Секвенирование с очень высоким покрытием может помешать сборке геномов

На конференции Oxford Nanopore Day 2022 Александр Предеус (Институт биоинформатики) поделился своим опытом сборки геномов различных микроорганизмов с помощью технологии ONT. Он отметил, что нанопоровая технология развивается очень быстро, подходы быстро устаревают и быстро появляются новые. Поэтому важно внимательно следить за научными публикациями.

Первая половина доклада была обзорной. Предеус рассказал об особенностях технологии ONT и подчеркнул, что важно сохранять сырой сигнал. Это улучшает точность прочтений по мере эволюции программ, преобразующих сигнал в последовательность. Сама нанопора тоже эволюционирует.

Рассказывая о технологиях сборки, докладчик заметил, что даже при возможности получать длинные риды нельзя отказаться от технологии Illumina, так как она повышает точность. В настоящее время существуют методы гибридной и последовательной сборки.

Вторая половина доклада была посвящена исследованиям Александра Предеуса и его коллег. Первым примером стала полная сборка генома сальмонеллы за 24 часа (о культуры до генома) с использованием технологий Illumina и ONT. При этом в случае генома патогенной бактерии Neisseria meningitides гибридная сборка сработала неидеально. Особая задача — сборка бактериальных симбионтов. В этом случае нужно использовать стратегию, направленную на выделение прочтений, которые пришли из нужного организма. Еще один пример работы кольцевой ДНК — сборка генома митохондрии беспозвоночного организма C. mucedo.

Предеус рассказал о сборке геномов дрожжей S. cerevisiae. В этом случае также использовалась гибридная сборка. Он отметил, что высокое покрытие может мешать сборке. В своей работе его команда использовала алгоритм, направленный на идентификацию лучших ридов.

В финале Предеус рассказал о сборке большого генома C. mucedo, которая была связана с запуском одного из первых приборов MinION в России.

Добавить в избранное

Вам будет интересно