На территории РФ найдена новая линия вируса Крым-Конго

В PLoS ONE опубликована статья ученых из Ставропольского противочумного института и Санкт-Петербургского НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера о молекулярной эпидемиологии вируса Конго-Крымской геморрагической лихорадки в России.

Конго-Крымская геморрагическая лихорадка (ККГЛ) — это тяжелая вирусная инфекция, которая на первом этапе проявляется жаром, рвотой и диареей, а затем переходит в геморрагическую стадию, для которой характерны подкожные кровоизлияния и кровотечения. Частым осложнением является поражение печени. Летальность инфекции по разным данным составляет от 9% до 50%. Возбудитель ККГЛ относится к роду Orthonairovirus семейства Nairoviridae. Он передается человеку с укусами иксодовых клещей, контакт с тканями зараженных животных и биологическими жидкостями зараженных людей. В период с 1999 по 2020 гг. в России было зарегистрировано 2 361 случаев ККГЛ, в том числе 94 летальных.

Вирус ККГЛ обладает наибольшим генетическим разнообразием среди всех арбовирусов. Его геном состоит из трех сегментов отрицательной одиночной РНК-цепи: S, M и L. По последовательностям S-сегмента выделяется семь линий вируса. При одновременном заражении переносчика штаммами разных линий происходит рекомбинация и реассортация сегментов с образованием новых генетических вариантов. Ранее было показано, что в Ставропольском крае, Ростовской, Волгоградской и Астраханской областях РФ циркулируют штаммы линии Europe 1. К ней же относятся штаммы с территории Турции, Юго-Восточной Европы и Ирана, однако российские штаммы формируют три самостоятельные подгруппы.

В работе использовались 500 образцов сыворотки пациентов с подтвержденной инфекцией, а также 103 пула иксодовых клещей различных видов. Все образцы были собраны в 2007–2017 гг. на юге России. Большая часть пациентов и клещей происходили из Ставропольского края и Ростовской области, остальные — из Краснодарского края, Астраханской и Волгоградской областей, Калмыкии, Дагестана, Кабардино-Балкарии и Крыма. По результатам анализа частичных сиквенсов, вирусные геномы из 596 образцов сыворотки и клещей относились к линии Europe 1, один штамм от ставропольского пациента принадлежал линии Africa 3 и еще шесть штаммов из Ставропольского края и Калмыкии формировали новую ветвь, обозначенную как Europe 3. Анализ 18 полных геномов вируса, принадлежащих к разным линиям, подтвердил обособленность линии Europe 3.

Филогенетический анализ отдельных сегментов генома показал, что по S- и L-последовательности штаммы линии Europe 1 делятся на четыре подгруппы: Va (Ставрополь-Ростов-Астрахань), Vb (Волгоград-Ростов-Ставрополь), Vc (Астрахань-2) и Vd (Крым). M-сегмент кластеризовался по трем подгруппам: Va, Vb и Vd. Большинство штаммов принадлежали к подгруппам Va-Va-Va и Vb-Vb-Vb, но в образцах из Астраханской области и Ставропольского края также были выявлены реассортанты, например, Va-Vb-Va или Vc-Vb-Va.

Анализ распространения генетических вариантов выявил наличие локальных популяций вируса с частично перекрывающимися границами. Это опровергает высказанное ранее мнение об отсутствии закономерностей в распределении вируса ККГЛ по территории РФ.

Полученные данные дополняют картину генетического разнообразия вируса ККГЛ в России. Впервые на территории страны был выявлен штамм линии Africa 3. Так как пациент не выезжал за пределы Ставропольского края, можно предположить, что вирус ККГЛ способен преодолевать большие расстояния в клещах, присосавшихся к перелетным птицам. Новая линия Europe 3, возможно, сформировалась до линии Europe 1, попала в Россию раньше и циркулировала в природных очагах, пока не была замещена штаммами Europe 1. По мнению авторов, необходимы дальнейшие исследования новой линии, в том числе анализ ее распространенности в Европе.

Работа выполнена в рамках гранта РНФ N20-64-46014 «Поиск и изучение эмерджентных и ре-эмерджентных вирусов, циркулирующих в Российской Федерации и в странах с тропическим климатом»