Бисульфитное секвенирование — общее название группы методов, направленных на изучение паттерна метилирования ДНК посредством обработки ее бисульфитом. Бисульфит превращает цитозин одноцепочечной ДНК в урацил. Если же этот цитозин метилирован, то есть к его пятому атому углерода присоединена метильная группа, то такой цитозин не подвергается превращению. Таким образом, бисульфит изменяет последовательность ДНК в зависимости от ее паттерна метилирования, и после его воздействия можно установить, какие CpG-динуклеотиды были метилированы, сравнив измененную последовательность с исходной.
Бисульфитное секвенирование ограниченных наборов геномных локусов (англ. Reduced representation bisulfite sequencing — RRBS) — метод анализа метилирования геномов, основан на высокопроизводительном параллельном секвенировании геномных библиотек, обработанных бисульфитом натрия.