Секвенирование РНК поможет выявить химерные гены у детей с раком

Химерными называют гены, образовавшиеся путем слияния двух ранее существовавших генов. В 20% случаев раковых заболеваний человека химерные гены играют ключевую роль в росте опухоли и метастазировании, а информация об их наличии часто нужна при назначении терапии, поэтому остро стоит задача по их обнаружению. Традиционные методы, такие как RT-PCR, FISH, кариотипирование и анализ SNP, не всегда позволяют выявлять химерные гены, особенно редко встречающиеся. Группа ученых из Центра педиатрической онкологии имени принцессы Максимы (Нидерланды) показала, что РНК-сквенирование — это эффективный метод для обнаружения химерных генов.

Ученые анализировали данные, полученные при секвенировании всей РНК клеток опухоли, c помощью специально разработанных алгоритмов. Эти алгоритмы генерировали список потенциальных химерных генов, после чего авторы анализировали список вручную.

Валидация метода проводилась на 24 образцах от пациентов с известными химерными генами. Далее авторы исследовали 244 образца, полученные от пациентов Центра. Параллельно с РНК-секвенированием образцы были исследованы с помощью традиционных методов выявления химерных генов.

Ученые идентифицировали 78 химерных генов, которые кодировали составные белки. Из них 55 были выявлены как традиционными методами, так и РНК-секвенированием. В одном случае химерный ген был выявлен таргетным секвенированием, но не новой методикой. Это было связано с ошибкой в алгоритме, которая была далее исправлена. Также 23 гена были выявлены РНК-секвенированием, но не традиционными методами. В двух таких случаях обнаружение химерного гена позволило назначить пациентам новую таргетную терапию.

Также РНК-секвенирование позволило выявить случаи слияния промоторов и энхансеров с кодирующей последовательностью нового гена.

Авторы исследования говорят о том, что их работа наглядно демонстрирует преимущества РНК-секвенирования. Они уже сейчас массово применяют его параллельно с традиционными методами для диагностики пациентов Центра.