МД-2021, день 3. Молекулярные основы выбора лечения. Диалог специалистов

Открыла секцию Валентина Ларионова, профессор СЗГМУ им И.И. Мечникова и президент Ассоциации специалистов в области молекулярной медицины, клинической и лабораторной генетики им Е.И. Шварца. Сначала она поприветствовала участников конференции от имени Ассоциации и рассказала, что первая часть секции будет посвящена взаимодействию врачей различных специальностей, персонализированной медицине, диагностике и лечению наследственных заболеваний. Она отметила, что современная персонализированная медицина предполагает активное участие пациентов.

Далее Валентина Ларионова прочитала доклад на тему «Причины несвоевременной диагностики наследственных заболеваний: как повысить компетенции практических врачей и построить междисциплинарные "мосты" с целью успешного внедрения оптимальных алгоритмов лечения, диагностики и профилактики генетических заболеваний». Она подняла вопрос использования новых технологий практикующими врачами. Бывает, что именно пациенты побуждают врачей их осваивать. Зачастую пациент больше знает о своем заболевании, чем среднестатистический терапевт или педиатр. Поэтому всегда нужно стремиться к диалогу.

Новые знания должны внедрятся в системный учебный процесс медицинских вузов на этапах как дипломного, так и постдипломного образования. Задача врачей — приобретать новые знания непрерывно, то же самое касается преподавателей. Важную роль здесь играют профессиональные сообщества различных организаций.

Продолжил секцию Олег Глотов, эксперт Ассоциации им. Е.И. Шварца, с докладом «Основные стратегии молекулярной диагностики наследственных болезней». В настоящее время диагностику обычно проводят на основе симптомов. Докладчик привел в пример наследственную почечную недостаточность. Сейчас при повышенном давлении врач просто назначает препараты, его снижающие. Это может отсрочить постановку диагноза, что приведет к отсутствию адекватного лечения и ухудшению прогноза. Если же сразу провести комплексное обследование, включающее генетику, то можно будет поставить точный диагноз, лечение будет своевременным. Также важны мультидисциплинарный подход и маршрутизация пациента.

По словам Олега Глотова, основная задача — интегрировать генетические знания в клиническое мышление врачей. Подробнее он остановился на алгоритме анализа мутаций. Зачастую нет смысла сразу начинать с полноэкзомного или полногеномного секвенирования, можно сначала провести более простой анализ. Часто начинают с самых распространенных мутаций.

Также Олег Глотов подчеркнул, что нужно использовать весть арсенал имеющихся молекулярно-биологических методов. В период пандемии этот арсенал сильно расширился.

В качестве примера использования молекулярно-генетических методов в диагностике докладчик привел случай пациента, у которого секвенировали экзом. Он затронул вопросы достаточного покрытия интересующего нас участка и перепроверки найденных результатов секвенированием по Сэнгеру. В другом случае с помощью генетического тестирования удалось сохранить жизнь здорового плода.

Говоря об основных этапах NGS, докладчик подчеркнул, что от получения образца до выдачи результата нужно минимум пять суток, и это без подтверждения результата секвенированием по Сэнгеру. Он рассказал о российском опыте секвенирования, в том числе о накопленных популяционных данных, о форматах, в которых хранятся данные секвенирования, и об информации, которую нужно отражать в отчетах после секвенирования.

Данные, полученные с помощью полноэкзомного секвенирования, играют важную роль в исследованиях, что, в свою очередь, повышает эффективность диагностики. Существует вопрос — анализировать экзом или сразу геном? Геном секвенируют с покрытием 30x. Но это среднее покрытие. Необходимый нам участок может быть прочитан, например, только 8–10 раз. С точки зрения научных проектов это нормально, но с точки зрения медицины этого недостаточно. Для получения необходимых результатов нужно читать геном с покрытием 50x. А с увеличением покрытия будет расти стоимость.

По мнению Олега Глотова, в будущем секвенирование будет все дешевле. Тогда при рождении ребенка можно будет сразу секвенировать его экзом и более широко использовать генетический анализ при планировании семьи.

Юлия Новокович из генетической лаборатории «Сербалаб» выступила с докладом «Интерпретация результатов молекулярной диагностики: клинические случаи». Она рассказала о таргетной панели «моногенные заболевания», в которую входят 66 генов, связанных с 52 наследственными синдромами. Также привела пример пробанда, у которого выявили два патогенные генетические варианта, связанные с нейросенсорной тугоухостью, и вариант с неизвестным клиническим значением.

Не всегда очевидно, какой метод исследования будет наиболее эффективен для постановки диагноза. Компания «Сербалаб» индивидуально подбирает оптимальную схему диагностики. Юлия Новокович проиллюстрировала этот принцип клиническим случаем пациента с прогрессирующим нейродегенеративным заболеванием. Удалось выявить редкое наследственное заболевание с помощью полноэкзомного секвенирования. Во втором случае при повторном анализе удалось выявить патогенный вариант, пропущенный в первый раз. В третьем случае у пары выявили носительство патогенных вариантов в гетерозиготе после рождения больного ребенка. В четвертом примере удалось поставить верный диагноз при нескольких возможных вариантах.

Андрей Зарецкий, руководитель онкологического направления Ассоциации им. Е.И. Шварца, продолжил секцию с докладом «"Орфанизация" онкологических заболеваний». Иногда при клинических испытаниях препарат против рака оказывается эффективным, но только для очень небольшой группы участников. Иногда эффективность препаратов сильно зависит от генетических особенностей пациента. Но если каждое молекулярное событие — это редкость, то будет очень сложно набрать достаточно участников для КИ таких препаратов. А если показания к препаратам очень узкие, но вкладывать средства в их разработку компаниям просто невыгодно (или эти препараты будут чрезвычайно дорогими).

Чтобы решить эту проблему, разработчикам лекарств дают ряд поблажек для регистрации подобных препаратов и для проведения КИ. Тут нужно выдержать баланс, потому что при слишком сильной регуляции мы можем просто остаться без препаратов, а при слишком слабой — получит препараты с неясной или недостаточной эффективностью. Докладчик рассказал о нескольких модификациях КИ, которые возможны в случае редких заболеваний.

Затем Андрей Зарецкий рассказал о вопросах молекулярного тестирования для подбора лекарств и выявлении наследственных синдромов. Первый вопрос — это объем и алгоритм тестировании. Тут есть выбор между тестированием «горячих точек», а потом — панели из 300–700 генов методами NGS, или можно сразу секвенировать панель. Такое количество генов позволяет достичь необходимой глубины прочтения и при этом получить нужную информацию.

Опухоль предлагается секвенировать после каждого предполагаемого «бутылочного горлышка». Так, лучше секвенировать метастазы и пересеквенировать опухоль после рецидива. Поиски нужно продолжать до того, пока не будет выявлен конкретный вариант. При различных вариантах в одном и том же гене эффект препарата может быть совершенно разными.

Мало получить верные результаты, нужно еще их верно интерпретировать. Иногда необходима консультация других специалистов. Докладчик также предупредил, что нужно быть осторожнее с «мутационными профилями», когда у пациента не один, а несколько важных вариантов, которые могут друг с другом взаимодействовать. Докладчик привел несколько примеров — в одних дополнительная информация помогла принять верное решение при терапии, в других — помешала.

Докладчик подчеркнул, что цель проведения конкретного теста должна быть однозначной и практической, а осмысленность теста зависит от конкретной ситуации. Некоторые даже рутинные тесты не несут никакой полезной информации, или нужны только в отдельных случаях.

Мария Шурыгина из Центра генетики и репродуктивной медицины Genetico выступила с докладами «Диагностические одиссеи в офтальмологии: Случай синдрома Хаймлера» и «Диагностические одиссеи в офтальмологии: Ахроматопсия». Она рассказала, что обычно офтальмолог формирует диагноз, и уже с ним пациент приходит к генетику. Иногда необходимо провести дифференциальный диагноз или даже опровергнуть уже поставленный.

У пациента десяти лет было подозрение на синдром Ашера. Дальнозоркость с пяти лет и проблемы со слухом. При обследовании обнаружили снижение функции палочек, структурные изменения сетчатки и нетипичную пигментацию. Коренные зубы при этом были не полностью сформированы, а характерной для тугоухости проблемы с диалогом не было. Секвенировали геном пациента (панель), не выявили вариантов, связанных с синдромом Ашера, но выявили варианты, ассоциированные с синдромом Альпорта. Однако симптомов этого синдрома не было.

Начали искать варианты в генах, связанных с глухотой. И действительно, нашли патогенный вариант в гене PEX1. Описание симптомов, связанными с этим вариантом, совпадало с клинической картиной пациента (синдром Хаймлера 1). Проблема с сетчаткой при этом симптоме встречается редко, поэтому диагноз было поставить сложно. Варианты, указывающие на синдром Альпорта, оказались артефактами секвенирования.

Мария Шурыгина подчеркнула, что очевидный на первый взгляд диагноз может быть не верен, клиническая картина может быть разной даже в пределах одной нозологической группы, а корректная интерпретация результатов генетических тестов и сопоставление их с клинической картиной очень важны.

Вторая часть доклада касалась ахроматопсии. При этом состоянии основной симптом — это светобоязнь. Причиной могут выступать патологии органов зрения, неврологические расстройства, психиатрические расстройства и прием лекарственных средств. Часто при наличии светобоязни врачи ее пропускают и не учитывают при постановке диагноза.

Еще один симптом ахроматопсии — это нистагм, то есть спонтанные самопроизвольные движения глазных яблок. Врожденный нистагм может быть изолированным или сочетаться с широким спектром расстройств. Если у пациента присутствует светобоязнь и нистазм — есть повод заподозрить ахроматопсию. Обычно это заболевание диагностируют на первом году жизни. Но не всегда.

На прием попал пациент восьми лет. Жалобы — светобоязнь, плохое зрения, нарушение световосприятия, отсутствие периферического зрения, горизонтальный нистагм. Ранее ему поставили диагноз «частичная атрофия зрительного нерва, нистагм».

Светобоязнь начала проявляться в возрасте около года, без отрицательной динамики. Нистагм впервые отметили в три месяца. Пациент никогда не различал цвета. Низкое зрение также без динамики, другие органы и системы без особенностей. Роды были трудными и долгими.

При обследовании выяснилось, что палочки в норме, а вот функции колбочек значительно снижены. Сетчатка выглядит в целом нормально, но есть небольшие изменения: щелевидные дефекты в тех зонах, где находятся колбочки.

Пациента направили на генетический анализ с предварительным диагнозом «ахроматопсия». Диагноз подтвердился, были найдены патогенные варианты в гене CNGA3. До постановки этого диагноза прогноз у пациента был неизвестен. После медико-генетического консультирования можно сказать, что прогноз относительно благоприятный. Зрение может немного улучшиться. С возрастом ожидается уменьшение степени светобоязни и амплитуды нистагма. В настоящее время ведутся разработки генной терапии заболевания.

Мария Шурыгина упомянула атолл Пингелап, микронезийский остров в южной части Тихого океана, где из-за эффекта основателя у 10% населения есть ахроматопсия. В остальном мире распространенность заболевания — 1/30 000 – 1/50 000.

Также докладчик дала рекомендации практикующим клиницистам, в первую очередь коллегам-офтальмологам: обращать внимание на внешний вид пациента, его интеллект, патологии других органов и систем, для офтальмологов — проводить полное клинико-функциональное обследование. Она подчеркнула важность коллаборацию специалистов различных специальностей.

Людмила Щугарева, руководитель Комитета по молекулярной неврологии Ассоциации специалистов в области молекулярной медицины, медицинской и лабораторной генетики им. Е.И. Шварца, зачитала доклад на тему «Ганглиозидоз GM1: описание клинического случая». Она отметила, что это был долгий путь к постановке диагноза. Ребенок в возраст 15 месяцев имел измененные пропорции головы, синостоз, усиленный венозный рисунок, тяжелый апатический синдром и регресс развития.

В возрасте двух недель ребенок выглядел практически нормально. Состояние с рождения тяжелое, с неврологической симптоматикой, гипотонией и арефлексией, синдромом дыхательных расстройств. Клиническая картина соответствовала септическому шоку. К десятому дню жизни состояние более-менее стабилизировали. К месяцу ребенок выглядел нормально, но имел анемию смешанного генеза, затяжную неонатальную желтуху и анизоцитоз. Отмечалась вакуолизация лимфоцитов.

С возрастом некоторые симптомы компенсировались. Сохранились отечность и мышечная гипотония, гиперспленомегалия, кардиомиопатия. Врачи опасались, что это прогрессирует какое-то заболевание.

Симптомы нарастают, меняется форма черепа, проявляется задержка в развитии, которая затем прирастает. В восемь месяцев меняются пропорции лица, черты становятся грубыми, повышаются сыворочные концентрации АСТ при нормальном АЛТ. В 10–11 месяцев на МРТ регистрируют выраженную атрофию больших полушарий и изменения желудочковой системы. Прирастают симптомы, связанные с дисплазией скелета.

Диагноз поставить долгое время не удавалось, однако подозревали лизосомные болезни накопления. Провели NGS гена GLB1. И действительно выявили два варианта (патогенный и условно-патогенный). Таким образом, это был вариант младенческого ганглиозидоза. Состояние характеризуется недостатком фермента, что ведет к нарушению метаболизма и накоплению субстратов. Для заболевания характерна клиническая гетерогенность. Лечения ганглиозидозов на настоящее время не существует.

В конце доклада Людмила Щугарева поставила вопрос, что могло помочь поставить диагноз быстрее. После этого участники секции обсудили вопросы кооперации специалистов и алгоритмы их взаимодействия.

В секции также приняли участие пациенты и родственники пациентов, которые поделились своим опытом жизни с наследственными и онкологическими заболеваниями.

Информация о выступающих

 Ларионова Валентина Ильинична, д.б.н., профессор СЗГМУ им И.И. Мечникова, врач-генетик, президент «Ассоциации специалистов в области молекулярной медицины, клинической и лабораторной генетики им Е.И. Шварца, научный руководитель ООО Академии молекулярной медицины (Санкт-Петербург)

Глотов Олег Сергеевич, к.б.н., заведующий отделом вирусологии и молекулярно-биологических методов исследования ФГБУ ДНКЦИБ ФМБА России, с.н.с. отдела геномной медицины ФГБНУ «НИИ АГиР им. Д.О. Отта», эксперт Ассоциации специалистов в области молекулярной медицины, клинической и лабораторной генетики им Е.И. Шварца (Санкт-Петербург)

Новокович Юлия Сергеевна, сотрудница лаборатории «Сербалаб».

Зарецкий Андрей Ростиславович, руководитель онкологического направления Ассоциации им. Е.И. Шварца, н.с. отдела молекулярных технологий НИИ трансляционной медицины ФГАОУ ВО «РНИМУ им. Н. И. Пирогова» Минздрава РФ, н.с. лаборатории методов иммуносеквенирования ФГБУН «ИБХ им. акад. М.М.  Шемякина и Ю.А. Овчинникова» РАН (Москва)

Шурыгина Мария Федоровна, к.м.н., ООО ЦГРМ «Генетико» (Москва)

Щугарева Людмила Михайловна, д.б.н., профессор ФГБОУ ВО "СЗГМУ им. И.И. Мечникова" Минздрава России ГБУЗ «Детская городская больница №1», зав. отделением неврологии, руководитель Комитета по молекулярной неврологии «Ассоциации специалистов в области молекулярной медицины, медицинской и лабораторной генетики им. Е.И. Шварца» (Санкт-Петербург)