Во Франции введен трехмесячный мораторий на исследования прионов

Последняя версия алгоритма для предсказания структуры белков и их комплексов AlphaFold3, в отличие от RoseTTAFold и AlphaFold2, до сих пор не находилась в открытом доступе. После публикации статьи, в которой была представлена новая версия, в мае 2024 года, исследователи могли вводить последовательности белков и интересующих лигандов на сервере. Это решение компании Google DeepMind вызвало критику, так как оно ограничивает возможности по проверке и воспроизведению результатов. Кроме того, сервер не позволял моделировать взаимодействия с потенциальными лекарствами.

Компания заявляла, что это обеспечило правильный баланс между доступом для исследований и защитой коммерческих интересов (Isomorphic Labs, дочерняя компания DeepMind, использует AlphaFold3 для разработки лекарств). Однако затем представители компании объявили, что планируют в течение шести месяцев выпустить модель со свободным доступом для академического использования.

Теперь ученые могут загрузить программный код AlphaFold3, чтобы работать с ним в некоммерческих целях, объявила Google DeepMind 11 ноября. «Мы очень рады будем увидеть, что люди сделают с ним», — говорит Джон Джампер, который возглавляет команду AlphaFold в DeepMind и вместе с генеральным директором Демисом Хассабисом получил половину Нобелевской премии по химии 2024 года.

За последние месяцы несколько компаний из США и Китая представили инструменты с открытым исходным кодом на основе AlphaFold3 для прогнозирования структуры белков, комментирует Nature.

Авторы работы, опубликованной в International Journal of Cancer, нашли в 420 статьях, вышедших с 2004 по 2023 год в журналах, посвященных исследованиям рака, упоминания восьми клеточных линий с неверными названиями. Часть таких упоминаний можно списать на ошибку, но в 235 случаях ученые заподозрили авторов в подделке результатов исследований. Например, там сравнивали клеточные линии с правильно и неправильно написанными названиями и получали разные результаты. Некоторые из этих несуществующих клеточных линий уже упоминались в обзорах; они могут сбить с толку авторов новых статей. Скорее всего, авторы опасались выдумывать названия клеточных линий, чтобы их не уличили в подделке, и скопировали откуда-то названия, написанные с ошибкой. Подробнее. 

Сумчатые животные Тасмании боятся людей сильнее, чем других хищников. Исследователи установили камеры и спикеры, которые при приближении животных проигрывали записи спокойного человеческого голоса, лая собак, рычания тасманийского дьявола, воя волков и блеяния овцы в качестве контроля. Оценивали реакции пяти видов сумчатых, включая кенгуру и валлаби. Животные сбегали от звуков голоса человека в 2,4 раза чаще, чем от следующего по силе влияния на поведение звука — лая собаки. Подробнее. 

Для рыбы-удильщика характерен сексуальный (половой) паразитизм — самец временно прикрепляется к самке или навсегда сливается с нею в период размножения. Ученые показали, что эта черта появилась во время глобального потепления 50–35 млн лет назад и совпала с переходом предков рыб-удильщиков от жизни на океанском дне к жизни в толще воды. Предположительно, паразитизм повышает шансы удильщиков на успешное размножение: после обнаружения партнера он уже никуда не денется. Подробнее. 

В настоящее время волчанку лечат стероидами, которые подавляют иммунную систему, что сопряжено с серьезными рисками. В разработке находятся более таргетные препараты. Однако волчанка — генетически разнородная болезнь, которую вызывают мутации в различных генах. Ученые связали подтип волчанки с мутациями в генах, регулирующих активность толл-подобных рецепторов, в частности, TLR7. Скоро в клинику поступят препараты, которые могут помочь именно этой группе пациентов. Подробнее. 

Авторы исследования, опубликованного в PNAS, разработали новый метод анализа белок-белкового взаимодействия в контексте различных тканей — MACSPI (Methionine Analog-based Cell-Specific Proteomics and Interactomics). Они метили белки в отдельных типах клеток зондами из аминокислот, структурно схожих с метионином. Под действием света зонды ковалентно сшивали взаимодействующие белки; также зонд можно использовать, чтобы «вытащить» сшитые белки. Авторы применили метод для анализа мышечной и нервной тканей нематоды и нашли много новых взаимодействий. Подробнее.

Амилоидоз Аα-цепи фибриногена — редкое наследственное заболевание, при котором в почечных клубочках происходит отложение амилоидных фибрилл, индуцированное мутациями в гене соответствующего белка. У пациентов развивается болезнь почек, обычно прогрессирующая до терминальной стадии почечной недостаточности. До недавнего времени не было сообщений об этой патологии у других видов, кроме человека. Исследователи из Японии выполнили протеомный анализ образцов от 38 белок Sciurus lis, умерших в пяти зоопарках. Оказалось, что этот вид амилоидоза наблюдается у них удивительно часто (29 случаев из 38, или 76,3%). Среди особей старше 4 лет частота достигла 89%.

Масс-спектрометрия показала, что в амилоидогенезе у белок участвует С-концевая область Аα-цепи фибриногена, как и у людей. Однако у них, в отличие от людей, не было выявлено генных вариаций, отличающих амилоид-позитивные и амилоид-негативные белки; судя по всему, у японских белок это возрастное заболевание, присущее виду. Тем не менее они могут стать полезной моделью для поиска терапии этого заболевания, на данный момент неизлечимого.

В Африке к югу от Сахары водится большое количество ядовитых змей. Каждый год в этом регионе от укусов змей страдают около 500 000 человек. Змеиные яды различаются по составу в зависимости от того, чем питается змея и от кого ей нужно защищаться. Эти различия важны и для врачей: от типа токсина зависят клинические проявления укуса. Однако существующие исследования состава ядов охватывают лишь небольшое количество видов змей. Датские ученые предложили решать эту проблему с помощью высокопроизводительной протеомики.

Они определили составы ядов 26 видов ядовитых змей, аспидов и гадюковых, имеющих наибольшую медицинскую значимость. Все образцы обрабатывались параллельно, в одном высокопроизводительном технологическом процессе. Кроме того, ученые проанализировали действие этих ядов in vitro. Результатом работы стали протеомные профили и функциональные профили для каждого из 26 ядов. Протеомы ядов змей Naja anchietae и Echis leucogaster были проанализированы впервые. По мнению авторов, полученные данные прольют свет на эволюцию ядов и будут полезны для разработки антидотов.

Illumina и AstraZeneca заключили стратегическое исследовательское партнерство по обнаружению мишеней для новых препаратов. Компании объединят возможности интерпретации генома на основе искусственного интеллекта (ИИ) и методы геномного анализа, что должно ускорить поиск.

Для интерпретации геномов партнеры будут использовать новое поколение инструментария Illumina на основе ИИ: PrimateAI и SpliceAI совместно с системой анализа AstraZeneca для открытия редких вариантов генов. Также будут применяться ИИ-платформы AstraZeneca — JARVIS и предикторы in silico. Анализ больших объемов мультиомных данных с помощью комбинированных инструментов будет проводиться в центре геномных исследований AstraZeneca.

«Благодаря выявлению генов, для которых есть доказательства причинно-следственной связи с заболеваниями человека, комбинированный подход к поиску имеет потенциал для определения приоритетных кандидатов в лекарства с повышенной вероятностью одобрения», — поясняет директор по стратегии и корпоративному развитию Illumina и исполняющий обязанности финансового директора Джойдип Госвами.

В случае успешного сотрудничества, финансовые детали которого не разглашаются, компании Illumina и AstraZeneca «оценят возможности для долгосрочного партнерства».