Научились секвенировать хвост мРНК

Ученые из Германии разработали высокопроизводительный метод, который позволяет целиком секвенировать мРНК, — FLAM-seq (full-length poly(A) and mRNA sequencing). С его помощью можно изучать ранее не секвенировавшуюся, но немаловажную часть мРНК — поли(А)-хвосты: определять их длину и нуклеотидный состав.

Изображение:

Damerau | Shutterstock.com

Деградация мРНК контролируется ее поли(А)-хвостом (в частности, его длиной). Однако разработать простой метод его секвенирования удалось только сейчас.

Схема нового метода (FLAM-seq) проста: к поли(А)-хвосту через олигонуклеотид пришивается уникальный адаптер и последовательность для праймеров ПЦР, а во время обратной транскрипции на 5' конце синтезируется несколько нуклеотидов, которым комплементарна последовательность обратных праймеров. Полученные после ПЦР кДНК секвенируются.

Как и ожидалось, FLAM-seq позволяет определять длину поли(А)-хвоста: авторы проверили метод на искусственно синтезированных поли(Т)-стандартах кДНК (с известным числом Т) с помощью нозерн-блота и нескольких других методов. Медианное значение длины поли(А)-хвоста составило примерно 81–114 нуклеотидов у человека и 43–53 — у нематод.

Секвенирование всей мРНК дает возможность получить последовательность другого регуляторного участка мРНК — 3' нетранслируемой области. Как выяснилось, ее длина положительно коррелирует с длиной поли(А)-хвоста. У генов с несколькими промоторами и сайтами полиаденилирования длина хвоста зависит и от них.

Также в поли(А)-хвостах у человека было выявлено примерно 0,3% не аденинов (0,2% у нематод), среди которых наиболее распространенный — цитозин. Возможно, такие нуклеотиды — результат модификации мРНК. Связи между не аденинами и конкретными генами обнаружить не удалось. Тем не менее они могут выполнять регуляторную роль.

На данный момент FLAM-seq является самым точным и при этом простым методом изучения поли(А)-хвостов.

Источник

Ivano Legnini et al. // FLAM-seq: full-length mRNA sequencing reveals principles of poly(A) tail length control // Nature Methods. 2019. DOI: 10.1038/s41592-019-0503-y

Добавить в избранное

Вам будет интересно