Производители тестов заявляют, что распространение омикрона не снизит точность тестирования

Вариант коронавируса B.1.1.529, который ВОЗ обозначила как омикрон, вызывает тревогу из-за беспрецедентно большого количества мутаций. О многих из этих мутаций уже известно, что они влияют на способность ускользать от нейтрализующих антител, связываться с клеточным рецептором, на эффективность проникновения в клетку и темпы репликации — иными словами, на свойства вируса, от которых напрямую зависит его индекс репродуктивности и тяжесть заболевания. Пока сложно предсказать, каким будет суммарный эффект мутаций. Но тестирование заново налаживать не придется, имеющиеся наборы справятся с задачей.

Российские и зарубежные производители ПЦР-тестов один за другим сообщают, что их тесты выявляют омикрон так же хорошо, как и другие штаммы, и нет причин в этом сомневаться. Из-за делеций в гене S-белка (выпадение аминокислот H69 и V70) и других мутаций во многих широко применяемых ПЦР-тестах не детектируется мишень, расположенная в этом гене. Однако наборы, произведенные в соответствии с рекомендациями ВОЗ, распознают мишени в нескольких генах коронавируса, кодирующих белки E, N, РНК-зависимую РНК-полимеразу. Эффективность их распознавания обычно не страдает.

«Практически все тесты, по крайней мере те, для которых я знаю структуру праймеров, конечно же, будут выявлять омикрон, — говорит российский специалист, к которому мы обратились за комментариями. — Если разработчики хоть немного соображают, они предварительно смотрят на фрагменты, с которыми идет гибридизация, сейчас много геномных данных. Большинство тестов вполне работают. Там не так уж много изменений за пределами гена S-белка».

Если ПЦР-тест детектирует несколько мишеней и отрицательный результат дает только одна, именно та, которая находится в S-белке (S Gene Target Failure, или SGTF), можно считать, что такой результат указывает на инфекцию, вызванную штаммом омикрон. С помощью аналогичной стратегии оценивали год назад распространение «британского» варианта альфа, пока не появились тесты, специально разработанные для различения участков генома с мутацией и без.

По мнению нашего источника, это плохая идея, поскольку данный фрагмент мутировал не только у нового штамма. Но пациенту не так важно знать, каким штаммом он инфицирован, — медицинские назначения от этого не поменяются. А для эпиднаблюдения лучше секвенировать ключевые участки генома — «секвенирование можно сделать очень дешевым, прочитывать около 300 букв, и это будет стоить не более тысячи рублей за образец». Нет необходимости секвенировать образцы всех инфицированных, но в настоящее время можно сосредоточиться на въезжающих в страну, особенно из опасных регионов.

Чувствительность антигенных экспресс-тестов, выявляющих коронавирусные белки в назальном мазке, по-видимому, тоже не пострадала. Одной из первых об этом сообщила компания Abbott. Ее экспресс-тесты, как и ПЦР-тесты, не основаны на детекции гена S-белка и поэтому их показатели не снизились. «На сегодняшний день мы тщательно проанализировали более 1,4 миллиона последовательностей, отнесенных к 63 различным вариантам, и ни один не повлиял на способность наших диагностических тестов обнаруживать вирус», — говорится в сообщении. Это касается и последовательностей штамма омикрон.

Как сообщают представители компании «Авивир», которая предлагает тесты от российских и зарубежных компаний, об успешном распознавании омикрона антигенными тестами сообщили также компании Osang Healthcare и Rapigen (Южная Корея). Компания Rapigen подчеркивает, что ее антигенные тесты под торговым знаком BIOCREDIT успешно распознают варианты альфа, бета, эпсилон, эта, каппа, лямбда, дзета, гамма, дельта, дельта плюс (AY.1), мю и омикрон. Особо отмечается, что мутации в N-белке омикрона не затрагивают эпитопов, важных для детекции.

— В антигенных тестах обычно используются антитела к коронавирусному нуклеокапсидному белку. Ничего удивительного, что антитела распознают нуклеокапсид омикрона, он меньше затронут мутациями, чем спайк, — объясняет медицинский директор компании «Авивир» Давид Долгопольский.