Джордж Черч и «генетический Тиндер»

Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) в мае 2019 года одобрило препарат для генной терапии Zolgensma для лечения детей в возрасте до двух лет со спинальной мышечной атрофией. Цена препарата — $ 2,1 млн. за дозу. Новые испытания должны продемонстрировать, что Zolgensma можен быть назначена и детям в возрасте до пяти лет. Однако, по сообщению Wall Street Journal, компания объявила, что у приматов, получавших Zolgensma в виде инъекции в позвоночник, наблюдалось воспаление нервных клеток и в некоторых случаях их дегенерация. (В виде спинальной инъекции препарат получают также пациенты старшего возраста, младшие пациенты — внутривенно.) Поэтому испытания частично приостановлены. Вероятно, это временная задержка, поскольку ни у одного из детей не наблюдалось такого эффекта. 

Разработка Zolgensma ранее оказалась в центре скандала из-за манипулирования данными во время тестирования.

Комиссия РАН по противодействию фальсификации научных исследований сообщает, что принято решение об отзыве минимум 869 научных статей, в которых есть «признаки наличия недобросовестных заимствований (которые можно расценивать как плагиат), «неясного авторства» (т.е. частичное пересечение авторов в двух статьях с совпадающим текстом) и самодублирующие публикации». Это лишь «первый пакет», по которому решение уже принято. Работу по другим публикациям комиссия рассчитывает завершить к середине 2020 года. О ситуации также пишет журнал Science.

Американский биофизик, который является одним из наиболее цитируемых исследователей в мире, исключен из редакционной коллегии одного журнала и лишен права быть рецензентом другого после неоднократных манипуляций с процессом рецензирования для сбора ссылок на его собственную работу, сообщает Nature.

29 января три редактора «Журнала теоретической биологии» (Journal of Theoretical Biology, JTB) объявили в редакционной статье, что журнал провел расследование и запретил неназванному редактору войти в редакционный совет за ненадлежащее научное поведение. Издатель журнала Elsevier подтвердил, что этот редактор — Ко-Чэнь Чоу. Согласно редакционной статье, Чоу просил авторов десятков статей, которые он редактировал, ссылаться на длинный список своих публикаций — иногда более 50 — и предлагал им изменять названия статей, чтобы упомянуть разработанный им алгоритм. Также отмечается, что Чоу во многих случаях сам был добавлен в статьи в качестве соавтора на заключительном этапе рецензирования.

Сообщается, что расследование такой практики Чоу ведется, по крайней мере, в трех других журналах, где он был рецензентом. Это дело связано с усилиями Elsevier по пресечению практики «принудительного цитирования».

В Великобритании женщина, известная как ABC, судится с несколькими организациями Национальной службы здравоохранения из-за того, что врачи не сообщили ей о результате генетического теста ее отца. ABC была беременна, когда у ее отца выявили болезнь Хантингтона — неизлечимое заболевание, ведущее к прогрессирующей гибели клеток мозга. Причиной заболевания является мутация в гене HTT. Отец попросил врачей не говорить дочери о диагнозе, опасаясь, что она сделает аборт. Истица же утверждает, что сделала бы аборт, если бы вовремя узнала о заболевании, и считает, что сокрытие от нее такой информации было нарушением врачебного долга. Результаты анализа ABC показали, что она также является носителем мутации в HTT. Дочь ABC не сдавала анализ, и вероятность наследования ею заболевания составляет 50%. Истица оценивает ущерб в 345 000 фунтов. Представитель Национальной службы здравоохранения говорит, что врачи не обязаны предоставлять информацию о диагнозе, если пациент против, и факта нарушения врачебного долга не было.

Академик РАН Константин Скрябин скончался на 72 году жизни, сообщает РИА Новости. В СССР и России он был одним из ведущих ученых в области геномных исследований. В частности, он первым в мире определил полную первичную структуру генов, кодирующих рибосомную РНК эукариотического организма — дрожжей-сахаромицетов. Также академик Скрябин разрабатывал пионерские технологии получения биологически активных белков и пептидов, в том числе наноконъюгатов для адресной доставки противоопухолевых препаратов, технологии получения и очистки рекомбинантных цитохромов Р450, перспективные для решения задач биоэлектроники, биосенсорики и нанобиотехнологии и другие. Автор и соавтор более 420 научных работ, в том числе 59 авторских свидетельств и патентов.

Управление по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA) объявило, что некоторые данные раннего тестирования препарата для генной терапии Zolgensma компании Novartis были изменены. Однако FDA считает, что терапия должна остаться на рынке. Измененные данные, касающиеся выживаемости подопытных мышей, иллюстрировали сопоставимость ранней версии Zolgensma и более поздней версии, которая была изготовлена с использованием другого процесса. FDA не считает, что это могло повлиять на его безопасность.
Zolgensma — самый дорогой в мире препарат (около 2 млн. долларов за дозу), предназначен для лечения спинальной мышечной атрофии. Он был одобрен FDA в конце мая. Novartis заявляет, что «полностью уверен» в безопасности, качестве и эффективности Zolgensma.
Avexis, подразделение Novartis и производитель препарата, сообщило FDA о манипулировании данными 28 июня. Novartis приобрела Avexis в 2018 году. В Avexis знали о манипуляции уже в марте, сообщает FDA. Регулятор планирует принять меры против компании, включая возможные гражданские или уголовные санкции.

Хищные издания (по-английски predatory journals, по-русски их также часто называют «мусорными») — те, которые принимают статьи к публикации без надлежащего рецензирования, проверки на плагиат или соответствие этическим нормам, часто берут с авторов плату. Но чтобы начать систематическую борьбу с ними, необходимо определение хищного журнала. Авторы статьи в Nature рассказали о попытке выработать консенсус по этому вопросу. Встреча состоялась в Оттаве (Канада), в ней участвовали издатели, спонсоры научных исследований, ученые, политики, представители академических учреждений и библиотек. Особое внимание участники уделяли медицинским наукам, но предложенное ими определение универсально: хищные журналы и издатели — те, которые отдают предпочтение своим личным интересам за счет интересов науки и чьи характерные признаки — ложная или вводящая в заблуждение информация, отклонение от лучших практик редактирования и публикации, отсутствие прозрачности и (или) использование агрессивных и неизбирательных методов привлечения авторов. Упоминание качества публикаций было намеренно исключено: по этому параметру иногда трудно отличить хищный журнал от журнала с ограниченными ресурсами. 

Понятие «хищного журнала» появилось в 2010 году, авторов начали предупреждать о таком явлении, составлять списки журналов, которых следует остерегаться, объяснять, на что следует обращать внимание. Однако хищные издатели ловко мимикрируют, поэтому стратегию противодействия тоже необходимо адаптировать. Проблему усложняет и то, что грантовые организации, поддерживающие План S , требуют от авторов публикаций в открытом доступе. Участники встречи в Оттаве создали портал для борьбы с хищными издателями. Они отмечают, что будут продолжать борьбу, привлекать заинтересованные стороны, искать финансирование.

Министерство образования Южной Кореи сообщает об 11 ученых, необоснованно включивших в соавторы учеников старших и средних классов школ. Общее число таких ученых в стране достигло 17 человек. Содеянное считается серьезным нарушением норм проведения научных исследований. К провинившимся ученым применяются строгие меры: от выговоров до увольнения. На сегодняшний день известно о 24 статьях, среди авторов которых присутствуют дети, не внесшие никакого вклада в исследование. Проблема произрастает из предпочтения вузами абитуриентов, уже имеющих научные публикации. Школьники-соавторы не всегда приходятся родственниками ученым, что заставляет южнокорейское общество обратить внимание на способы, которыми пользуются дети из обеспеченных семей для поступления в университет.

Препарат балоксавира марбоксил (Ксофлюза) в доклинических исследованиях продемонстрировал эффективность против широкого спектра вирусов гриппа, включая устойчивые к осельтамивиру штаммы и штаммы птичьего гриппа (H7N9, H5N1). В настоящее время в России проводятся клинические исследования балоксавира марбоксила, в которых препарат оценивается у пациентов с гриппом, не имеющих других заболеваний, до 1 года и от 1 года до 12 лет. Балоксавира марбоксил — первый в своем классе препарат для однократного приема внутрь, обладающий новым механизмом действия: препарат ингибирует кэп-зависимую эндонуклеазу (PA-эндонуклеазу), необходимую для репликации вируса.

Транскрипция вируса гриппа включает «похищение» кэпа у мРНК клетки-хозяина. Полимераза вируса — гетеротример из трех субъединиц: PA, PB1 и PB2. Чтобы синтезировать вирусные мРНК, она связывается с кэпом хозяйской мРНК и отщепляет его вместе с 5’-участком, причем эндонуклеазный сайт находится в РА-субъединице. Этот короткий олигонуклеотид, несущий кэп, становится праймером для синтеза вирус-специфических мРНК и входит в их состав. Таким образом, когда Ксофлюза ингибирует РА-эндонуклеазу, белки вирусной частицы не могут синтезироваться.

20 ноября компания Thermo Fisher Scientific запустила продажу платформы Applied Biosystems SeqStudio Genetic Analyzer for Human Identification. Система, предназначенная для идентификации человека, основана на капиллярном электрофорезе и обеспечивает анализ коротких тандемных повторов (STR) и секвенирование по Сэнгеру. Прибор умещается на столе и рассчитан на применение в маленьких и среднего размера криминалистических лабораториях. Главная особенность системы — сменный картридж, который вмещает капиллярный чип, емкость с полимером и анодный буфер. Одного картриджа хватает на обработку 1 000 образцов. Усовершенствованное программное обеспечение прибора содержит специальный модуль для защиты и отслеживания данных. Производитель также обещает высокую скорость работы: от загрузки образца до получения результата пройдет около 39 минут.

О других предложениях Thermo Fisher Scientific по экспресс-идентификации личности на PCR.news.

Как пишет The Times, представители Университета Стелленбоша (ЮАР) говорят, что Институт Сэнгера собирался коммерциализировать образцы, которые были предоставлены ему для изучения популяционной истории и эволюции человека. Исследователи из африканских университетов и Ливанского Американского университета собрали эти образцы у местного населения, в том числе у народа нама, исключительно для исследовательских целей, не предполагающих коммерциализацию. По утверждению официальных лиц из Университета Стелленбоша, им стало известно, что Институт Сэнгера вел переговоры с Thermo Fisher о разработке коммерческого инструмента для исследования на основе этих образцов. Институт Сэнгера обвинения отрицает. 

Подробности

Nature опубликовал письмо доктора философских наук Елены Гребенщиковой (Институт научной информации по общественным наукам РАН) и ряда выдающихся ученых о редактировании клеток зародышевой линии человека. Елена Гребенщикова принимала участие во встрече ученых и научных журналистов с Денисом Ребриковым (подробнее на PCR.news).  
Как подчеркивается в письме, российские генетики, клиницисты и биоэтики считают преждевременным применение технологий редактирования генома на человеческих эмбрионах и половых клетках в клинических целях; их точка зрения «согласуется с позицией Минздрава России и определяет социальный контекст для дальнейшего обсуждения технологии».
«Мы согласны с Генеральным директором Всемирной организации здравоохранения (ВОЗ) в том, что необходимы комплексные исследования технических и этических последствий использования технологии, — говорится далее в тексте. — Мы поддерживаем рекомендации Консультативного комитета ВОЗ по разработке глобальных стандартов управления и надзора за редактированием генома человека, а также по созданию общедоступного реестра клинических исследований воздействия его применения на соматические и половые клетки человека».
Таким образом, российская наука полностью солидарна в этом вопросе с международными организациями, этическая экспертиза и регуляция этой области будет осуществляться в соответствии с общепринятыми мировыми принципами. 
Среди подписавших письмо — Евгений Гинтер, Олег Гусев, Сергей Лукьянов, Павел Тищенко, Сергей Куцев и др.

На встрече в Цюрихском университете в Швейцарии 19 ноября прошло собрание ученых, на котором обсуждалось, не следует ли сделать процесс получения грантов случайным. Встречу организовала Маргит Остерло, экономист из Университета Цюриха, которая изучает вопросы организации науки; по ее мнению, случайный отбор дает шансы идеям, которые не принадлежат к мейнстриму. Она также заявила, что существующие процедуры отбора неэффективны. Ученые должны готовить длинные заявки, во многих случаях эта работа оказывается напрасной, а оценочные комиссии тратят время на ранжирование большого количества работ среднего уровня. Идея имеет теоретическую поддержку.
Совет по исследованиям в области здравоохранения Новой Зеландии (Health Research Council of New Zealand) с 2015 года присуждает часть грантов случайным образом, в ежегодной лотерее. Например, в начале 2019 года Дэвид Акерли из Университета Виктории в Веллингтоне получил 150 000 новозеландских долларов (96 000 долларов США) для разработки новых способов уничтожения клеток. (Интересно, что сам Акерли принимает участие в рассмотрении грантов и не считает правильным отказываться от традиционной системы.) Систему лотереи для присуждения части грантов использует и другой новозеландский государственный фонд, «Наука за технологические инновации» (SfTI), а также крупнейшее частное финансовое агентство Германии — Фонд Volkswagen и Швейцарский национальный научный фонд (SNSF). Как правило, спонсоры просматривают заявки, чтобы убедиться, что они соответствуют стандартам, затем проектам присваиваются номера, которые случайным образом выбирает компьютер.

Technology Review, издание Массачусетского технологического института, возвращается к истории сенсационного заявления Хэ Цзянькуя. Выяснилось, в частности, что Хэ Цзянькуй разместил данные о своем эксперименте в регистре клинических испытания только 8 ноября, чтобы соответствовать требованиям Nature, куда он направил рукопись статьи. Это и раскрыло его тайну: MIT Technology Review обнаружил этот документ и написал об эксперименте.
Как сообщает  MIT Technology Review, Хэ Цзянькуй отправлял свою статью о редактировании гена CCR5 в эмбриональных геномах по меньшей мере в два журнала, Nature и Journal of the American Medical Association, а также в репозиторий для публикации препринтов BioRxiv, но везде получил отказ.
Однако Tech Review получил рабочую версию двух статей от неназванного источника: одну о близнецах, другую о связанных с ними лабораторных исследованиях эмбрионов. Мнения экспертов, приглашенных изданием, различались, но все были едины в том, что публиковать в научном журнале подобные статьи не следует.
Tech Review опубликовал фрагменты статьи с комментариями юриста, специалистов по репродуктивной эндокринологии, эмбриологии и генному редактированию. Суть: ключевые заявления, сделанные Хэ, не подтверждаются имеющимися данными; неясно, вполне ли добровольным было согласие родителей; медицинские выгоды, мягко говоря, сомнительны, не была проведена проверка, действительно ли подобная мутация сделала клетки резистентными к ВИЧ;; исследователи начали эксперименты на людях прежде, чем убедились в безопасности. Команда Хэ, по-видимому, даже не смогла воспроизвести превалирующий в популяции вариант гена; исправление было сходным, но не идентичным.
«Утверждение, что они воспроизвели распространенный вариант CCR5, является вопиющим искажением фактических данных и может быть описано только одним термином: преднамеренная ложь», — заявляет Федор Урнов (Институт инновационной геномики, Калифорнийский университет, Беркли). Непонятно, на каком основании авторы статьи утверждают, что нецелевого редактирования не было.
Будущее девочек-близнецов по-прежнему неясно, и некоторые даже сомневаются в их существовании.

Компания Thermo Fisher Scientific объявила, что Федеральное бюро расследований США одобрило систему на основе NGS для идентификации личности по митохондриальной ДНК — Applied Biosystems Precision ID mtDNA. Теперь с ее помощью будут получать профили мтДНК для NDIS (National DNA Index System). Платформа позволяет обнаруживать вариации в некодирующем контрольном регионе, используя всего 2 пг ДНК. Как отмечает представитель компании, традиционные методы анализа мтДНК могут быть трудоемкими и дорогостоящими, а новая разработка позволит максимизировать потенциал этого исследования в криминалистике.

NDIS — это национальный уровень Объединенной системы индексов ДНК (CODIS), базы данных профилей ДНК, которая содержит данные, представленные федеральными, штатными и местными правоохранительными органами (профили STR, Y-хромосомы и мтДНК).

В мае 2019 года была одобрена для NDIS платформа компании Verogen (Сан-Диего)

Министерство здравоохранения Японии объявило о плане по анализу геномных данных 92 000 пациентов с онкологическими и другими заболеваниями для определения новых подходов к лечению, пишет NHK. 
Как сообщает "Асахи симбун", около 16 000 образцов пациентов с раком легких, печени, педиатрическими и наследственными онкозаболеваниями будут проанализированы в числе первых, наряду с 5500 образцами больных другими тяжелыми заболеваниями, такими как мышечная дистрофия или болезнь Паркинсона. Некоторые образцы будут взяты из хранилищ в Национальном онкологическом центре Японии и других учреждениях, а другие получены у пациентов. Министерство здравоохранения заявляет о намерении создать базу данных геномов японских онкологических больных.

NOSTER Science Microbiome Prize — международная премия для поощрения инновационных исследований ученых в возрасте до 35 лет, в сфере научных интересов которых функциональные признаки микробиоты. Премия была основана японской компанией Nitto Pharmaceutical Industries, Ltd. (Nitto Pharma) в июне 2017 года. В фокусе исследования, претендующего на премию, может быть любой организм, значимый для понимания здоровья и болезней человека или ветеринарии, а также для терапии. Победителя определит жюри независимых исследователей под председательством старшего редактора Science. Обладатель Гран-при получит 25 000 долларов и подписку на цифровую версию Science на пять лет; те, кто займет второе место (не более двух работ) — памятную табличку и подписку на год. Всем победителям оплатят проезд и проживания на церемонии награждения, их эссе будут опубликованы в Science.

Геном 2019-nCoV был секвенирован всего две недели назад, но диагностические компании и лаборатории уже предлагают тесты для его выявления. Последовательность 2019-nCoV была депонирована в базе данных GeneBank как «изолят вируса пневмонии на рынке морепродуктов Уханя» 5 января 2020 года. Затем последовательность несколько раз обновлялась; она также загружена в базу данных Global Initiative on Sharing all Influenza Data (GISAID).

Быстрая публикация генома вируса помогла создать подходы для молекулярной диагностики. Группа европейских вирусологов разработала тест для ВОЗ, включенный во временное руководство по выявлению 2019-nCoV. Работа велась еще до распространения геномной последовательности нового вируса, поэтому группа использовала известные последовательности SARS и SARS-связанных коронавирусов. После получения генома 2019-nCoV последовательности были отобраны по соответствию с ней.

Центры по контролю и профилактике заболеваний США (CDC) разработали тест, основанный на ОТ-ПЦР в реальном времени. В настоящее время тестирование должно проводиться в CDC, но в ближайшее время CDC поделится тестами с местными и международными партнерами.

Коммерческие тесты, известные по состоянию на четверг, включают наборы количественной ОТ-ПЦР китайской компании BGI и Co-Diagnostics. BGI отметила, что основывалась на своем предыдущем опыте секвенирования вируса SARS менее чем за 20 часов и создания набора для ИФА за 96 часов. Дуайт Иган, генеральный директор Co-Diagnostics, заявил, что технология компании Co-Primer может снизить вероятность ложноположительного диагноза, и что компания быстро окажет помощь в предоставлении диагностики пострадавшим странам, если ВОЗ объявит вспышку чрезвычайной ситуацией международного значения. Акции Co-Diagnostics в четверг выросли на 80%.

Oxford Nanopore также сообщила, что работает с лабораториями общественного здравоохранения по всему миру для обеспечения быстрого секвенирования 2019-nCoV.

Были бы крайне востребованы быстрые диагностические тесты, которые можно проводить в аэропортах, однако такие тесты пока еще никем не предложены. Еще одно важное потенциальное применение — анализы для поиска животных, переносящих вирус.

Чарльз Либер, известный химик из Гарвардского университета, арестован федеральными агентами США. Его обвинили в предоставлении ложных сведений правительственным агентствам о его участии в китайской программе «Тысяча талантов» и о работе в Уханьском технологическом университете (WUT). В частности, его обвиняют в том, что он скрыл свои финансовые отношения с этими организациями от американских властей, работо- и грантодателей (среди последних — Национальные институты здоровья, NIH, и Министерство обороны). Подробности дела изложены в заявлении федерального агента и сообщении министерства юстиции.

В экономическом шпионаже и передаче интеллектуальной собственности Либера не обвиняют. Однако в сообщении фигурируют огромные суммы, которые ученый получал от китайской стороны. Так, с 2011 года он получил финансирование, эквивалентное 1,5 млн. долларов США для создания лаборатории в Ухане, а также получал 150 000 долларов США в год на «расходы на проживание» и зарплату до 50 000 долларов США в месяц.

Профессор Либер известен своими работами с наноматериалами и по созданию биосенсоров.

Стартап Insolent.AI утверждает, что выпущенное им приложение «How Gay Are You?» может предсказать сексуальные предпочтения пользователя, анализируя его ДНК. По мнению экспертов, подобные заявления не имеют научного обоснования и Insolent.AI следует удалить это приложение. Разработчики приложения ссылаются на крупномасштабное исследование, опубликованное Science в августе, согласно которому негетеросексуальное поведение является в высокой степени полигенным; в то же время сами авторы исследования не считают возможным предсказание сексуальных предпочтений по генетическим данным. На Change.org размещена петиция, призывающая к удалению приложения: недостоверные прогнозы, полученные с его помощью, могут поставить под удар людей в странах, где за гомосексуальность преследуют.