Риск развития рака простаты точно оценивает небольшая панель вариантов

Индекс полигенного риска (PRS) — это инструмент для оценки рисков развития различных заболевания. При расчете PRS рассматривается большое количество генетических вариантов, обычно однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), по всему геному. В предыдущей работе авторы нового исследования провели полногеномный поиск ассоциаций (GWAS) для оценки риска развития рака простаты у мужчин из африканских, европейских, восточноазиатских и латиноамериканских популяций. В анализ вошли геномы 107 247 пациентов с раком простаты и 127 006 здоровых контролей. В результате авторы выявили 269 генетических вариантов, которые отвечают за 40% семейного риска рака простаты. На основе этих вариантов они разработали индекс полигенного риска (PRS269), который оказался эффективным в прогнозе риска развития рака простаты в разных популяциях и впоследствии был подтвержден в дополнительных независимых исследованиях, проведенных в разных странах. Однако есть данные, что полногеномные PRS (GW-PRS), включающие варианты по всему геному, имеют лучшую прогностическую эффективность. В новой работе исследователи сравнили эффективность этих двух подходов в предсказании риска развития рака простаты.

GW-PRS — это индекс полигенного риска, включающий большой набор генетических вариантов по всему геному (более миллиона). Он был создан, чтобы охватить более широкий спектр генетических факторов риска, что потенциально может улучшить прогностическую эффективность для такого сложного признака, как рак простаты, по сравнению с более таргетным подходом, который применялся при создании PRS269. GW-PRS получили при анализе тех же геномов, что и PRS269.

При анализе тестового набора данных наиболее эффективный подход для получения GW-PRS (PRS-CSx) имел AUC 0,656 (чем выше показатель, тем точнее классификатор, где 1 указывает на максимальную точность) у мужчин африканского происхождения и 0,844 у мужчин европейского происхождения. В тестовый набор данный входили около 9600 случаев и 193 000 контролей. Для PRS269 AUC составил 0,679 у мужчин африканского происхождения и 0,845 у мужчин европейского происхождения, то есть PRS269 прогнозировал развитие рака простаты так же хорошо, как и GW-PRS, или даже лучше. Аналогичные результаты получили в валидационных исследованиях (почти 20 000 случаев рака простаты и 263 600 контролей).

Результаты исследования демонстрируют, что GW-PRS не превосходит PRS269 при прогнозировании риска развития рака простаты, то есть панель из 269 вариантов работает так же хорошо, как и панель из более миллиона вариантов. Обычно полногеномные PRS показывают лучшие результаты. Авторы не могут объяснить полученные данные, но связывают их с хорошим выбором 269 вариантов в генетически разнообразной когорте. Они считают, что PRS269 поможет в отборе мужчин африканского и европейского происхождения с повышенным риском развития рака простаты для более тщательного скрининга и наблюдения.

Индекс полигенного риска для рака молочной железы завышен у евреек ашкенази