МД-2021. Thermo Fisher Scientific на стендах дистрибьютеров

На стенде «Диаэм» есть все приборы Thermo Fisher Scientific, необходимые для полного цикла работы с нуклеиновыми кислотами, от выделения до анализа. Мы начинаем с KingFisher Flex — автоматизированной станции для выделения нуклеиновых кислот.

«С тех пор, как она вышла на рынок, она завоевала большую популярность. У нее достаточно высокая пропускная способность. Можно обрабатывать до 96 образцов одновременно», — говорит представитель «Диаэм» Николай Байбаев. Станции стали очень востребованы в 2020 году с приходом COVID-19. Диагностическим лабораториям потребовалась автоматизация из-за огромного потока образцов.

Станция KingFisher Flex, как и многие аналогичные приборы других производителей, предназначена для выделения нуклеиновых кислот на магнитных частицах. Однако, в отличие от аналогов, она переносит не сам образец в растворе, а магнитные частицы из буфера в буфер. Такой подход снижает потери материала и контаминационные риски.

После выделения нуклеиновых кислот нужно оценить их концентрацию. Самый простой способ — спектрофотометрический с помощью приборов из линейки NanoDrop, NanoDrop One или NanoDrop One C. Минимальный объем пробы, с которым работают эти приборы, составляет 1 мкл. При этом NanoDrop One C также оснащен кюветным отделением, что позволяет определять концентрацию в относительно больших объемах.

За оценкой полученного материала следует его анализ. Это может быть, например, ПЦР по конечной точке, проведенная на приборе QuantStudio 3D. Решение создано с использованием технологии цифровой ПЦР. Реакция проводится на специальном чипе, содержащем 20 000 ячеек. Каждая ячейка представляет собой независимый объем с реакционной смесью. Разделение образца на 20 тысяч проб приводит к тому, что в каждую ячейку попадает одна молекула ДНК-мишени. По соотношению «положительных» и «отрицательных» ячеек можно сделать вывод об общем количестве мишени в образце. По мнению Байбаева, метод цифровой ПЦР точнее, чем ПЦР в реальном времени (ПЦР-РВ), так как не зависит от стандартов и величины Ct. QuantStudio 3D используют научные лаборатории. Он особенно эффективен в онкологических исследованиях, но также применяется для детекции инфекций и определению ГМО и предварительной оценки библиотеки перед постановкой секвенирования.

В этом году появилась более новая версия системы — Absolute Q.

ПЦР-РВ — еще один популярный метод анализа нуклеиновых кислот, ставший особенно востребованным в пандемию. О системе QuantStudio 5 для количественной ПЦР-РВ на стенде Qvadros-Bio рассказывает Александр Ласкович: «Прибор очень вовремя получил регистрационное удостоверение (РЗН 2019/8446), буквально перед COVID-19. Это дало ему хороший старт. По сравнению с конкурентами модель молодая, в хорошем смысле свежая. Есть инновации в технической части и в программном обеспечении. Система открытая, под нее адаптированы отечественные реагенты».

Оказавшись в России, система QuantStudio 5 сразу попала в боевые условия и показала себя достаточно надежной. «Надо понимать, какому уровню эксплуатации подвергается оборудование в ковидное время. Это не просто жесткие условия эксплуатации, это круглосуточные прогоны», — говорит Ласкович.

Среди преимуществ системы Александр Ласкович отметил более высокую по сравнению с конкурентами скорость нагрева и охлаждения и дизайн. Еще одна его особенность — возможность облачного хранения данных.

Управление QuantStudio 5 осуществляется как с помощью сенсорного дисплея, так и с компьютера. Более того, прибор можно подключить к общей лабораторной сети и управлять им с любого компьютера, на котором установлено соответствующее ПО. Спектр настроек очень широк, что делает прибор привлекательным для научных экспериментов: так, можно варьировать скорость нагрева или делить планшет с образцами на три зоны с разным нагревом. ПО позволяет выбрать способ детекции мишени и отображения данных, задать график запуска и т. д. Кроме того, прибор хранит данные о последнем протоколе и позволяет восстановить их при сбое компьютера.

Еще один метод анализа нуклеиновых кислот — секвенирование. Qvadros-Bio представила на выставке новую платформу SeqStudio, предназначенную для секвенирования по Сенгеру. По словам Ласковича, старший брат SeqStudio, Applied Biosystems 3500, используется и в науке, и в криминалистике, и в медицине. Однако система 3500 очень требовательна к компетенции пользователя. В новом секвенаторе все максимально упрощено: реагенты и капилляры поместили в одноразовый картридж, рассчитанный на 250 образцов. Это позволят запустить прибор за пять минут. Каждый картридж оснащен индивидуальной RFID-меткой, которая обеспечивает подсчет образцов и позволяет прибору различать эксперименты, если им пользуются разные научные группы.

Qvadros-Bio также поставляет NGS-систему Genexus, созданную по технологии полупроводникового секвенирования Ion Torrent.

Анализ ДНК применяется не только в науке и медицине, но и в криминалистике. Решение для ДНК-идентификации RapidHIT ID представила компания «ИнтерЛабСервис». «Это лаборатория в одном приборе. Здесь проходит и выделение ДНК, и амплификация, и фрагментный анализ», — объясняет сотрудник «ИнтерЛабСервиса» Николай Яшин. Прибор рассчитан на работу с буккальными мазками и образцами крови. Как и в случае с SeqStudio, все реагенты убраны в одноразовый картридж, которого хватает на 100 образцов. Биоматериал помещается на картридж, картридж вставляется в прибор. Оператору остается только нажать на кнопку. Результат выдается через 90 минут. Прибор можно транспортировать к месту анализа, на месте ему требуется лишь розетка на 220 вольт.

«Прибор был бы актуален в погранзоне и в метро. Сотрудники УВД на Московском метрополитене могут задержать человека только на три часа. За это время не удается получить результаты анализа ДНК, проведенного принятыми сейчас методами», — говорит Николай Яшин.

Важно отметить, что оператор прибора не должен быть специалистом по анализу результата. Результат отправляется эксперту, который сравнивает его с базой данных. (Подробнее о RapidHIT ID см. секцию МД-2021 «Технологии молекулярного анализа в криминалистике и судебной медицине».)

Партнерский материал