Коротко

Сегодня, 21 января, в Сколковском институте науки и технологий стартовала конференция Oxford Nanopore Day 2022. Доклад Нурислама Шайхутдинова (НЦ «Регуляторная геномика», Казанский федеральный университет) был посвящен применению нанопорового секвенирования в сборке геномов экстремофильных комаров-звонцов и поиске трансгенных вставок в геномах клеточной линии Pv11.

Личинки галотолерантного комара Baeotendipes noctivagus обитают в соленых озерах Крыма. Этот комар — «рекордсмен по солености», он выдерживает концентрацию солей до 300 г/л. Целью работы Шайхутдинова было изучение не физиологической, а геномной адаптации комара к экстремальным условиям. Нанопоровое секвенирование хорошо подходит для анализа генома этого насекомого по ряду причин. В частности, технология длинных ридов позволяет не упустить ни одной особенности генома.

Ученые сфокусировались на генах, связанных с водным транспортом, осморегуляцией, гипоксией, синтезом гемоглобина и т.д. Образцы секвенировали на MinION Mk1C. Проводился геномный и транскриптомный анализ. Докладчик отметил отличное качество итоговых данных, а также высокое содержание вибрионов в личинках комара. По его мнению, есть смысл подробно изучить метагеном комара.

Шайхутдинов привел результаты работы. Так, чем выше была соленость в месте сбора личинок, тем выше была экспрессия гена Eglp1, а значит, этот ген участвует в осморегуляции. Длинные контиги, которые можно получить с помощью нанопоровой технологии, значительно упростили изучение эволюции генов гемоглобина комаров.

Вторая часть доклада была посвящена поиску локализации трансгенов. Это важно для определения локусов, в которые можно безопасно вставить «чужой» ген. Клетки Pv11 трансформировали плазмидой с использованием электропорации, секвенировали на MinION Mk1b и определяли сайты встраивания. Сайты интеграции сопоставляли с полным геномом. Оказалось, что плазмида встраивается во множество локусов.

Конференция работает до 18:00. Присоединяйтесь к трансляции по ссылке>>

Texas A&M AgriLife Research — исследовательское агентство штата Техас, ведущее проекты в области сельского хозяйства, природных ресурсов и наук о жизни, — начало исследование факторов, способствующих заражению лука сальмонеллой. Крупнейшая вспышка сальмонеллеза в Ньюпорте, когда зараженным оказался красный репчатый лук, произошла в 2020 году. Она могла быть связана с поливом инфицированной водой, выпасом овец на прилегающих землях, вторжением диких животных либо нарушением правил упаковки продукции и уборки помещений.

Тот факт, что сальмонелла может присутствовать в луке и продуктах его переработки, вызывает тревогу у производителей. Ученые из Техасского центра исследований и расширения сельскохозяйственной деятельности A&M AgriLife в Увальде получили грант в размере 400 000 долларов на два года, чтобы разработать план снижения рисков. Будут выявлены транскриптомные и метаболомные факторы лука, которые могут способствовать колонизации сальмонеллой. Исследователи выяснят, как эти факторы варьируют в различных сортах, до и после уборки урожая, а также их зависимость от агрономических методов, смены сезонов и других условий

Врачи часто говорят женщинам с ожирением, что им нужно похудеть перед попыткой зачать или началом лечения бесплодия. Однако новое исследование, опубликованное в PLoS Medicine, показало, что шансы родить здорового ребенка в результате лечения необъяснимого бесплодия примерно одинаковые у похудевших женщин и у тех, которые не сбросили лишний вес.

В исследовании приняли участие более 300 женщин с ожирением и необъяснимым бесплодием. Их разделили на две группы. Участницам из первой группы был прописан режим похудения, в результате которого они потеряли в среднем 7% своего веса. Женщинам из второй группы посоветовали увеличить двигательную активность без изменений в диете и медикаментозного вмешательства, в результате их вес не уменьшился. Программа длилась 16 недель, после чего проводили процедуры стимуляции яичников и внутриматочной инсеминации. Число беременностей и успешных родов между двумя группами значимо не различалось. Авторы работы напоминают, что потеря лишнего веса имеет другие преимущества для здоровья женщины.

В JAMA опубликованы результаты рандомизированного клинического исследования ингибиторов P2Y12 при некритической форме COVID-19. В исследовании приняли участие 562 пациента, госпитализированных в больницы Бразилии, Италии, Испании и США. Все пациенты получали гепарин в качестве антикоагулянтной терапии; 293 участника в добавление к этому получали ингибитор рецептора P2Y12 — клопидогрел или тикагрелор. Рецептор P2Y12 экспрессируется на поверхности тромбоцитов и участвует в образовании тромбов. Блокировка этого рецептора снижает риск тромботических осложнений.

Лечение продолжалось в течение 14 дней либо до выписки пациента из больницы. Наблюдение за пациентами продолжалось 90 дней. Ингибиторы P2Y12 не улучшали исходы для пациентов: в группе гепарина 22% участников умерло или нуждалось в респираторной или сердечно-сосудистой поддержке; в группе гепарина с клопидогрелом/тикагрелором таких участников было 28%. Массивное кровотечение зарегистрировано у двух участников первой группы и у шести участников второй.

Полученные результаты не поддерживают идею добавления ингибиторов P2Y12 к антикоагулянтной терапии при некритической форме COVID-19.

Анемия у космонавтов детектируется с самого первого полета в космос, однако до сих пор механизм ее развития был неясен. Канадские ученые показали, что космические полеты ассоциируются с гемолизом — разрушением красных кровяных клеток. Работа опубликована в Nature Medicine.

Исследование проводилось в 2015–2020 гг. В нем приняли участие 14 космонавтов (11 мужчин и три женщины), которые провели на МКС в среднем по 167 дней. Образцы альвеолярного и окружающего воздуха и образцы крови отбирались до полета, а затем несколько раз во время и после полета. Наблюдение продолжалось в течение года после приземления. Во время полета происходило увеличение концентраций продуктов гемолиза в сыворотке и альвеолярном воздухе. После возвращения на Землю уровни маркеров гемолиза снижались, но его последствия наблюдались и через год после приземления. По мнению авторов, гемолиз — следствие первичного воздействия микрогравитации на организм, а значит, анемия космонавтов ассоциирована с гемолитическими условиями полета.

Очень скоро откроет двери конференция по нанопоровому секвенированию Oxford Nanopore Day 2022.

На мероприятии пользователи технологии нанопорового секвенирования расскажут о своих исследованиях и об опыте работы с приборами  Oxford Nanopore Technologies, а также ответят на все вопросы слушателей.

Дата и время проведения мероприятия: 21 января 2022 года, 9:00 — 18:00

Место проведения: Сколковский институт науки и технологий, территория Инновационного Центра «Сколково», Большой бульвар, д. 30, стр. 1.

Обратите внимание: мероприятие проходит в формате COVID-free. Вход только по QR-коду и документу, удостоверяющему личность.

Возможно подключение к онлайн-трансляции.

Для участия в оффлайн-мероприятии или для доступа к онлайн-трансляции  необходимо зарегистрироваться.

Программу мероприятия можно увидеть по ссылке.

Среди докладчиков Демиденко Н.В. (SkyGen), Киров И.В. (Всероссийский научно-исследовательский институт сельскохозяйственной биотехнологии), Комиссаров А.C. (Национальный исследовательский университет ИТМО), Goodall A. (Oxford Nanopore technologies, UK) и многие другие.

На прошлой неделе канадская компания XPhyto Therapeutics заключила соглашение с компанией TechUnit о распространении тестов COVID-ID Lab в Чехии.

COVID-ID Lab — это быстрый ПЦР-тест на SARS-CoV-2. Компания заявляет, что результат можно получить за 25 минут. Такая скорость достигается, в частности, за счет пропуска стадии очистки РНК. TechUnit имеет право распространять тест на неэксклюзивной основе. XPhyto рассматривает возможность выхода теста на рынки Венгрии, Словакии, Украины и России. Компания проведет техническое обучение специалистов TechUnit и будет оказывать дистрибьютеру стратегическую и маркетинговую поддержку. Финансовые и другие условия сделки не раскрываются.

Ученые из Калифорнийского университета в Сан-Франциско секвенировали геномы SARS-CoV-2 более чем у тысячи пациентов с COVID-19, заболевших в период с февраля по июнь 2021 года, когда в районе залива Сан-Франциско циркулировали наряду с другими вариантами коронавируса штаммы эпсилон, альфа и дельта. Среди пациентов 125 были инфицированы несмотря на предшествующую вакцинацию.

Варианты вируса, имеющие хотя бы одну мутацию, ассоциированную с уклонением от нейтрализующих антител (L452R/Q, E484K/Q, F490S) намного чаще встречались у вакцинированных индивидов, чем у невакцинированных, — 78% против 48%. Это показывает, как изменяется давление отбора: вирусы, которые уклоняются от иммунного ответа, получают преимущество в вакцинированном сообществе (в августе-2021 в данном регионе было привито более 70% населения). Для мутаций, повышающих инфекционность, разница в частоте между привитыми и непривитыми заболевшими не была такой значительной.

Вирусные нагрузки у привитых, болеющих с симптомами, и непривитых заболевших оказались сопоставимыми. Это позволяет предположить, что симптоматические вакцинированные могут активно распространять COVID-19.

На 1 января 2022 года в Индии зарегистрировано 35 млн. случаев заражения COVID-19 и 0,48 млн. смертей. Многие считают, что эти данные сильно занижены. Дело может быть в неполной отчетности и в указании в качестве причины смерти хронических заболеваний вместо COVID-19. Также в сельских регионах не хватает медицинских работников для регистрации смертей. Международная группа ученых использовала один независимый и два государственных источника для восполнения недостающей информации. Оказалось, что смертей от COVID-19 было в 6–7 раз больше, чем сообщали официальные источники.

Независимым источником был репрезентативный телефонный опрос CVoter Tracker. Учитывались случаи смерти от COVID-19 в домохозяйствах опрошенных. Проанализировав данные опроса 0,14 млн. взрослых жителей Индии, авторы сравнили смертность от коронавирусной инфекции в 2020 и 2021 годах с ожидаемой смертностью от всех причин. С июня 2020 года по июль 2021 года COVID-19 стал причиной 29% всех смертей, что соответствует 3,2 млн. человек. Из них 2,7 млн. человек умерло с апреля по июль 2021 года. Государственные источники показали, что смертность от всех причин была на 27% выше в 0,2 млн. медицинских центров и на 26% выше по данным регистрации смертей в десяти штатах, если сравнивать с данными по смертности до пандемии. 

Приказом Росздравнадзора от 11 января 2022 года в России впервые зарегистрирован набор реагентов для выявления РНК вариантов омикрон и дельта коронавируса SARS-CoV-2 — «АмплиТест SARS-CoV-2 VOC V.3» производства ФГБУ «ЦСП» ФМБА России.

Набор позволяет установить, инфицирован ли человек омикроном или дельтой, на основе определения мутаций в S гене, характерных для того и другого варианта, методом полимеразной цепной реакции (ПЦР). Как и при обычном ПЦР-тестировании, для исследования берется мазок со слизистой носо- или ротоглотки.