Удивительные микробы и где они обитают

Болота — доминирующая наземная экосистема, ключевой компонент глобальных циклов парниковых газов CO2 и CH4. Какую роль в газовом обмене играют микроорганизмы? Где водятся самые необычные бактерии? Какие преимущества дает использование молекулярных методов в микробной экологии? Рассказывает Светлана Дедыш.

Credit:
Андрей Чистяков

Светлана Дедыш — доктор биологических наук, заведующая лабораторией молекулярной экологии и филогеномики бактерий Института микробиологии им. С.Н. Виноградского, который входит в состав ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН. Светлана Николаевна работает с бактериями болот: открывает новые, определяет их функции и подробно описывает давно известные, используя передовые технологии.

Интервью взято до 24 февраля 2022 года.


Публикация в Science — это больше удача

Почему важно изучать микробные сообщества болот?

Значительные территории нашей страны покрыты болотами, и не изучать эту экосистему просто непростительно. Болота служат глобальным хранилищем органического углерода. СО2, который фиксируется растениями в болотах, депонируется в виде торфа, так как разложение растительных остатков в этих экосистемах происходит крайне медленно. Таким образом, СО2 изымается из глобальных циклов углерода. Количество депонированного углерода измеряется в мегатоннах. При потеплении климата весь этот резервуар органического углерода может быть превращен микроорганизмами опять в парниковые газы, и они выйдут в атмосферу. Ученые подсчитали, что тогда количество СО2 увеличится как минимум в полтора раза.

Другой парниковый газ, метан, образуется в обводненных анаэробных слоях профиля болотных экосистем. Его образуют анаэробные микроорганизмы — метаногенные археи. Болото — один из глобальных источников поступления метана в атмосферу. Но все не так плохо, потому что на границе раздела аэробной и анаэробной зон болот существуют метанотрофные бактерии. Они перехватывают метан и преобразовывают его в свою биомассу. И не забывайте про воду. Болота — это огромная губка, пропитанная водой. Вся вода пресная, это очень важно. Наша страна обладает огромными богатствами, и одно из богатств — пресная вода. Все крупные российские реки берут свое начало в болотных экосистемах. Получается, что болота — это водонапорные башни территорий с равнинными ландшафтами. Очень важно знать, какие микробы живут в болотах, потому что от них напрямую зависит качество воды.

Как вы пришли к изучению болотных микроорганизмов?

Микроорганизмами, живущими в болотах, занимались не очень много до осознания проблемы глобального изменения климата. Микробиологи пробовали делать высевы на стандартные среды, но болотные микроорганизмы совсем не приспособлены к ним. Пока пришло осознание того, что надо полностью менять стратегию культивирования, прошло довольно много времени. Мы включились в эту историю в начале 1990-х годов в рамках ФЦНТП «Глобальные изменения природной среды и климата». В Институте микробиологии эти работы были инициированы академиком Георгием Александровичем Заварзиным. Сразу несколько лабораторий включились в полевые и лабораторные исследования, чтобы понять, идут ли потоки метана с российских болот, каков баланс СО2, какие микроорганизмы образуют и окисляют метан в болотных экосистемах.

Я работала в лаборатории почвенной микробиологии и биокинетики, которой руководил профессор Николай Сергеевич Паников. Лаборатория отвечала за полевые измерения потоков парниковых газов и анализ баланса образования и потребления метана в болотах. Поставленная передо мной задача была в том, чтобы понять, какие бактерии перехватывают образующийся в болотах метан. В то время были известны только мезофильные метанотрофы, которые растут при температурах 20–30°C. Кроме того, болота, особенно сфагновые, имеют кислую реакцию среды — pH от 3,5 до 5,5. Этот диапазон pH обычным метанотрофам совсем не нравится. Однако процессы потребления метана в болотах идут, и долгое время никто не мог понять, кто его потребляет. Ключ к выделению этих микроорганизмов заключался в отказе от «стандартных» сред для культивирования метанотрофов. Они содержат слишком много солей, тогда как концентрации минеральных элементов в болотных водах на порядок ниже. Изменив состав сред, мне удалось получить культуры неких бактерий, которые росли на метане, но идентифицировать их я не могла. Они были не похожи на других метанотрофов, а в то время у нас не было никаких молекулярных методов. Даже больше: если сделать ультратонкий срез клеток метанотрофов, можно увидеть мембраны, в которых сидит их ключевой фермент — метанмонооксигеназа. А вот на срезах клеток тех бактерий, которых мне удалось выделить из болот, никаких мембран не было. Это была загадка! Каким образом они осуществляют свою функцию? Если у них нет мембран, значит, у них нет метанмонооксигеназы?

Решение этой загадки опубликовано в Science?

Руководитель моей лаборатории, Николай Сергеевич Паников, в силу своей высокой мобильности и отличного владения английским имел множество рабочих контактов с ведущими учеными различных стран, в том числе с основателем Центра микробной экологии в Мичиганском государственном университете профессором Джеймсом Тиджи. Зашел разговор о том, что неплохо бы вместе понять, что это за бактерии. В 1995 году меня отправили в Центр микробной экологии. Идея Центра заключалась в том, чтобы собрать ученых из различных стран. Ученые должны были осваивать молекулярные методы, применять их, обмениваться знаниями и опытом, а потом привезти их в свою страну. Центр был молодой, ученых было очень много, интернационал. Это было потрясающее время. Я ездила туда несколько раз: каждый год уезжала на три–четыре месяца, потом возвращалась сюда, здесь была семья. И семья каждый год держала удар, когда я уезжала. Ведь не было таких средств общения, как сейчас.

Когда мы прибегли к молекулярным методам, то быстро идентифицировали семейство, к которому эти бактерии принадлежат. Однако, в этом семействе метанотрофов раньше известно не было. Дальше удалось идентифицировать ключевой фермент, и это оказалась метанмонооксигеназа, только не связанная с мембраной, а растворимая. Это был первый метанотроф, в котором не было мембранной метанмонооксигеназы. Когда удалось свести куски этой мозаики вместе, вышла статья в Science. Я считаю, что публикация в Science — это больше удача, чем какое-то твое достоинство как ученого, слишком много обстоятельств должно сойтись вместе. Статья очень краткая, потому что нам не удалось тогда показать всю специфику биологии этих бактерий. Позднее мы обнаружили, что эти уникальные метанотрофы, помимо метана, способны расти на ряде органических соединений, то есть легко выживают в природе в периоды отсутствия метана. Что меня еще радует — эти микроорганизмы стали объектом исследований многих других ученых. Ряд сильных коллективов в Англии, Канаде и США продолжали более глубокие работы с этими бактериями, нашли очень много их особенностей, которые нетипичны для метанотрофов. Например, оказалось, что у них есть не только метанмонооксигеназа, но и пропанмонооксигеназа. Это значит, что они могут жить в сипах природных газов и утилизировать не только метан, но и некоторые его гомологи, а раньше считалось, что метанотрофы живут только на метане.

90% микробов в этом образце могут сделать вас знаменитыми

Где вы осваивали методы молекулярной экологии?

Каждый новый уникальный организм открывает столько направлений исследований, что хватает сразу широкому международному сообществу. Это позволяет наладить связи с другими учеными. Для меня ниточкой стало взаимодействие с немецким Институтом наземной микробиологии Общества Макса Планка. Меня пригласили туда изучить экологию болотных метанотрофов с помощью подхода, который позволяет визуализировать клетку непосредственно в экосистеме. Этот подход известен как метод флуоресцентной гибридизации in situ — FISH. Он вошел в практику в начале 2000-х годов. Конечно, мне эта перспектива очень понравилась. Я поехала в Марбург.

В чем суть метода FISH?

Вы можете создать флуоресцентный зонд, который будет связываться с микробами той группы, которая вам нужна. Зонды можно сделать на определенный род, семейство, класс. Вы можете взять какой угодно образец, гибридизировать его с этими зондами и увидеть, есть там нужные бактерии или нет. Их клетки «загорятся» цветом, соответствующим красителю, который вы использовали для своего зонда. Для меня было великим счастьем визуализировать метанотрофы, которые я нашла, показать, что их много в болотах, получить их первые симпатичные фотографии. Главное, что этот метод позволяет посчитать клетки и увидеть, как они локализованы, есть ли у них какие-то взаимоотношения с другими микроорганизмами и так далее. FISH стал важным инструментом работы для нас. С его помощью можно подобраться к группам микроорганизмов, нуклеотидные последовательности генов рРНК которых известны, но которые пока не даются в руки микробиологам.

Когда метод был перенесен в Россию?

До 2002 года все мои молекулярные работы были сосредоточены в Германии. Я каждый год ездила туда и работала как visiting scientist два-три месяца, потом возвращалась и пыталась что-то делать у себя в лаборатории. Но возможности создать нужную инструментальную базу для молекулярных исследований не было, потому что это очень дорого. В 2002 году появилась программа Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология», ее возглавил академик Георгий Павлович Георгиев. В рамках программы был раздел «Новые группы» для молодых ученых, которые имеют опыт работы за рубежом, хорошие публикации и хотят работать в России. Мне посчастливилось, я получила грант. За все время существования этой программы у меня было три гранта. Если бы не было этой программы, я не знаю, как сложилась бы моя судьба. Я не смогла бы челноком ездить между разными странами.

Первые три года все наши средства с грантов шли на построение «гнезда» для молекулярных исследований. Мы купили оборудование для флуоресцентной гибридизации in situ: прекрасный микроскоп немецкой фирмы Zeiss с фотокамерой, хорошую центрифугу с охлаждением, гибридизационную камеру, водяные бани, реагенты. И еще программное обеспечение, потому что есть задача дизайна зондов. Нужно сравнить все последовательности микроорганизмов и выбрать тот участок, который специфичен для конкретной бактерии. Нам нужны были термоциклеры и оборудование для гель-электрофореза, чтобы мы могли сразу идентифицировать новые изоляты. Потихоньку мы прилично приоделись как лаборатория и начали охоту за новыми микроорганизмами.

Какая работа стала первым опытом применения молекулярных методов в вашей лаборатории?

В статье 2006 года был представлен первый глубокий анализ микробного сообщества в образце торфа из болота Западной Сибири. Из него экстрагировали ДНК, амплифицировали гены 16S рРНК. Была получена первая на то время большая библиотека из 120 клонов. Оказалось, что только 10–15% всех последовательностей генов 16S рРНК принадлежат известным микроорганизмам. Я сказала своим сотрудникам: «Смотрите, 90% микробов в этом образце могут каждого из вас сделать знаменитым! Используйте этот шанс. Нет необходимости покорять космос или спускаться под льды Антарктиды, все уникальное у вас в руках!»

Сразу сформировалось несколько направлений поиска. В образцах торфа были обнаружены ацидобактерии и планктомицеты — до сих пор о них некоторые российские микробиологи не знают ничего. Мы были первыми в России микробиологами, которые получили культуры этих микроорганизмов. Нам помог именно метод FISH. Никто не знает, что это за палочка или цепочка клеток-бусинок, а вы применяете метод FISH и идентифицируете ее. Это открыло нам доступ к бесконечным горизонтам микробного разнообразия.

У вас своя метагеномика, свои секвенаторы?

Да. С анализом геномов и метагеномов нам помогают коллеги из Центра биоинженерии имени Г.К. Скрябина. Мы теперь вместе в едином ФИЦ — в 2015 году объединили наш Институт микробиологии имени С.Н. Виноградского, Центр биоинженерии и Институт биохимии имени Баха. Сначала все были очень скептически настроены. Но оказалось, что мы комплементарны в своих знаниях и областях экспертизы. Например, с Центром биоинженерии мы еще до объединения вели совместные работы; сейчас таких исследований очень много.

В одной из ваших работ используется метатранскриптомика. Она у вас тоже своя?

Мы сделали ее в Германии. Я не видела выполненных в России работ по метатранскриптомике, которые были бы опубликованы в сильных журналах. Это методически сложные и финансово-затратные работы. Нужно экстрагировать РНК. Экстракция идет не из «чистого» образца, а из почвы или, как в нашем случае, из торфа. Вы получаете на выходе «грязный» экстракт, и должны использовать его для молекулярных исследований. Дальше вы получаете миллионы и миллионы коротких прочтений, которые надо рассортировать, потому что вам нужна только часть из них. Дальше вы должны найти смысл в полученном пуле данных. Вот этот аспект часто оказывается весьма проблемным. Я видела много грантов, в которых было прописано, что люди будут делать метатранскриптомику, и даже всячески поддерживала эти заявки как эксперт. Но это ничем не кончалось, финальных работ я не видела никогда. Наша работа по метатранскриптомике болот — одна из немногих на международной арене. Но я не говорю, что в России это невозможно сделать, потому что с каждым годом мы становимся все сильнее, особенно на базе ФИЦ с нашими коллегами из Центра биоинженерии.

Метатранскриптомика помогает понять функции участников микробного сообщества. Но может ли возникнуть конфликт транскриптомных данных с информацией о функциях организма, полученной в результате культивирования?

Может. Мы это увидели на примере нашей работы. У нас была задача понять, какие микробы разлагают в болотах четыре главных биополимера: целлюлозу, хитин, пектин, ксилан. Мы внесли биополимеры в торф, инкубировали какое-то время, экстрагировали РНК и стали искать последовательности некоторых ранее охарактеризованных нами бактерий, способных разлагать биополимеры. Однако их либо не было, либо было очень мало. В пуле транскриптов, полученных из торфа с внесенным хитином, мы почему-то увидели очень много последовательностей планктомицета из семейства Gemmataceae. Ранее способность планктомицетов к деструкции хитина не была известна. Стали внимательнее смотреть и вдруг поняли, что у нас в лаборатории есть нечто похожее.

Был один изолят планктомицетов семейства Gemmataceae, очень сложный. Вместо того, чтобы гомогенно расти в средах, он формировал макроагрегаты размером с небольшие камешки, которые лежали на дне флаконов. Сложный организм, весь покрыт фимбриями, как шипиками. Мы поставили его на окно и забыли до тех пор, пока не нашли транскрипты генов этого организма именно в образцах с хитином. Тогда мы достали его с подоконника, проанализировали геном и нашли ген хитиназы и гены, кодирующие пили IV типа — те самые шипики, которые позволяют планктомицету укрепиться на субстрате. Мы проверили экспериментально, способен ли организм расти на хитине. Когда мы давали хитин как источник углерода, роста не было. Потом нам пришло в голову, что нужно предложить хитин как источник азота. Дело в том, что в болотах источников углерода много, а вот доступного азота там очень мало. Когда мы поставили такой опыт, клетки колонизовали ковром все частички хитина в средах. И все встало на свои места. Они образовывали агрегаты в колбе, потому что привыкли гнездиться на частичках полимеров, а когда полимеров нет, клетки хватаются друг за друга. И даже хитиназу мы потом получили с помощью наших коллабораторов из Центра биоинженерии, экспрессировали ее в E. coli. Так что метатранскриптомика позволяет сделать ряд совершенно неожиданных находок.

Столетняя загадка

Расскажите о столетней загадке планктомицета Planctomyces bekefii.

Самый первый представитель планктомицетов — Planctomyces bekefii — был описан венгерским микробиологом Гимези в 1924 году. Гимези наблюдал микроорганизмы необычной морфологии в воде пресноводного водоема. С того времени его наблюдали и фотографировали микробиологи различных стран, но никто не смог выделить эту бактерию в культуре. Получить нуклеотидную последовательность гена 16S рРНК Planctomyces bekefii тоже не удавалось. Планктомицеты распространены по всему земному шару, и в морских экосистемах, и в пресных наземных. Но есть первый описанный организм в этой группе, который считается типовым, и неизвестно, кто он.

Как вы решили эту загадку?

Мы в 2010 году исследовали микробные сообщества озер, которые располагаются в болотных массивах Вологодской области, и заметили планктомицеты Planctomyces bekefii. Не заметить их при микроскопии нельзя. Они очень красивые, совершенно восхитительные. Одна из моих сотрудниц, Ирина Сергеевна Куличевская, которая как раз сидела за микроскопом, закричала: «Светлана Николаевна, идите скорее, смотрите, что я нашла!»

Это наблюдение отложилось у нас в голове. Как-то раз мы думали над тематикой для гранта РФФИ и решили написать проект под раскрытие этой загадки. Заявка понравилась всем рецензентам, и грант был поддержан. Мы начали искать эти организмы в окрестных водоемах. Сделали объявление в институте, и все со своих дач, из бочек, прудов, озер приносили нам образцы, но искомого планктомицета в них не было!

Они нашлись, когда я уже была в отчаянии, потому что прошел целый год с начала проекта. Наш коллега из Института биологии внутренних вод имени И.Д. Папанина в Борке, специалист по болотам Ярославской и Вологодской областей Дмитрий Филиппов, привез нам целую серию образцов воды из разных озер. Нужные нам бактерии нашлись в воде озера Мороцкое, которое расположено в покрытом лесом болотном массиве. Добраться до него сложно. В воде этого озера мы и нашли розетки клеток Planctomyces bekefii. Начали работать с образцами, но дело не шло, так как клеток было очень мало, а клеточного сортера у нас в лаборатории не было. После моего доклада о планктомицетах на одной из конференций ко мне подошел директор Немецкой коллекции микроорганизмов и клеточных культур, Йорг Оверманн, и сказал: «Нам интересна эта история, у нас есть сортер, давайте свои образцы». Казалось бы, успех в кармане, но мучения только начинались. На подбор правильного алгоритма сортировки клеток, оптимизацию процедуры лизиса и прочие манипуляции потребовалось около двух лет и множество образцов воды. В конце концов, однако, последовательности гена 16S рРНК этих бактерий были идентифицированы, мы сделали на них флуоресцентные зонды и смогли подтвердить корректность наших выводов. Стали проверять международные базы метагеномных данных — оказалось, что эти планктомицеты обитают во многих озерах по всему миру, вот только раньше их нуклеотидные последовательности интерпретировали как принадлежащие «некультивируемым организмам». Но принадлежность Planctomyces bekefii к филуму планктомицетов была подтверждена.

Этот проект нас всех вымотал. Это был чистый креатив, что называется, шли за мечтой. Четыре года мы работали вместе с немцами и потом долго работали над статьей. Мы были просто счастливы, когда все закончилось публикацией.

Lake 1000.jpg Озеро Мороцкое Вологодской области, в котором обитает планктомицет-загадка Planctomyces bekefii (врезка слева, маркер — 10 мкм). Фото озера: Дмитрий Филиппов.

Вывод о функциях Planctomyces bekefii вы сделали, исходя из сезонных колебаний его и цианобактерий или из геномных данных, которые удалось получить?

И то и другое. Делалось это параллельно. Пока немцы занимались сортингом, наш коллаборатор из Борка делал нам сезонные отборы образцов. Оказалось, что планктомицеты не всегда в них присутствуют. Есть гипотеза, что до поры до времени их клетки сидят на водных растениях или в иле на дне озера, но появление в воде лизатов клеток цианобактерий увеличивает популяционную численность этих планктомицетов (Так называемое цветение водоемов, происходящее в определенное время года, — это размножение цианобактерий. Завершение цветения связано с отмиранием и разрушением цианобактериальных клеток. Вещества, выделяющиеся при этом в воду, привлекают планктомицетов — PCR.NEWS.) Тогда они всплывают на поверхность. На некоторых фотографиях видно, что стебельки, соединяющие клетки планктомицетов, светопреломляющие. Мы думаем, что в них есть какие-то пустоты, которые позволяют планктомицетам подниматься или опускаться в столбе воды.

Параллельно проводился анализ метагенома Planctomyces bekefii. Выяснилось, что этот организм способен использовать цианофицин — запасное вещество полимерной природы, которое накапливают клетки цианобактерий. Кроме того, в геноме было очень много пептидаз. Это значит, что микроорганизм утилизирует продукты деструкции микробной биомассы. Когда мы построили кривую популяционной численности, увидели, что планктомицеты появляются после пика цианобактерий. Эта работа помогла понять, как важно делать сезонные измерения, а не ограничиваться одним отбором образцов.

В чем смысл решения этой загадки для науки?

Это демонстрация того, насколько сильна современная микробиология. Можно распутывать загадки со столетней историей. Теперь мы знаем, что эти планктомицеты участвуют в процессе самоочищения водоемов после цветения. Но получить Planctomyces bekefii в культуре нам пока не удалось. Мы несколько лет старались, но еще не вечер.

DSCF1234 1000.jpg В лаборатории молекулярной экологии и филогеномики бактерий Института микробиологии им. С.Н. Виноградского идет работа. Credit: Андрей Чистяков.

Приручение микробов

В работе 2006 года вы говорите о методе культивирования в биопленках. Он позволяет доставать из образцов труднокультивируемые организмы?

Очень многие микроорганизмы в природе растут в составе микробных сообществ. Иногда это конгломераты клеток, иногда биопленки. Между компонентами сообществ есть тесные метаболические связи. Выделяя чистую культуру, вы рвете эти связи. Далеко не все микроорганизмы способны быстро переключиться на автономное существование. Представьте, что мы хотим достать экзотику — планктомицеты, ацидобактерии. Высевом на стандартные питательные среды в чашках Петри это почти невозможно сделать. Среда покрывается колониями быстрорастущих, хорошо изученных микробиологами бактерий, а наши микроорганизмы растут медленно и неохотно, и колонии у них всегда крошечные. Когда мы стали пробовать метод FISH, применили его к анализу «природных накопилок». Просто отжатая болотная вода стоит какое-то время во флаконе, все необходимые субстраты там есть. Если потом высеять аликвоту этой воды на голодный агар или среду с составом, близким к природному, то получите некую неоднородную биопленку. Мы убедились, что именно в этой биопленке присутствуют клетки или даже микроколонии практически всех организмов, которые нам интересны. Это промежуточный этап между природой и чистой культурой, процесс адаптации от абсолютно дикого состояния до «прирученного». С этой моделью мы работаем.

Самые интересные наши культуры были получены из смешанных колоний. Например, на среде развивается какая-нибудь альфапротеобактерия, обычный гетеротроф, и рядом к ней примостилась ацидобактерия. Причина этого в том, что альфапротеобактерия активно дышит, снижая концентрацию кислорода, к которому чувствительны многие ацидобактерии, а также образует внеклеточные полисахариды, которые утилизируются ацидобактериями.

Есть ли другие методы культивирования таких микробов?

Методов много, но не всё, что напечатано в Science и Nature и раскручено как новейший метод культивирования, работает. А наш метод биопленок работает на практике. Почти все наши культуры прошли через эту стадию. Они не формируют крупные колонии, это всегда микроколонии размером в доли милиметра, и очень часто они отбираются под бинокулярной лупой. Нужно не только отобрать их, но и не загубить. Я пробовала давать такие задачки студентам, но у них не очень получается.

Культивирование — это удел совсем немногих. Если человек имеет прекрасные способности к биоинформатике, зачем его грузить культивированием? А другой человек не хочет никаких геномов, он хочет сидеть и вытаскивать уникальных микробов, и это надо поддерживать. Людей, которые прекрасно делают и то и другое, я пока не видела.

Центр тусовки

Были ли сложности при перевозке культур из России в другие страны и наоборот?

Меня очень часто зарубежные коллеги наивно просят прислать культуры, особенно в Штаты. Но это совершенно невозможно. В Европу еще можно как-то умудриться. Получение микробов из Штатов тоже дело непростое. У меня был случай в конце 1990-х годов. Я депонировала своих метанотрофов в Американской коллекции микроорганизмов, мне их прислали на проверку-подтверждение. Посылка с культурой была в одном из таможенных терминалов Шереметьево. Я провела там целый день в жутких очередях на растаможку. Под конец, когда я дошла до финала, мне выдали квитанцию — чек на оплату. Американцы поставили там доллар по стоимости, но дальше эта посылка транспортировалась на трех самолетах до Москвы. И каждый накидывал стоимость пересылки. Я должна была заплатить свою месячную зарплату! В то время это было совершенно немыслимо. И грантов не было, никакой возможности вернуть эти деньги. Я кинула квитанцию, сказала: «Заберите! Я не могу заплатить».

Вы думали о переезде за границу?

Нет. Меня многие зарубежные коллеги спрашивали, почему я еще в России. Я с самого начала поняла, что могу работать и в Штатах, и в Европе. Но я бы не чувствовала себя там комфортно. Я прекрасно понимала, насколько высок общий прессинг работы и конкуренция за позиции. Остановиться нельзя. Ты в поезде, который несется на жуткой скорости. Если ты вышел на какой-то платформе, назад ты не попадешь никогда.

Внизу научной пирамиды много мест для студентов и аспирантов. Стипендии хорошие. Но дальше пирамида начинает сужаться. В институтах Общества Макса Планка людей с позицией full professor единицы. Все остальные должны все время мигрировать: в одном месте контракт на пять лет, затем вы переезжаете. Мне такое не нравилось. Мне всегда казалось, что я нахожусь в выгодном положении. У меня не было квартирного вопроса, у мужа была хорошая работа, мои родители и свекровь помогали с ребенком. Не стоял вопрос о выживании меня как ученого. У меня было два мира: один — домашний, моя лаборатория, семья — здесь. Другой — за рубежом, где я освобождена от домашних забот, могу полностью заниматься наукой. Могу встать в шесть утра, уйти в лабораторию. Могу сидеть допоздна за компьютером. Когда вы работаете на одном месте, вы не очень торопитесь. Если же вы приезжаете на два месяца в другую страну и не сделаете то, что хотели, все ваши рабочие планы рухнут. Это помогало доводить эффективность использования времени до 300%. У меня хороший стиль жизни — мозаика, состоящая из разных кусочков. Я никогда не примерялась ни к одной из высоких позиций в зарубежных странах. Когда мне предлагают найти место где-нибудь в Европе, я спрашиваю: «Кто же будет работать здесь, если все уедут?»

Кто ближайший конкурент вашей лаборатории в охоте за микробами?

По разным группам микроорганизмов — разные коллективы. У нас три основных объекта исследований: планктомицеты, ацидобактерии и метанотрофы. По планктомицетам — немцы. Там есть очень сильная группа Кристиана Йоглера. Пару лет назад у них вышла статья про культивирование 80 планктомицетов. Не стали размениваться, сразу в Nature опубликовали. Они специализируются на морских экосистемах; почвы или болота — это не их объекты, у них почти все изоляты морские. Конечно, эта работа наделала шума. Мы с ними в дружеских отношениях, но по культивированию не дружим. В некоторых вещах они нас серьезно обгоняют. Конкуренты по ацидобактериям — группа директора немецкой коллекции Йорга Овермана и несколько лабораторий в США. В отношении культивирования новых метанотрофов я бы говорила не о конкурентах, а о коллегах. У нас есть длительные связи с лабораторией Питера Данфилда в Университете Калгари, группой Метты Свеннинг в Университете Тромсо, лабораторией Марины Калюжной в Университете Сан-Диего и многими другими участниками «метанотрофного сообщества».

Микробиология — очень динамичная область. Каждые десять лет происходит эволюционный скачок. Если вы не успеваете перестроиться и адаптировать свою лабораторию к новым веяниям, новым методам, то вы станете неконкурентоспособными не только в мире, но и в России. Для каждой группы микроорганизмов есть научная тусовка. Мы в этих трех тусовках — планктомицеты, ацидобактерии и метанотрофы — однозначно в центре. Пока не отдаем занятые позиции.

DSCF1258 1000.jpg Коллектив лаборатории молекулярной экологии и филогеномики бактерий Института микробиологии им. С.Н. Виноградского. Верхний ряд слева направо: Куличевская И.С., Иванова А.А., Данилова О.В., Белова С.Э., Мирошников К.К., Ошкин И.Ю. Сидит в центре руководитель лаборатории Дедыш С.Н. Credit: Андрей Чистяков.

Добавить в избранное

Вам будет интересно