Четыре гена могут стать новыми мишенями популяционного скрининга

Ученые из США проанализировали экзомы и данные медицинских карт более 220 000 пациентов. Они нашли семь генетических состояний, ассоциированных с заболеваниями. Четыре из них — варианты, связанные с сахарным диабетом, гемоглобинопатией, поликистозной болезнью почек и катарактой — еще не используются в скрининговых программах.

Credit:

ktsdesign | 123rf.com

В США уже проводят генетический скрининг населения, направленный на выявление рака груди и яичников, связанного с мутациями в гене BRCA, синдрома Линча и семейной гиперхолестеринемии. Скрининг на эти заболевания необходим, так как они достаточно распространены, их риск сильно коррелирует с мутациями в определенных генах, а раннее выявление проблемы позволяет существенно облегчить лечение. При этом также может быть полезен скрининг на редкие генетические варианты, которые будут гарантировать большой риск заболевания. Показатель значимости генетического варианта при скрининге — положительная прогностическая ценность (positive predictive value, PPV) — вероятность, что человек с обнаруженным «плохим» генетическим вариантом действительно окажется болен.

Исследователи из американской компании Helix, которая занимается популяционной геномикой, проанализировали экзомы и медицинские карты более 220 000 пациентов. Большая выборка позволила им выявить несколько новых редких генетических состояний, с высокой PPV указывающих на заболевания. По мнению ученых, эти данные могут быть включены в программы генетического скрининга населения.

Ученые использовали данные секвенирования из UK Biobank and Healthy Nevada Project. Для выявления связи «ген-заболевание» применяли «методику коллапса генов и фенотипов»: сравнивали количество мутаций в опытной и контрольной группе.

Всего было обнаружено 74 статистически значимых ассоциации между 27 генами и 49 фекодами (группами родственных фенотипов). Однако не все ассоциации имели достаточную PPV для того, чтобы учитывать их при генетическом скрининге.

Генетических состояний с PPV более 0,3 (не менее чем у 30% людей с этим вариантом гена разовьется болезнь) оказалось всего семь. Среди них четыре ранее не описанных варианта генов: была показана связь варианта GCK с сахарным диабетом, варианта HBB c гемоглобинопатией, варианта PKD1 с поликистозной болезнью почек и варианта MIP с катарактой. Три ассоциации — связь вариантов BRCA1 и BRCA2 с раком груди и вариантов LDLR с коронарным атеросклерозом — уже используются при генетическом скрининге населения.

Согласно расчетам, включение четырех новых генов в текущие программы генетического скрининга населения выявит дополнительные 0,21% участников с реальным риском заболевания, что в общей сложности составит 1,21% от прошедшей скрининг популяции. При большом количестве людей, которые проходят обследование, это достаточно много. Своевременное выявление может быть полезно. Так, для поликистозной болезни почек, вызванной вариантами PKD1 и PKD2, нет терапии, но ее раннее обнаружение позволит вовремя начать наблюдения за общим объемом почек и расчетной скоростью клубочковой фильтрации, а также лечение сопутствующих заболеваний.

Используемые в исследовании когорты в основном включали людей европейского происхождения, однако обнаруженные варианты генов, скорее всего, окажутся общими для всех субпопуляций человека. Тем не менее авторы планируют продолжать исследования, анализируя более разнообразные наборы данных.

Источник

Schiabor Barrett, et al. Positive predictive value highlights four novel candidates for actionable genetic screening from analysis of 220,000 clinicogenomic records. // Genetics in Medicine (2021). DOI: 10.1038/s41436-021-01293-9

Добавить в избранное

Вам будет интересно