Single cell от 10x Genomics становится доступнее для лабораторий
Секвенирование ДНК и РНК единичных клеток — подход, позволяющий вместо усредненных данных о всех клетках в образце получить информацию о каждой клетке. Еще недавно технологии single cell seq были эксклюзивными, а теперь они доступны каждой современной лаборатории. До конца мая 2021 года станцию Chromium Controller, которая снабжает индивидуальными баркодами нуклеиновые кислоты из тысяч клеток, можно приобрести по цене прибора для ПЦР.
![](/upload/iblock/675/67545bbd65662a116391bc9f2d7726d7.jpg)
Российская компания SkyGen объявляет о начале акции на прибор Chromium Controller от 10x Genomics для подготовки образца к секвенированию единичных клеток. При заказе станции Cromium Controller до 31 мая 2021 года вы получаете прибор по шок-цене от производителя!
Дополнительная информация на сайте компании.
Что такое анализ единичных клеток?
При традиционном анализе экспрессии генов исследуется клеточная смесь. В результате получаются усредненные показатели экспрессии, теряется клеточная гетерогенность. Современные методы анализа позволяют получить профиль экспрессии для каждой из десятков тысяч клеток в образце.
Single-cell исследование дает возможность:
-
Охарактеризовать, идентифицировать и каталогизировать смешанные клеточные популяции из разнообразных тканей и органов;
-
Идентифицировать новые биомаркеры и регуляторные пути, вовлеченные в сложные клеточные процессы;
-
Определить новые типы клеток и их состояния в смешанных образцах.
Chromium Controller быстро разделяет десятки тысяч клеток по отдельным каплям и баркодирует их. Прибор компактен и прост в эксплуатации. Достаточно загрузить в чип клетки, реагенты и масло, а затем поместить его в прибор.
Принцип работы Chromium Controller
Гелевые частицы, покрытые уникальными олигонуклеотидами-баркодами, смешиваются с клетками или ядрами клеток, ферментами и маслом. При этом образуются десятки тысяч эмульсионных капель, каждая из которых содержит одну клетку (ядро) и одну гелевую частицу с олигонуклеотидами, несущими баркоды, а также реагенты для лизиса и обратной транскрипции. Такие капли называются GEM — gel bead in emulsion.
Внутри капли идет реакция, в ходе которой гелевая частица растворяется и молекулы из каждой клетки баркодируются. Таким образом, всем фрагментам нуклеиновых кислот из одной клетки или ядра присваиваются общие 10x баркоды. После этого баркодированные фрагменты можно пулировать и проводить подготовку библиотек для секвенирования коротких фрагментов (например, на платформе Illumina).
После секвенирования специальное ПО идентифицирует баркоды и выдает результаты для отдельных клеток или ядер.
Различные протоколы позволяют идентифицировать редкие типы клеток, исследовать гетерогенные клеточные популяции, определять антигенспецифичность Т- и В-клеток, характеризовать сети генной регуляции и многое другое.
Партнерский материал