Что может изменить нанопоровое секвенирование

Компания SkyGen и PCR.NEWS провели викторину о нанопоровом секвенировании. Знатоков этой технологии оказалось неожиданно много: в викторине приняли участие более ста человек, и некоторые ответили даже на самые каверзные вопросы. Участников викторины приветствует заместитель генерального директора SkyGen Виталий Огинский. Нанопоровое секвенирование — game changer биотехнологий, и это замечательно, что оно приходит в Россию.

Более девяти лет компания SkyGen поставляет оборудование и реагенты, расходные материалы для научных исследований в области life science, в биотехнологические лаборатории, для фармакологических производств. Для нас большая честь быть официальным дистрибьютором компании Oxford Nanopore в России и СНГ. Во всем мире у нее только четыре или пять дистрибьюторов.

Oxford Nanopore Technologies — частная компания, основанная в 2005 году, сейчас в ней работают более 500 сотрудников. Инновацией, которая позволила Oxford Nanopore изменить подход к секвенированию, стали однокомпонентные сенсорные системы, основанные на нанопорах.

Первый продукт компании, MinION, вышел на рынок уже в 2015 году. Более производительная версия, GridION стала коммерчески доступной в 2017 году, а самый производительный секвенатор, PromethION, — в 2018-м. Сейчас в разработке компании много новых устройств, удовлетворяющих потребности любого пользователя. Oxford Nanopore создает технологии секвенирования ДНК и РНК, доступные и простые в использовании, предлагает быструю подготовку библиотек и получение результатов в режиме онлайн.

Историю взлета этой компании я считаю очень вдохновляющей для российских молодых ученых, аспирантов, кандидатов наук. Как говорит Гордон Сангера, соучредитель и директор Oxford Nanopore, в следующие 10–15 лет центр передовых технологий сместится из Северной Америки в материковую Европу, Великобританию, Россию и Азию. Через 15 лет новые идеи и решения будут идти из этих регионов. Сейчас для наших ребят хорошее время, чтобы заниматься наукой, использовать новые технологии для решения все более сложных задач, которые возникают у современного общества. Примеры таких задач нам дала пандемия COVID-19. Обратите внимание: около четверти геномов коронавируса секвенируется на приборах Oxford Nanopore. Компания также менее чем за год разработала и внедрила диагностическую технологию LAMPore для выявления РНК SARS-CoV-2.

Нанопоровое секвенирование — технология, которая меняет ландшафт отрасли. Наш постоянный клиент из Центра противовирусных препаратов (Алматы, Казахстан) Игорь Коротецкий сравнил его с автомобилем «Тесла». С моей стороны, нанопоровое секвенирование подобно цифровой фотографии, которая пришла на смену пленочной. Еще не так давно любое событие, которое нужно запечатлеть для потомков, по-английски называли «момент Кодак». А сейчас никто не вспомнит о пленке «Кодак», фотоаппараты перешли на цифру.

Точно так же технология, которую предлагает Oxford Nanopore, в ближайшие 5-7 лет массово будет замещать традиционные методы секвенирования в определенных нишах. Существующие NGS методы уйдут в некие прикладные узконаправленные задачи — продолжая аналогию, и пленочная фотография в эпоху цифры не исчезла совсем. Однако нанопоры становятся реальным конкурентом для классических методов все в новых и новых областях. Эта технология дает мобильность, более дешевое обслуживание. Раньше считалась уязвимым местом более низкая точность нанопорового секвенирования, но точность постоянно повышается.

В подходе, который предлагает Oxford Nanopore, есть новизна, которая нуждается в осмыслении. Вот, например, их лозунг — «не инвестируйте в приборы, инвестируйте в технологию». Это еще непривычно, что не надо стремиться постоянно обновлять парк приборов. Вы покупаете секвенаторы Oxford Nanopore и затем просто меняете программное обеспечение, покупаете новые ячейки с новой химией, но «железо» остается то же, оно не устаревает. Иными словами, покупая прибор, вы получаете доступ к органически развивающемуся продукту. У вас в следующем году не будет новой модели GridION — но будет новая версия программного обеспечения и новая химия, и вы будете получать лучшие результаты.

Еще важный момент, про который забывают: ячейки можно промывать и использовать несколько раз, пока в них есть живые поры. Такой опции не предлагает ни один другой производитель. В традиционных методах все расходные материалы одноразовые, и если у вас не получился запуск, то вы потеряли реагенты. В случае с нанопоровым секвенированием вы можете промыть ячейку и снова сделать запуск. Это дополнительный ресурс, и его надо учитывать, когда вы оцениваете стоимость секвенирования. И, может быть, самое главное — доступ к информации онлайн. Вы видите в режиме реального времени, что происходит с вашим образцом во время секвенирования, и можете что-то скорректировать.

Нам хотелось бы, чтобы эту прорывную технологию оценило больше российских ученых. Хотелось бы видеть исследователей, которые секвенируют на приборах Oxford Nanopore, — тех, кто поверил в технологию и начал использовать ее преимущества и возможности, — единым сообществом, умеющим ставить общие задачи выше конкурентной борьбы, которая неизбежна в науке. Обмен опытом очень важен. Со своей стороны, компания SkyGen сделает все от нее зависящее, чтобы помочь клиентам, обеспечит консультации и своевременную техподдержку. А в более отдаленной перспективе — конечно, хотелось бы, чтобы прогноз доктора Сангеры о смещении центра инноваций в восточное полушарие сбылся и благодаря России.


Партнерский материал

Добавить в избранное

Вам будет интересно