Исследована ДНК из зуба акулы, укусившей человека

Джефф Уикли, редактор спортивного журнала из Флориды, вскрыл уплотнение на пальце ноги и нашел зуб акулы. Она укусила его довольно давно — в 1994 году, когда он занимался серфингом у Флэглер Бич. Сначала он хотел сохранить этот зуб как сувенир, но потом узнал о программе исследования акул Музея естественной истории Флориды, где могут определить вид рыбы по ее ДНК. «Меня воодушевила возможность установить видовую принадлежность этой акулы, потому что я всегда был любопытным, — сказал Уикли. — Но я немного заколебался перед отправкой, когда вообразил, как мне ответят, что меня укусила макрель или сарган — что-нибудь очень унизительное».

Волновался он напрасно. Зуб в ноге оставила серьезная рыба, черноперая акула Carcharhinus limbatus. Этот вид считается робким и неагрессивным, но тем не менее несет ответственность за 20 % неспровоцированных нападений акул у берегов Флориды с 1926 по 2018 гг. Большинство атак приводит к незначительным ранениям, однако известны и летальные исходы.

Зуб очистили от загрязнений, удалили участок эмали, взяли кусочек пульпы , экстрагировали из него ДНК и подготовили библиотеку для секвенирования на платформе Illumina MiSeq, согласно разработанному авторами протоколу для сильно фрагментированной (менее 100 п.н.) ДНК. В итоге получили последовательность митохондриального генома длиной 16,729 п.н., хотя целых 456 нуклеотидов читались неоднозначно. Авторы статьи отмечают, что для зуба белой акулы, извлеченного из тела другой жертвы всего через несколько недель после укуса, удалось получить гораздо лучшие результаты. Однако, как заявил Гэвин Нейлор, руководитель исследовательской программы, для них было настоящим шоком, что вообще удалось выделить пригодную для анализа ДНК из зуба, который пробыл 24 года в мягких тканях человека.

В митохондриальном геноме искали таргетные последовательности для определения вида, взятые из баз данных по акулам и скатам. Авторы также построили филогенетическое дерево для гена митохондриальной NADH-дегидрогеназы 2 из этого образца и более 14 000 других образцов хрящевых рыб с известной видовой принадлежностью. Результаты в обоих случаях указывали на то, что зуб принадлежал черноперой акуле.

Сейчас примерно в 70% случаев укусов акул определить видовую принадлежность не удается. Более точные данные помогли бы лучше оценить опасность того или иного вида. Многие дайверы считают, что страх перед акулами нагнетают СМИ. Джефф Уикли говорит, что после того укуса он продолжил плавание буквально через пару недель и относится к акулам примерно так же, как к собакам, которые преследуют его во время пробежки. А мясо черноперой акулы ему случалось пробовать, и оно было очень вкусным.