Нанопоровое секвенирование позволяет аннотировать de novo сайты инициации транскрипции у растений

На конференции Oxford Nanopore Day 2022 Алексей Пенин (Институт проблем передачи информации им. А.А. Харкевича РАН) рассказал об оптимизации метода изучения альтернативного сплайсинга у растений с помощью нанопорового секвенирования.

События альтернативного сплайсинга у растений могут иметь функциональное значение. Экспрессию альтернативных сплайс-форм пытались изучать с помощью секвенирования второго поколения, но при длине ридов 500–600 п. о. это оказалось практически невозможно. Выявленные потенциальные новые изоформы требовали большого количества проверок, определить все изоформы было невозможно. Кроме того, невозможно сопоставить сайт инициации транскрипции с сайтом сплайсинга — по словам Пенина, короткий рид «не достает».

Как только появилось нанопоровое секвенирование длинных ридов, его сразу стали использовать для анализа альтернативного сплайсинга. Первые же работы, выполненные с помощью приборов ONT, говорят о выявлении тысяч новых сайтов сплайсинга. Команда Алексея Пенина попыталась воспроизвести эти работы и обнаружила недостатки в методологии.

Ученые разработали более совершенный гибридный метод, сочетающий короткие риды, длинные риды и сопоставление результатов с референсным геномом. Они также оптимизировали прямое секвенирование РНК и показали, что результаты хорошо соответствуют таковым при секвенировании кДНК. Пенин отметил, что разработанные в его лаборатории подходы подходят для аннотации de novo сайтов инициации транскрипции и сайтов полиаденилирования.

Добавить в избранное

Вам будет интересно