Смешивание образцов облегчает скрининг населения на SARS-CoV-2

Стоимость тестов на SARS-CoV-2 относительно высока, поэтому в США в начале пандемии тестирование проводили только определeнным группам людей, например, тем, кто недавно вернулся из Китая. Удешевить и ускорить скрининг можно, анализируя не индивидуальные образцы, а их смесь.

Ученые из Школы медицины Стэнфордского университета провели ретроспективный анализ образцов бронхоальвеолярного лаважа и назофарингеальных образцов, собранныx в период с 1 января 2020 по 26 февраля 2020 у пациентов с негативными результатами тестов на респираторные патогены и вирусы (GenMark Diagnostics или XpertXpressFlu/RSV, Cepheid), которые не проходили анализ на новый коронавирус.

Иccледователи объединяли индивидуальные образцы в смеси (пулы) из 9 или 10. Из 2 888 образцов получилось 292 пула. Диагностику проводили с помощью ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) с праймерами комплементарными участку гена Е, кодирущего белок оболочки коронавируса. Если результат ПЦР-теста пула был положительным, ученые проверяли каждый вошедший в нее образец методом ОТ-ПЦР с праймерами, комплементарными гену Е и гену RdRp, кодирующему РНК-зависимую РНК-полимеразу коронавируса. Таким образом было выявлено два образца, содержащие SARS-CoV-2. Был также получен один ложноположительный результат: в пуле детектировалась РНК коронавируса, а в образцах, проанализированных по-отдельности, ее не оказалось.

Авторы подчеркивают, что смешивание образцов неизбежно приведет к снижению чувствительности анализа. Тем не менее, такой метод позволит сэкономить ресурсы. Также это исследование показывает, что уже в январе-феврале в США были люди, зараженные SARS-CoV-2.