Чума могла прийти в Европу XVIII века из других регионов

Средневековая Черная смерть, уничтожившая в 1346–1353 годах по разным оценкам 30–60% населения Европы, оставила глубокий след в мировой культуре и истории. Между тем Вторая пандемия чумы после Черной смерти не кончилась, а перешла в «хроническую» стадию, менее интенсивную, но гораздо более длительную. Вспышки чумы возникали в Европе и других регионах вплоть до начала XIX века. В середине XVII века, по историческим источникам, динамика распространения чумы изменилась, вспышки стали более локальными.

Генетическое исследование Второй пандемии чумы, продолжающейся после Черной смерти, провели специалисты из Университета Осло (Норвегия), Университета Феррары (Италия) и других стран. Ученые прочитали геномы Yersinia pestis из останков 9 человек, живших в четырех регионах Евразии, в XIV–XVIII вв.

Самый древний геном, XIV века (COL001) — из захоронения в средневековом соборе в Коллато Сабино в Италии. Шесть геномов XVII века (SPN) изолированы из захоронения в Сан Проколо, также в Италии. Два последних генома относятся к XVIII веку: PEB10 (Пестбакен, Швеция) и CHE1 (Майста, историческая область Чечни). Геномы секвенировали методом Illumina и картировали на референсный геном Yersinia pestis (CO92). Покрытие прочтения составило от 3,22х до 57х (для чеченского генома).

Ученых особенно интересовал самый поздний период Второй пандемии — XVIII век, когда в Западной Европе произошли последние большие вспышки чумы. До сих пор геномные данные этого периода имелись только для образцов из Марселя (1720–1722 года).

Филогенетическое дерево Yersinia pestis включает в общей сложности 231 геном, из них 181 современный, 41 относится к историческому времени и 9 – к преисторическому. При их сравнении ученые описали 3917 однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Все древние геномы, изученные в данной работе, расположились на одной субветви, которая происходит от возбудителя Черной смерти, эта субветвь включает все штаммы последующих вспышек чумы. На основании филогении авторы убедились, что изученные им штаммы действительно относятся к возбудителям Второй пандемии.

Самый древний геном из Италии (COL001) оказался близок к ранее описанному геному из Германии MAN008 периода Черной смерти (1283–1390). Это согласуется с историческими источниками, согласно которым Коллато был поражен чумой в 1363 году. Геномы SPN (Италия, XVII век) — часть «альпийской клады» Yersinia pestis, ответственной за эпидемию чумы во время Тридцатилетней войны (1618–1648).

В самых молодых геномах (PEB10 из Швеции и CHE1 из Чечни) ученые обнаружили крупную делецию (49 килобаз). Ее не было в изученных более древних геномах, но такая же делеция ранее найдена в геноме возбудителя марсельской чумы того же периода. Она же описана в геномах из Лондона более раннего времени (1560–1635). Эта делеция привела к потере генов mgtB и mgtC. Насколько эти гены связаны с вирулентностью Yersinia pestis, пока неясно. Судя по высокой смертности при чуме в Марселе и Пестбакене, вирулентность возбудителя не кажется ослабленной.

Исторические источники предполагают, что чума в Марселе была завезена из Сирии, а до Швеции (Пестбакен) чума могла докатиться из Османской империи. Впервые описан штамм Yersinia pestis на Кавказе (Чечня), который несет ту же делецию. Авторам кажется маловероятным, чтобы чума из Марселя какими-то путями была завезена в Чечню. Более правдоподобно, что и тот и другой возбудитель, а также возбудитель из Швеции происходят из одного источника.

Таким образом, новые данные указывают на существование не только европейского, но и внеевропейского резервуара, который подпитывал вспышки чумы в Западной Европе после Черной смерти вплоть до XIX века. Не исключено, что эта линия и сейчас сохранилась в природных очагах. Будущие исследования, возможно, позволят ее обнаружить.