Ген Eglp1 участвует в осморегуляции у галотолерантных комаров-звонцов
Сегодня, 21 января, в Сколковском институте науки и технологий стартовала конференция Oxford Nanopore Day 2022. Доклад Нурислама Шайхутдинова (НЦ «Регуляторная геномика», Казанский федеральный университет) был посвящен применению нанопорового секвенирования в сборке геномов экстремофильных комаров-звонцов и поиске трансгенных вставок в геномах клеточной линии Pv11.
Личинки галотолерантного комара Baeotendipes noctivagus обитают в соленых озерах Крыма. Этот комар — «рекордсмен по солености», он выдерживает концентрацию солей до 300 г/л. Целью работы Шайхутдинова было изучение не физиологической, а геномной адаптации комара к экстремальным условиям. Нанопоровое секвенирование хорошо подходит для анализа генома этого насекомого по ряду причин. В частности, технология длинных ридов позволяет не упустить ни одной особенности генома.
Ученые сфокусировались на генах, связанных с водным транспортом, осморегуляцией, гипоксией, синтезом гемоглобина и т.д. Образцы секвенировали на MinION Mk1C. Проводился геномный и транскриптомный анализ. Докладчик отметил отличное качество итоговых данных, а также высокое содержание вибрионов в личинках комара. По его мнению, есть смысл подробно изучить метагеном комара.
Шайхутдинов привел результаты работы. Так, чем выше была соленость в месте сбора личинок, тем выше была экспрессия гена Eglp1, а значит, этот ген участвует в осморегуляции. Длинные контиги, которые можно получить с помощью нанопоровой технологии, значительно упростили изучение эволюции генов гемоглобина комаров.
Вторая часть доклада была посвящена поиску локализации трансгенов. Это важно для определения локусов, в которые можно безопасно вставить «чужой» ген. Клетки Pv11 трансформировали плазмидой с использованием электропорации, секвенировали на MinION Mk1b и определяли сайты встраивания. Сайты интеграции сопоставляли с полным геномом. Оказалось, что плазмида встраивается во множество локусов.
Конференция работает до 18:00. Присоединяйтесь к трансляции по ссылке>>