Четыре гена могут стать новыми мишенями популяционного скрининга

В США уже проводят генетический скрининг населения, направленный на выявление рака груди и яичников, связанного с мутациями в гене BRCA, синдрома Линча и семейной гиперхолестеринемии. Скрининг на эти заболевания необходим, так как они достаточно распространены, их риск сильно коррелирует с мутациями в определенных генах, а раннее выявление проблемы позволяет существенно облегчить лечение. При этом также может быть полезен скрининг на редкие генетические варианты, которые будут гарантировать большой риск заболевания. Показатель значимости генетического варианта при скрининге — положительная прогностическая ценность (positive predictive value, PPV) — вероятность, что человек с обнаруженным «плохим» генетическим вариантом действительно окажется болен.

Исследователи из американской компании Helix, которая занимается популяционной геномикой, проанализировали экзомы и медицинские карты более 220 000 пациентов. Большая выборка позволила им выявить несколько новых редких генетических состояний, с высокой PPV указывающих на заболевания. По мнению ученых, эти данные могут быть включены в программы генетического скрининга населения.

Ученые использовали данные секвенирования из UK Biobank and Healthy Nevada Project. Для выявления связи «ген-заболевание» применяли «методику коллапса генов и фенотипов»: сравнивали количество мутаций в опытной и контрольной группе.

Всего было обнаружено 74 статистически значимых ассоциации между 27 генами и 49 фекодами (группами родственных фенотипов). Однако не все ассоциации имели достаточную PPV для того, чтобы учитывать их при генетическом скрининге.

Генетических состояний с PPV более 0,3 (не менее чем у 30% людей с этим вариантом гена разовьется болезнь) оказалось всего семь. Среди них четыре ранее не описанных варианта генов: была показана связь варианта GCK с сахарным диабетом, варианта HBB c гемоглобинопатией, варианта PKD1 с поликистозной болезнью почек и варианта MIP с катарактой. Три ассоциации — связь вариантов BRCA1 и BRCA2 с раком груди и вариантов LDLR с коронарным атеросклерозом — уже используются при генетическом скрининге населения.

Согласно расчетам, включение четырех новых генов в текущие программы генетического скрининга населения выявит дополнительные 0,21% участников с реальным риском заболевания, что в общей сложности составит 1,21% от прошедшей скрининг популяции. При большом количестве людей, которые проходят обследование, это достаточно много. Своевременное выявление может быть полезно. Так, для поликистозной болезни почек, вызванной вариантами PKD1 и PKD2, нет терапии, но ее раннее обнаружение позволит вовремя начать наблюдения за общим объемом почек и расчетной скоростью клубочковой фильтрации, а также лечение сопутствующих заболеваний.

Используемые в исследовании когорты в основном включали людей европейского происхождения, однако обнаруженные варианты генов, скорее всего, окажутся общими для всех субпопуляций человека. Тем не менее авторы планируют продолжать исследования, анализируя более разнообразные наборы данных.