Стартовал первый в России курс по биоинформатике нанопорового секвенирования

Роль нанопорового секвенирования в биологических исследовательских проектах растет, поэтому знания по обработке данных, полученных этим методом, все актуальнее. Для многих лабораторий именно нанопоровый секвенатор становится первым по причине его доступности и относительно невысокой стоимости. При этом найти штатного биоинформатика для обработки этих данных возможно далеко не всегда. Секвенирование без обработки практически бесполезно, а работать нужно. Данный курс дает базовые знания о том, как начинать обрабатывать данные с секвенатора самостоятельно и какими путями решать свои задачи.

Что предстоит слушателям курса:

День 1.

Основы технологии, бейзколлинг (basecalling), преобразование сигнала в последовательность, контроль качества данных.

День 2.

Картирование ридов на геном, работа с выравниваниями, использование инструментов для обнаружения генетических вариантов (minimap2, medaka).

День 3.

Сборка de novo, визуализация и контроль качества сборки (Flye, Bandage), методы полировки данных.

День 4.

Классификация прочтений, анализ метагеномных данных с помощью Kraken2, примеры на реальных объектах.

День 5.

Продвинутые приёмы: анализ метилирования, дуплексный бейзколлинг, фильтрация ридов, обсуждение исследовательских кейсов участников.

Мы поздравляем первую группу студентов, которые сегодня начали этот путь! Удачи вам — вы в начале чего-то действительно интересного.