Минсельхоз США представляет новый план исследований генома животных

Служба сельскохозяйственных исследований Министерства сельского хозяйства США (ARS), Национальный институт продовольствия и сельского хозяйства (NIFA) и Университет штата Айова совместно с федеральными, академическими и отраслевыми учеными разработали и опубликовали в журнале Frontiers in Genetics проект «От генома к феному: улучшение здоровья, продуктивности и благополучия животных». Цель проекта, рассчитанного на период до 2027 года, — помочь удовлетворить растущий спрос на продукты питания. Подчеркивается важность исследований микробиома, развития генного редактирования, сохранения генетического разнообразия сельскохозяйственных животных. Название отражает необходимость научиться точнее предсказывать феном (совокупность внешних признаков) животного по геному.

Добавить в избранное

Вам будет интересно

20.06.2024
586
0

Международная группа исследователей подтвердила, что потребление кофе — наследуемая черта. Для этого ученые провели полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) с участием 130 153 человек из когорты 23andMe. Они выявили семь значимых локусов. После этого они оценили их связь с сотнями биомаркеров и черт, ассоциированных со здоровьем и образом жизни. Полученные результаты проверили на данных 334 659 человек из когорты UK Biobank.

В обеих когортах была выявлена генетическая связь между потреблением кофе, ожирением и употреблением других психоактивных веществ. Остальные генетические взаимосвязи различались в 23andMe и UK Biobank. Так, в 23andMe были показаны связи между потреблением кофе, психиатрическими заболеваниями и болью, но в UK Biobank они не подтвердились. Связь между потреблением кофе и познавательными способностями была отрицательной в 23andMe, но положительной в UK Biobank.

Авторы предположили, что причина может быть в том числе в различной формулировке вопросов. В 23andMe участники отвечали на вопрос «Сколько порций в пять унций кофе с кофеином вы употребляете каждый день?», в то время как в UK Biobank вопрос звучал так: «Сколько чашек кофе вы пьете в день (включая кофе без кофеина)?» Также не учитывалось употребление чая и других напитков, содержащих кофеин. Результаты GWAS могут отражать в том числе культурные различия и потому не совпадать в британской и американской когортах.

28.05.2024
433
0

Авторы работы, опубликованной в International Journal of Cancer, нашли в 420 статьях, вышедших с 2004 по 2023 год в журналах, посвященных исследованиям рака, упоминания восьми клеточных линий с неверными названиями. Часть таких упоминаний можно списать на ошибку, но в 235 случаях ученые заподозрили авторов в подделке результатов исследований. Например, там сравнивали клеточные линии с правильно и неправильно написанными названиями и получали разные результаты. Некоторые из этих несуществующих клеточных линий уже упоминались в обзорах; они могут сбить с толку авторов новых статей. Скорее всего, авторы опасались выдумывать названия клеточных линий, чтобы их не уличили в подделке, и скопировали откуда-то названия, написанные с ошибкой. Подробнее

Сумчатые животные Тасмании боятся людей сильнее, чем других хищников. Исследователи установили камеры и спикеры, которые при приближении животных проигрывали записи спокойного человеческого голоса, лая собак, рычания тасманийского дьявола, воя волков и блеяния овцы в качестве контроля. Оценивали реакции пяти видов сумчатых, включая кенгуру и валлаби. Животные сбегали от звуков голоса человека в 2,4 раза чаще, чем от следующего по силе влияния на поведение звука — лая собаки. Подробнее

Для рыбы-удильщика характерен сексуальный (половой) паразитизм — самец временно прикрепляется к самке или навсегда сливается с нею в период размножения. Ученые показали, что эта черта появилась во время глобального потепления 50–35 млн лет назад и совпала с переходом предков рыб-удильщиков от жизни на океанском дне к жизни в толще воды. Предположительно, паразитизм повышает шансы удильщиков на успешное размножение: после обнаружения партнера он уже никуда не денется. Подробнее

В настоящее время волчанку лечат стероидами, которые подавляют иммунную систему, что сопряжено с серьезными рисками. В разработке находятся более таргетные препараты. Однако волчанка — генетически разнородная болезнь, которую вызывают мутации в различных генах. Ученые связали подтип волчанки с мутациями в генах, регулирующих активность толл-подобных рецепторов, в частности, TLR7. Скоро в клинику поступят препараты, которые могут помочь именно этой группе пациентов. Подробнее

Авторы исследования, опубликованного в PNAS, разработали новый метод анализа белок-белкового взаимодействия в контексте различных тканей — MACSPI (Methionine Analog-based Cell-Specific Proteomics and Interactomics). Они метили белки в отдельных типах клеток зондами из аминокислот, структурно схожих с метионином. Под действием света зонды ковалентно сшивали взаимодействующие белки; также зонд можно использовать, чтобы «вытащить» сшитые белки. Авторы применили метод для анализа мышечной и нервной тканей нематоды и нашли много новых взаимодействий. Подробнее.

24.05.2024
496
0

Дети матерей-билингвов, слышавшие во время внутриутробного развития речь на двух языках, иначе воспринимают звуки. Чтобы это выяснить, исследователи отслеживали активность мозга 129 младенцев (76 — от билингвальных матерей) с помощью трех закрепленных на голове электродов. Они измеряли вызванный слуховой потенциал в ответ на звуковой стимул из двух гласных /oa/, определяя его спектр в зависимости от тона и тембра голоса. Оказалось, что амплитуда записанных спектров не различалась между детьми моно- и билингвальных матерей в ответ на тон голоса (хотя соотношение сигнал-шум было ниже у детей билингвов), но у монолингвальных новорожденных она была выше на частоте, связанной с тембром. Исследователи пришли к выводу, что дети, рожденные от билингвов, более комплексно реагируют на звуки и поэтому способны обрабатывать более богатый диапазон частот. Подробнее

Почему у обезьян-носачей такие носы? Этим вопросом задались авторы статьи в Scientific Reports — они проанализировали черепа носачей и показали, что особая структура носовой полости служит для акустической сигнализации и внешней демонстрации социального статуса самца. Ученые также подтвердили, что способность громче издавать вокализации трех типов подвергалась у носачей половому отбору. Подробнее

Искусственный интеллект предсказал поведение плодовой мушки. Для этого ученые записали поведение самца мушки во время ухаживания за самкой. Затем они последовательно нокаутировали те или иные гены в зрительных нейронах и обучили ИИ отслеживать изменения в поведении. В результате модель смогла предсказать, как будет вести себя самец при виде самки. Исследователи объясняют: сочетания нейронов зрительной проекции управляют взаимодействием самца с самкой, даже если эти нейроны не связаны с социальным поведением напрямую. Предложенная модель позволила сопоставить стимулы, типы нейронов и поведение мушки. Подробнее.

Биофизики смоделировали действие кетамина на разные нейронные контуры мозга и проверили его на человеке. В малых дозах кетамин усиливал активность в диапазоне быстрых гамма-волн (30-40 Гц), а при более высоких дозировках эти гамма-волны прерывались очень медленными дельта-волнами. Такое прерывание гамма-волновой активности, по-видимому, и связано с отключением сознания на высоких дозах кетамина. Авторы также выдвинули две гипотезы, объясняющие механизм такого влияния на активность мозга. Подробнее.  

В Финляндии недавно обнаружилась популяция кошек с необычным окрасом, который исследователи назвали «лакричным» — темная шерсть таких кошек содержит волоски с белыми кончиками. Генетики проанализировали причины появления такого окраса и выяснили, что дело в гене KIT, а точнее, в 95-килобазной делеции в его 3’-фланкирующем регионе.  Подробнее

17.05.2024
577
0

К порядку миксобактерий присоединилось новое семейство — Pendulisporaceae. Его отличает способность к образованию спор; представителей семейства обнаружили в образцах почвы Филиппин и Замбии. Это важное открытие, потому что представители Pendulisporaceae — хищники и вырабатывают антибактериальные вещества, которые потенциально можно использовать в клинике. Уже давно не появлялось принципиально новых антибиотиков, особенно способных справиться с резистентными грамотрицательными бактериями. Есть все шансы найти такие вещества у представителей нового семейства. Подробнее

Ученые проанализировали геном тернового венца — многолучевой морской звезды, которая быстро размножается и повреждает коралловые рифы, в том числе Большой Барьерный риф. Они выявили гены, связанные с размножением, а также гены, экспрессия которых зависит от сезона. Их задача — прицельно воздействовать на морских звезд, чтобы препятствовать их размножению и контролировать численность. Подробнее

У птиц Нью-Йорка выявили высокопатогенный подтип птичьего гриппа H5N1. Исследователи с помощью учащихся старшей школы собрали 1927 образцов птичьих фекалий с января 2022 года по ноябрь 2023 года. H5N1 обнаружили у шести птиц четырех видов; положительные образцы собрали в городских центрах реабилитации дикой природы. О присутствии H5N1 у птиц Нью-Йорка ученые уже знали, но, по словам авторов исследования, важно привлечь внимание к этой проблеме и обращаться с дикими птицами осторожно, даже если вы хотите им помочь. Подробнее.

Распространенный в настоящее время штамм холеры (Vibrio cholerae) обладает уникальным свойством — он умеет уничтожать чужеродные плазмиды, которые могут повредить ему. Эта «иммунная система» также защищает штамм от паразитических мобильных генетических элементов. Она состоит из двух белков, один таргетирует плазмидную ДНК, а другой уничтожает ее. Ученые также отметили сходство этой системы с комплексом CRISPR-Cascade. Подробнее

По всей видимости, родиной всех восьми видов баобабов был Мадагаскар, где они образовывали гибриды. Впоследствии два вида пересекли океан и заселили Африку и Австралию. Исследование также показало, как баобабы приспособились к таким разным опылителям — бражникам, лемурам и даже летучим мышам. Авторов особо интересует вопрос сохранения баобабов Мадагаскара. Подробнее.

14.05.2024
481
0

Ученые проанализировали медицинские данные 12 394 детей в возрасте от шести месяцев до семи лет, а также 3 889 людей в возрасте 24 лет и показали, что дети с хроническим недосыпом почти в два раза чаще страдают от психоза и почти в четыре раза чаще испытывают психотический эпизод к 24 годам. Причинно-следственную связь показать не удалось, но дело может быть в повышенном уровне воспаления. Подробнее.

Ученые реконструировали самый большой на настоящий момент фрагмент мозга человека до единичных синапсов. Впрочем, «большой» в данном случае означает всего лишь половину рисового зерна. Но этот кубический миллиметр мозга вмещает 57 000 клеток, 230 миллиметров кровеносных сосудов, 150 млн синапсов и 1400 терабайт данных. Есть одно затруднение — мозг принадлежал человеку с эпилепсией, так что ученые не уверены, что из обнаруженных закономерностей является нормой, а что — последствием болезни. Подробнее

У бабочек и моли пол чаще всего определяет специфичная для самок хромосома W, несущая ген Feminizer, которая инициирует развитие по женскому пути и подавляет ген Masculinizer на половой Z-хромосоме (инициирует развитие по мужскому пути). Однако у африканских бабочек Bicyclus anynana работает другой механизм. Пол определяется числом и гетерозиготностью аллелей гена BaMasc на хромосоме Z. Эмбрионы с единственным аллелем BaMasc (WZ и Z0) развиваются в самок, гетерозиготы по гену BaMasc с кариотипом ZZ — в самцов, а гомозиготы ZZ — в самок, которые погибают еще во время эмбриогенеза. Отбор против гомозигот привел к тому, что среди 246 самок обнаружили 205 разных последовательностей BaMasc. Подробнее.

Ферменты с бороновой кислотой в реактивном центре не встречаются в природе, но активно изучаются химиками. В настоящий момент их использование ограничено, так как эти ферменты действуют медленно и не очень подходят для получения конкретного энантиомера. В новой работе ученые внесли в фермент группу с бором в составе синтетической аминокислоты. После этого они использовали направленную эволюцию, чтобы получить ферменты с лучшими свойствами. Подробнее.

Гибкость работы мозга обеспечивается за счет такого свойства нейронов, как «смешанная селективность». У большинства нейронов нет одной заданной функции, вместо этого они параллельно участвуют в разных вычислениях (мыслях). Сфокусироваться нейронам помогают осцилляции (когда множество нейронов поддерживают единый ритм электрической активности) и нейромедиаторы. Подробнее