Ротавирус в Москве в 2018–2019 гг.: генетическое разнообразие

Ротавирусная инфекция обнаружена в четверти образцов, отобранных в Москве во время эпидемического сезона 2018–2019. Наибольшее разнообразие вирусных генотипов отмечено у детей 3–5 лет.

Credit:
Trenkov | Shutterstock.com

Ежегодно в России регистрируется более 700 000 острых гастроэнтеритов. При этом 50–72% случаев заболевания с установленной этиологией ассоциировано с ротавирусной инфекцией, чаще всего — с ротавирусами группы А (RVA).

Ученые из НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи с коллабораторами оценили разнообразие генотипов RVA, циркулирующих в Москве во время эпидемического сезона 2018–2019 гг.

Фекальные образцы были получены в октябре 2018 — апреле 2019 гг. в Инфекционной клинической больнице № 1 ДЗМ от пациентов с симптомами острого гастроэнтерита. Возраст испытуемых варьировал от 1 месяца до 91 года. Всего было получено 639 образцов. Каждый образец разделяли на две части. В первой детектировали наличие антигена RVA с помощью ELISA. Вторую использовали для определения генотипа вируса с помощью ОТ-ПЦР с праймерами, специфичными к генам гликопротеинов VP4 (P-генотип), VP6 (I-генотип), VP7 (G-генотип) и последующего секвенирования.

Антиген RVA был выявлен в 160 образцах, ПЦР-анализ оказался положительным для 101 образца. Наибольшее число вирус-положительных образцов было получено от детей 3–5 лет (38,8% от всех образцов, положительных по ELISA, и 35,6% от ПЦР-положительных образцов).

В 23 образцах выявлены I-генотипы: I1 и I2. В 49 образцах обнаружены P-генотипы RVA. Доминировал при этом P[8], что соответствует результатам предыдущих исследований для Москвы и Московской области. В 66 образцах детектировались G-генотипы с преобладанием G9 и G4. Анализ комбинаций генотипов G/P выявил семь различных вариантов. Чаще всего встречались G9P[8] и G4P[8], кроме них выявлены G2P[4], G1P[8], G3P[8], G12P[8] и G3P[9]. Интересно, что по крайней мере с 2009 года в Москве преобладал генотип G4P[8], однако сейчас пропорция постепенно изменяется в пользу G9P[8]. Пять из семи вариантов, обнаруженных в московских образцах, также вносят наибольший вклад в ротавирусные инфекции во всем мире. Наибольшее разнообразие генотипов отмечено в образцах от детей 3–5 лет.

Анализ структуры генотипов RVA, циркулирующих в популяции, важен для подбора оптимальных антигенных компонентов вакцин и для отслеживания изменения этой структуры в ответ на вакцинацию.

О практической значимости работы PCR.news рассказал соавтор работы Антон Южаков (НИЦЭМ им. Н.Ф. Гамалеи):

— Во-первых, эту работу надо продолжать, и не только в Москве, для понимания общей картины кишечных инфекций. Во-вторых, в Москве введена в календарь вакцинация против ротавирусной инфекции, к сожалению найти информацию об охвате новорожденных вакциной мне не удалось. Это важно, так как в Европе и Америке виден положительный эффект от вакцинации «Ротатеком» и «Ротариксом» в снижении числа госпитализаций и случаев выявления вируса, а в Индии и странах Африки эти вакцины не работают так хорошо. Надо понять, работают ли они у нас. В-третьих, гомологичные вакцины обычно работают лучше гетерологичных, и при разработке вакцин хорошо бы ориентироваться на местные штаммы. Наконец, производителям диагностикумов тоже неплохо было бы тестировать свои наборы на материале с разными генотипами для исключения ложноотрицательных результатов.

Источник

Ivashechkin, A.A., et al. // Genetic diversity of group A rotaviruses in Moscow in 2018–2019. // Archives of Virology 165, 691–702 (2020); DOI: 10.1007/s00705-020-04534-5

Добавить в избранное