователи из США проанализировали нетифоидные сальмонеллы, изолированные от людей и собак, и оценили риски заражения человека через этот путь.

Авторы идентифицировали нетифоидные сальмонеллы в ветеринарной базе данных, изолированные между маем 2017 года и мартом 2023 года (всего 87), а также совпавшие по времени и региону выделения штаммы, изолированные у людей (всего 77), из базы данных NCBI. При анализе этих 164 штаммов авторы выделили 16 человеческих изолятов, родственных одному и более собачьему штамму. Штаммы, изолированные у собак, в большинстве случаев были клинически релевантными и содержали гены резистентности к противомикробным препаратам.

Чаще всего исследователи обращают внимание на случаи заражения через яйца или говядину. Но, по словам авторов, мы не позволяем корове спать в нашей постели и облизывать наши лица. Необходимо соблюдать правила гигиены при взаимодействии с питомцами, а исследователям стоит обратить больше внимания на штаммы, циркулирующие среди домашних животных.

Для борьбы с последствиями разлива нефти применяют в том числе биологические подходы — они экономичны и не приводят к вторичному загрязнению. Китайские ученые выделили из нефтяного пласта два штамма бактерий, которые можно применять для устранения разливов благодаря способности разлагать нефтяные углеводороды.

Бактерии, обнаруженные в нефтяном пласте, идентифицировали как Stenotrophomonas acidaminiphila и Ochrobactrum. Средняя эффективность деградации углеводородов C10–C30 составила 62,98% для S. acidaminiphila, 59,14% для Ochrobactrum и 73,30% — для смешанной культуры, где штаммы выращивали в соотношении 2:1. Смешанная культура смогла разложить около 79% общего количества углеводородов нефти за пять дней, причем такая биодеградация снижала токсичность смеси. Проведя анализ промежуточных продуктов, авторы работы предположили, какие пути в клетке обеспечивают деградацию углеводородов этими штаммами (в частности, основным соединением, которое утилизилировали S. acidaminiphila, был н-эйкозан). Исследователи полагают, что такая эффективность переработки углеводородов и общее снижение токсичности делают выявленные ими штаммы перспективными для борьбы с разливами нефти.

Датские ученые проанализировали исходы для людей, попавших в отделение неотложной помощи с сепсисом. Результаты работы были представлены на конгрессе Европейского общества неотложной медицинской помощи. Всего 2110 пациентов с подозрением на инфекцию включили в исследование, из них у 714 развился сепсис. В течение двух лет (медиана) 361 человек (50,6%) погиб от различных причин, включая сепсис.

У людей старшего возраста каждый следующий год повышал риск смерти на 4%. Рак в анамнезе увеличивал риск более чем в два раза (121%), ишемическая болезнь сердца повышала риск смерти на 39%, деменция — на 90%, сепсис в течение предыдущих шести месяцев — на 48%. Пока исследователям не удалось создать модель, которая могла бы предсказать исход сепсиса в клинической практике. Нужно изучить дополнительные факторы, включая осложнения.

Некоторые штаммы Mycobacterium tuberculosis географически изолированы, другие широко распространены. Предполагалось, что изолированные штаммы лучше заражают людей, проживающих на «их» территориях, но доказать это сложно. В новой работе исследователи из Гарвардской медицинской школы и коллабораторы проанализировали медицинские данные 2279 человек из Нью-Йорка, Амстердама и Гамбурга, заразившихся туберкулезом, а также 12 749 их близких контактов. Авторы также секвенировали патоген и определяли вероятность его передачи.

Оказалось, что у контактных лиц риск заражения был на 14% ниже, а риск заболевания — на 45% ниже в случае географически изолированного штамма, если сравнивать с широко распространенной линией. Географически изолированный штамм бактерии скорее заразит человека из того же географического региона. Так, если человек, с которым контактирует носитель микобактерии, родом из того же региона, что и штамм патогена, вероятность заражения выше на 38% по сравнению со случаем, когда контактное лицо из другого региона. Если же мать и отец человека родились в одном регионе, а сам человек в другом, важно происхождение родителей. По мнению авторов, это указывает на существование совместной эволюции между людьми и микробами.

Лучшим предиктором того, заразит ли пациент контактное лицо, считается бактериальная нагрузка в дыхательной системе. Но совпадение места происхождения контактного лица и штамма бактерии было еще лучшим предиктором. Оно даже перевешивало наличие таких факторов риска, как диабет и другие хронические заболевания.

Роберт Фитак (Университет Центральной Флориды, Орландо) — сторонник гипотезы, согласно которой МТБ могут быть симбионтами животных, способных ориентироваться по геомагнитному полю. Он провел поиск в Архиве прочтений последовательностей (Sequence Read Archive, SRA) созданном Национальным центром биотехнологической информации. Этот общедоступный репозиторий недавно сделал возможными крупномасштабные интерактивные запросы через облачные среды и теперь предоставляет также информацию о таксономической принадлежности ридов. Фитак получил набор данных, который включает сотни миллионов последовательностей, принадлежащих 214 таксонам МТБ. Находки были ассоциированы с различными группами животных; особенно богатыми МТБ оказались рептилии и плоские черви.

Сейчас Фитак и его студенты ищут последовательности МТБ у зеленых и головастых морских черепах, которые ориентируются по магнитному полю во время миграций. У черепах исследуют «слезы» (секрет окологлазных солевых желез), так как их легко собирать, а протоки расположены близко к нервам.