Расшифрован геном жителя Помпей

Международная группа исследователей впервые секвенировала геном человека, погибшего в Помпеях при извержении Везувия в 79 г. н.э. Исследование позвоночника этого мужчины выявило признаки туберкулезной инфекции, а метагеномный анализ обнаружил фрагменты генома микобактерий.

Credit:

natursports | 123rf.com

Команда из Италии, Дании, Бразилии и США секвенировала геном жителя Помпей. Город был разрушен извержением Везувия более 1900 лет назад, в 79 году н.э. В Помпеях погибло более 2000 человек. Исследовать ДНК из костей помпейских людей и животных пытались и ранее, но высокие температуры, изменяющие структуру биоапатита, сильно снижают ее качество. До этого удавалось секвенировать только короткие участки митохондриальной ДНК человека и животных. 

Более половины погибших в Помпеях были найдены в домах: извержения никто не ожидал. В данной работе исследовали останки, найденные при раскопках в 1910 гг. в Каса-дель-Фаббро (Дом Ремесленника или Дом Плотника). Один из скелетов принадлежал мужчине 35–40 лет. ДНК выделили из каменистой кости — в этих костях внутреннего уха генетический материал сохраняется наилучшим образом. Сборку генома удалось осуществить с покрытием 0,4. Там же был найден скелет женщины старше 50 лет, но для него получено очень низкое покрытие, порядка 0,0013х.

«До нашей работы из костей [найденных в Помпеях] извлекали только небольшие фрагменты ДНК, которые давали лишь частичную информацию, — сообщил в электронном письме редакции GenomeWeb руководитель работы Фабио Маччарди, исследователь молекулярной психиатрии из Калифорнийского университета в Ирвине (США). — Нам удалось получить полный геном по крайней мере одного молодого человека, потому что его череп… был инкапсулирован в пемзу, что помогло сохранить целостность ДНК». Возможно, пемза защитила ДНК от воздействия атмосферного кислорода.

Геном мужчины сравнили с последовательностями 471 человека из современных популяций Западной Евразии, а также с 1030 геномами древних людей, от верхнего палеолита до средневековья. Метод анализа главных компонент (PCA) показал генетическое сходство мужчины из Дома Плотника с современными итальянцами и жителями Римской империи, а также с населением неолитической Анатолии. Это говорит о том, что он «не был частью крупных миграций, связанных с практикой обращения в рабство», пишут авторы.

И митохондриальная гаплогруппа HV0a, и и гаплогруппа Y-хромосомы A1b1b2b человека из Дома Плотника менее распространены на итальянском полуострове и более характерны для популяций острова Сардиния. Эта мужская линия могла прибыть на итальянский полуостров из Анатолии во время неолита.

Палеопатологическое исследование костей мужчины показало, что он страдал от болезни Потта — инфекции Mycobacterium tuberculosis, поражающей позвоночник. Туберкулез в Римской империи был хорошо известен, его распространению, вероятно, способствовала высокая плотность населения городов. Метагеномный анализ обнаружил более 400 прочтений, соответствующих M. tuberculosis, и 14 096 прочтений, которые можно было отнести к роду Mycobacterium. Авторы отмечают, что геномы почвенных микобактерий сходны с M. tuberculosis примерно на 99 %, однако останки людей из Дома Плотника не контактировали с почвой, что позволяет считать микобактерию эндогенной.

«Наши первоначальные результаты обеспечивают основу для интенсивного и обширного палеогенетического анализа с целью реконструкции генетической истории населения Помпеи, уникального археологического памятника, — пишут авторы. — При поддержке огромного количества археологической информации, собранной в прошлом веке для города Помпеи, палеогенетический анализ поможет нам реконструировать жизнь этой завораживающей популяции периода Римской империи».

«Насколько нам известно, Археологический парк заинтересован в секвенировании других геномов и в дополнительных палеогенетических исследованиях», — сказал Маччарди, отметив, что итальянские лаборатории конкурируют за финансирование, выделенное для завершения этих работ.

Источник

Gabriele Scorrano, et al. Bioarchaeological and palaeogenomic portrait of two Pompeians that died during the eruption of Vesuvius in 79 AD // Scientific Reports, 2022. DOI: 10.1038/s41598-022-10899-1 

Добавить в избранное