AlphaFold3: теперь с открытым кодом

Последняя версия алгоритма для предсказания структуры белков и их комплексов AlphaFold3, в отличие от RoseTTAFold и AlphaFold2, до сих пор не находилась в открытом доступе. После публикации статьи, в которой была представлена новая версия, в мае 2024 года, исследователи могли вводить последовательности белков и интересующих лигандов на сервере. Это решение компании Google DeepMind вызвало критику, так как оно ограничивает возможности по проверке и воспроизведению результатов. Кроме того, сервер не позволял моделировать взаимодействия с потенциальными лекарствами.

Компания заявляла, что это обеспечило правильный баланс между доступом для исследований и защитой коммерческих интересов (Isomorphic Labs, дочерняя компания DeepMind, использует AlphaFold3 для разработки лекарств). Однако затем представители компании объявили, что планируют в течение шести месяцев выпустить модель со свободным доступом для академического использования.

Теперь ученые могут загрузить программный код AlphaFold3, чтобы работать с ним в некоммерческих целях, объявила Google DeepMind 11 ноября. «Мы очень рады будем увидеть, что люди сделают с ним», — говорит Джон Джампер, который возглавляет команду AlphaFold в DeepMind и вместе с генеральным директором Демисом Хассабисом получил половину Нобелевской премии по химии 2024 года.

За последние месяцы несколько компаний из США и Китая представили инструменты с открытым исходным кодом на основе AlphaFold3 для прогнозирования структуры белков, комментирует Nature.

Добавить в избранное

Вам будет интересно

07.08.2025
921
0

Министерство здравоохранения и социальных служб США (HHS)  «сворачивает» разработку мРНК-вакцин. Управление передовых биомедицинских исследований и разработок (Biomedical Advanced Research and Development Authority, BARDA) в составе HHS будет финансировать другие вакцинные платформы.

BARDA прекратит инвестиции в разработку 22 мРНК-вакцин на общую сумму $500 млн. По мнению главы минздрава Роберта Ф. Кеннеди-младшего, препараты этого типа «не обеспечивают эффективной защиты от инфекций верхних дыхательных путей, таких как COVID-19 и грипп», несмотря на успех мРНК-вакцин в борьбе с коронавирусной пандемией и многообещающие результаты вакцин против гриппа. Некоторые контракты на заключительном этапе будут продолжены, однако «новые проекты на основе мРНК инициированы не будут».

В рамках этого решения запланированы:

  • расторжение контрактов с Университетом Эмори и Tiba Biotech;

  • сокращение объема работ, связанных с мРНК, по контрактам с Luminary Labs, ModeX и Seqirus;

  • отклонение многочисленных предварительных заявок, включая предложения от Pfizer, Sanofi Pasteur и др.;

  • реструктуризация сотрудничества с министерством обороны через JPEO, включающая проекты по созданию вакцин с AAHI, AstraZeneca, HDT Bio и коллаборацией Moderna и Техасского университета.

В мае минздрав США также расторг контракт стоимостью $590 млн с компанией Moderna на разработку вакцины от птичьего гриппа.

25.07.2025
654
0

Спорная статья была опубликована в 2010 году. Фелиса Волф-Саймон из Геологической службы США, работая по гранту NASA, вместе с коллегами выделила из образцов калифорнийского озера Моно, вода которого содержит высокие концентрации мышьяка, бактерию, получившую наименование GFAJ-1. Анализ гена рибосомной 16S РНК показал, что она принадлежит к роду Halomonas, однако авторы статьи в Science сообщали, что в ее ДНК вместо фосфатов якобы содержатся арсенаты AsO43–. Этот сенсационный результат сразу же был подвергнут жесткой критике. В частности, канадский микробиолог Розмэри Редфилд исследовала культуру GFAJ-1 и убедительно доказала, что мышьяка в ДНК бактерии нет.

Тем не менее статью отозвали  только сейчас. Главный редактор Science Холден Торп объясняет, что в те годы журнал отзывал в основном статьи, нарушающие этические нормы, однако сейчас могут быть отозваны и статьи, основные выводы которых не подтверждаются экспериментами. Это формальное действие особенно важно в связи с ростом популярности инструментов на основе ИИ.

Авторы статьи заявили, что  считают отзыв необоснованным: «Хотя наша работа могла быть написана и обсуждена более тщательно, мы считаем верными представленные данные».

В феврале 2025 года The New York Times опубликовала статью о Фелисе Волф-Саймон, карьера которой сильно пострадала после истории с мышьяковой ДНК: сейчас она получила краткосрочное финансирование для проведения новых исследований. После этого полемика вокруг статьи 2010 года возобновилась.

29.05.2025
1076
0

Известно, что нарушения микробиома ЖКТ участвуют в патогенезе нейродегенеративных заболеваний и других психических расстройств. Цель научного консорциума «Нейронауки — микробиом: нейродегенеративные, психические и когнитивные расстройства» («Нейромикробиом») — разработка лекарственных препаратов на основе микробиома для улучшения психического здоровья.

Инициаторами проекта выступили Институт общей генетики им. Н.И. Вавилова РАН и Научный центр неврологии Минобрнауки РФ. Участники консорциума:

  • РНИМУ имени Н.И. Пирогова Минздрава России

  • Федеральный исследовательский центр питания, биотехнологии и безопасности пищи

  • НМИЦ акушерства, гинекологии и перинатологии имени академика В.И. Кулакова Минздрава России

  • Российский университет дружбы народов имени Патриса Лумумбы

  • Институт цитологии и генетики СО РАН

В рамках проекта будут создаваться диагностические тест-системы, фармабиотики (природоподобные лекарственные препараты на основе штаммов бактерий) и функциональные продукты питания для коррекции нарушений психического здоровья. Планируется также создание национальной базы данных кишечных метагеномов, базы данных бактериальных белков и генов, потенциально влияющих на ЦНС, разработка программы для анализа метагеномов.

28.05.2025
1747
0

«Территориальное поведение» часто встречается среди ученых и приносит существенный вред. Таковы результаты опроса 563 исследователей из 64 стран, который провели сотрудники Галле-Виттенбергского университета Мартина Лютера и Германского центра интегративных исследований биоразнообразия (iDiv) Галле-Йена-Лейпциг. Большинство опрошенных специализируются в экологии, сохранения биоразнообразия и наук об окружающей среде.

Собственническое отношение к данным, ресурсам и идеям, стремление не подпускать к ним коллег — явление, которое исследователи назвали «эффектом Горлума», — не случайно так широко распространено, комментирует первый автор работы Хосе Вальдес. По его словам, это системная проблема, подпитываемая гиперконкуренцией и давлением современной академической среды, которое вызывается ограничением ресурсов и количества рабочих мест.

Среди опрошенных 44% заявили, что сами сталкивались с этим явлением; почти две трети из них — неоднократно. Среди примеров собственнического поведения — отказ в доступе к местам проведения исследований, хищение идей, манипуляция авторством и препятствование исследовательской работе. Более двух третей считает, что это повлекло серьезные проблемы и карьерные неудачи, треть предпринимала попытки защитить свои интересы. Примерно каждый пятый признался, что сам делал нечто подобное.

28.05.2025
825
0

Управление по готовности и реагированию на чрезвычайные ситуации в области здравоохранения (HERA) Еврокомиссии через Европейское исполнительное агентство по здравоохранению и цифровым технологиям (HaDEA) поддержало создание Европейского центра вакцин для готовности к пандемии (EVH). Соглашение было подписано 22 мая 2025 года.

Задача консорциума EVH — поддерживать разработку согласованного набора вакцин-прототипов против патогенов, способных вызвать пандемию, и масштабируемых технологий производства. В его состав вошли разработчики вакцин из семи европейских стран; координатор — некоммерческая организация Sclavo Vaccines Association (Сиена).

В работе EVH выделены четыре основных направления: «Открытия (платформенные технологии для разработки вакцин и моноклональных антител)», возглавляемое некоммерческой организацией Fondazione Biotecnopolo di Siena, Италия; «Доклинические исследования» (Институт Пастера, Франция); «Клинические исследования (фазы 1 и 2, иммунология вакцин)» (Vaccinopolis, Антверпенский университет, Бельгия); и «Производство и регулирование» (Центр исследований инфекционных заболеваний Германии, DZIF). Основное внимание будет уделено группе патогенов, которые считаются критически важными с точки зрения готовности к пандемиям в Европейском регионе ВОЗ.

В следующие четыре года EVH будет получать финансирование из программы Евросоюза EU4Health, с вкладом ЕС около 102 млн евро при общей стоимости проекта около 170 млн евро.

Чтобы дать возможность Евросоюзу самостоятельно разрабатывать и производить вакцины в случае пандемии, EVH хочет создать государственно-частное партнерство, в рамках которого ведущие исследователи будут работать вместе с фармацевтическими и биотехнологическими компаниями.