-
Создана кишечная палочка с синтетическим геномом, содержащим уменьшенное число кодонов
15.05.2019
15.05.2019
Создана кишечная палочка с синтетическим геномом, содержащим уменьшенное число кодонов
Исследователи из Кембриджа
синтезировали геном кишечной палочки E. coli, который содержит уменьшенное число нуклеотидных триплетов (кодонов). В геномах живых организмов 64 нуклеотидных триплета кодируют 20 аминокислот (плюс старт- и стоп-кодоны), поэтому код вырожденный – одной аминокислоте соответствуют несколько кодонов. например, имеются шесть кодонов, кодирующих аминокислоту серин, и три возможных стоп-кодона. Кишечная палочка с синтетическим геномом не использует стоп-кодон TAG и два сериновых кодона TCG и TCA, поэтому клеточный механизм, который распознает их, может быть либо удален либо использован для вставки «неканонических» аминокислот сверх обычных 20. Статья опубликована в
Nature.
Ученые обнаружили в клетках арабидопсиса вариант линкерного гистона MdH1.1, который функционирует как транскрипционный фактор. Вместе с геном малатного транспортера и еще несколькими факторами транскрипции он формирует в клетках растения петлю обратной связи, которая контролирует уровни малата в зависимости от концентрации сорбитола в клетке. Подавление экспрессии MdH1.1 с помощью антисмысловых нуклеотидов подавляло накопление малата, а оверэкспрессия, наоборот, увеличивала его содержание. Механизм авторы подробнее изучили на яблоне (Malus domestica).
Таким образом, линкерный гистон оказался не только архитектурным белком. «В прошлом считалось, что линкерные гистоны играют только косвенную роль в регуляции экспрессии генов. Это первый случай — у любых видов — демонстрирующий, что линкерные гистоны напрямую регулируют экспрессию генов», — прокомментировал профессор Корнелльского университета Лайлян Чэн, старший автор работы.
Чтобы прояснить этот вопрос, ученые из Южной Кореи
создали «цифровой двойник» генной сети, связанной с дифференцировкой. Они применили новый подход к клеткам рака кишечника и идентифицировали главные молекулярные переключатели — MYB, HDAC2 и FOXA2. Подавив их в раковых клетках, можно восстановить у них фенотип, близкий к нормальному.
Исследователи опирались на предыдущие работы, в которых было показано, что полифосфат — консервативный полианион — ускоряет формирование α-синуклеиновых фибрилл. Эксперименты по докингу показали, что полифосфат связывается с богатым лизином участком белка и тем самым нейтрализует отталкивание между положительно заряженными остатками лизина. Из-за этого изменяется конформация и стабильность филамента, что, в свою очередь, стимулирует образование фибрилл.