AlphaFold3: теперь с открытым кодом

Последняя версия алгоритма для предсказания структуры белков и их комплексов AlphaFold3, в отличие от RoseTTAFold и AlphaFold2, до сих пор не находилась в открытом доступе. После публикации статьи, в которой была представлена новая версия, в мае 2024 года, исследователи могли вводить последовательности белков и интересующих лигандов на сервере. Это решение компании Google DeepMind вызвало критику, так как оно ограничивает возможности по проверке и воспроизведению результатов. Кроме того, сервер не позволял моделировать взаимодействия с потенциальными лекарствами.

Компания заявляла, что это обеспечило правильный баланс между доступом для исследований и защитой коммерческих интересов (Isomorphic Labs, дочерняя компания DeepMind, использует AlphaFold3 для разработки лекарств). Однако затем представители компании объявили, что планируют в течение шести месяцев выпустить модель со свободным доступом для академического использования.

Теперь ученые могут загрузить программный код AlphaFold3, чтобы работать с ним в некоммерческих целях, объявила Google DeepMind 11 ноября. «Мы очень рады будем увидеть, что люди сделают с ним», — говорит Джон Джампер, который возглавляет команду AlphaFold в DeepMind и вместе с генеральным директором Демисом Хассабисом получил половину Нобелевской премии по химии 2024 года.

За последние месяцы несколько компаний из США и Китая представили инструменты с открытым исходным кодом на основе AlphaFold3 для прогнозирования структуры белков, комментирует Nature.

Добавить в избранное

Вам будет интересно

11.04.2025
897
0

Национальные институты здравоохранения США (NIH) с 4 апреля 2025 года закрыли доступ к 21 биомедицинской базе данных, содержащей информацию о генетической изменчивости, случаях рака, нейродегенеративных заболеваниях и многих других заболеваниях и состояниях для ученых из шести «стран, вызывающих обеспокоенность» (Китай, Куба, Иран, Северная Корея, Россия и Венесуэла). Остановлены проекты, связанные с базами данных, в которых участвуют исследователи из этих стран. Это следствие политики администрации президента США Дональда Трампа по предотвращению доступа иностранцев к данным, считающимся конфиденциальными, комментирует Science.

08.04.2025
593
0

На прошлой неделе окружной суд США по округу Массачусетс вынес бессрочный запрет Национальным институтам здравоохранения США (NIH) сокращать компенсации административных и других расходов в исследовательских грантах (так называемые косвенные расходы; подробнее в материале «Президент и ученые»). В марте тот же суд вынес временный запрет на такие сокращения.

Седьмого февраля 2025 года NIH объявили об ограничении компенсации косвенных расходов до 15% в соответствии с политикой нового президента и правительства, а 10 февраля генеральные прокуроры 22 штатов, Ассоциация американских медицинских колледжей и Ассоциация американских университетов подали три отдельных иска.

По определению вынесшей запрет судьи Энджел Келли, политика администрации нарушает другие установленные законы, является «произвольной и импульсивной (capricious)», не соответствует процедурам уведомления и комментирования и имеет обратную силу, что недопустимо. Суд пришел к выводу, что применение руководства, содержащего такую норму, может нанести «непоправимый вред» исследовательским учреждениям, клиническим испытаниям и общественному здравоохранению.

Пока неясно, будет ли администрация Трампа оспаривать запрет или попытается добиться тех же корректировок финансирования другими способами.

28.03.2025
628
0

Сокращение финансирования исследований, массовые увольнения и другие реформы администрации Дональда Трампа вызывают негативную реакцию научного сообщества. Журнал Nature провел опрос среди читателей, в котором приняло участие более 1600 человек. На вопрос, рассматривают ли они возможность покинуть Соединенные Штаты, более 1200 ученых ответили утвердительно. Многие заявили, что ищут работу в Европе или Канаде. Из 340 ответивших аспирантов (PhD students) 255 думали об отъезде; из 690 соискателей (postgraduate researchers) — 548.

В то же время многие уезжать не планируют: «Американская академия имеет лучшие возможности для исследований», «Я никуда не поеду, это смешно».

«Не хочу уезжать, но какая альтернатива?» — написал один начинающий исследователь в области биомедицины.

17.03.2025
847
0

Двое исследователей сообщили KFF Health News, что Национальные институты здравоохранения призвали исследователей удалить все ссылки на технологию мРНК-вакцин из заявок на гранты. Эта технология была использована в вакцинах против COVID-19 компаний Moderna Pfizer/BioNTech, ее создатели получили Нобелевскую премию. Сейчас разрабатываются не только мРНК-вакцины против возбудителей инфекционных заболеваний, но и мРНК-вакцины против рака.

Высокопоставленный сотрудник Национального института рака подтвердил, что исполняющий обязанности директора NIH Мэтью Мемоли разослал электронное письмо по всем подразделениям NIH с указанием сообщать обо всех грантах, контрактах или коллаборациях, связанных с вакцинами на основе мРНК, в офис министра здравоохранения и социальных служб Роберта Кеннеди-младшего и в Белый дом.

Такое же сообщение было разослано перед тем, как прекратилась грантовая поддержка исследований, посвященных желанию людей вакцинироваться или отказам от вакцинации. В нем говорилось, что NIH не заинтересован в изучении причин, по которым люди избегают вакцинации, или в изучении способов «повышения интереса и приверженности вакцинации». В частности, был отменен грант на исследование возможных офтальмологических осложнений после вакцинации против опоясывающего лишая. Как отмечает The Washington Post, это могло произойти из-за присутствия ключевых слов, таких как «вакцина» и «колебание» врачей (а не пациентов!), направляющих на вакцинацию людей, у которых вирусная инфекция ранее затронула глаза.

13.02.2025
876
0

Нейробиолог Сильвен Лесне уходит с должности профессора в Университете Миннесоты, сообщает Science. Отставка вступит в силу 1 марта, конкретную причину представители университета не назвали. В 2022 году Лесне был обвинен в манипуляциях с изображениями в статье, опубликованной в Nature и подтверждающей роль амилоидного каскада в патогенезе болезни Альцгеймера. (В 2024 году эта статья была отозвана.) Авторы утверждали, что обнаружили токсичную форму бета-амилоида — додекамер Aβ*56 (подробнее на PCR.news).

Гипотеза амилоидного каскада в начале века теряла популярность, и результаты Лесне вдохнули в нее новую жизнь. На исследования в этой области были потрачены значительные средства, тем не менее препараты для лечения болезни Альцгеймера, нацеленные на бета-амилоиды, демонстрируют лишь ограниченную эффективность.

Университет Миннесоты назвал еще четыре статьи, которые, возможно, должны быть отозваны (1,  2,  3,  4). В общей сложности эти четыре статьи были процитированы около 600 раз.

Нейробиолог Мэтью Шрэг, который провел расследование фальсификаций, не удовлетворен реакцией университета. «Непоследовательные, неполные и запоздалые действия Университета Миннесоты серьезно подорвали его репутацию и сослужили плохую службу исследованиям болезни Альцгеймера, — говорит он. — В то время, когда общественное доверие к нашей национальной науке особенно уязвимо, отсутствие лидерства в таком ясном и важном деле прискорбно». Исследования Aβ*56 были поддержаны грантами Национальных институтов здравоохранения США.